采取抗菌消炎、控制腹泻、纠正脱水酸中毒等综合措施。
饮食疗法
基本同轮状病毒肠炎。人乳中的IgA可阻止需要铁的细菌如大肠埃希杆菌的生长，故人乳喂养是防治婴幼儿大肠埃希杆菌肠炎的有效措施。
对症治疗及支持疗法
禁食期间均需静脉补液。针对等渗性脱水与代谢性酸中毒，按不同脱水程度制定输液计划。用山莨菪碱足三里穴位封闭可减少便次。胃蛋白酶、胰酶、鞣酸蛋白、中药肥儿散等，均可促进大便性状好转并增加消化功能。对于重症及营养不良患儿，可少量多次输血、人血白蛋白（白蛋白），以改善全身状况。
抗菌治疗
轻型病例可不用抗菌药物。通过调整肠道正常菌群而自愈。对重症婴儿及有败血症者，仍需抗菌治疗。据临床观察，以口服多黏菌素B及多黏菌素E效果较好，但药源较困难。临床上常首选诺氟沙星、司氟沙星（司帕沙星）或小檗碱，另加甲氧苄苄啶（TMP），亦可口服庆大霉霉素或肌注妥布霉素。疗程均为5天。
护理
保持肛周皮肤清洁干燥，防止臀红及肛周脓肿。臀红用红外线局部烤干，肛周涂松花粉、鞣酸软膏等。
