表观遗传学测序技术助力三阴性乳腺癌患者分层

　　一组澳大利亚的研究员使用甲基化特异性测序技术发现了三阴性乳腺癌中某些甲基化的差异，这些差异可能具有预后价值。

　　如果患者缺乏雌激素、孕激素受体，并且HER2基因没有过表达或者扩增，则认为乳腺癌是“三阴性”的。具有三阴性乳腺癌（或TNBC）的患者，可以分成两部分，即癌症进展非常迅速或者进展非常缓慢。因此，这些癌症在临床管理上是具有挑战性的，而对患者更好的区分，可以有助于诊断或者具体的治疗。

　　在近日《Nature Communications》上发表的研究中，Garvan研究所的研究人员表示，他们使用具有重组甲基化CpG岛集合区域的MBD2蛋白的甲基化DNA亲和捕获技术鉴定了不同的甲基化区域，该技术也被称为MBDCap-SEQ。这个分析技术需要进行福尔马林固定、石蜡包埋和组织切片。

　　更具体地说，研究人员使用Qiagen公司的Gentra Puregene试剂盒纯化FFPE DNA，然后使用Thermo Fisher Scientific的MethylMiner试剂盒分离甲基化的DNA。MBDCap富集的DNA使用Illumina的ChIP-Seq DNA sample prep试剂盒进行测序，并用Agilent High Sensitivity DNA 1000 chip进行文库制备。该团队使用MassARRAY甲基化分析验证了样品具有不同的特异性的甲基化。

　　与使用Illumina Human Methylation 450K实验的阵列相比较，该团队发现，MBDCap-seq方法多得到了400万个额外的CpG位点，并且在分析某些甲基化区域中更好，例如CpG边缘和增强子区域。

　　接着，研究人员使用这种方法在19个TNBC活检样品和6个对照样品中，确定了其甲基化差异。他们检测了822个高甲基化和43个低甲基化区域，之后这些区域在一个更大的样品中进行了验证。这些位点分别对应于308个基因。

　　作者将聚光聚集在了只存在于TNBCs中，而不存在与其他乳腺癌患者中的特异性甲基化区域。他们发现了282份TNBC特异性捕获探针，而这些探针可以在The Cancer Genome Atlas HM450K中区分TNBCs和非TNBCs的肿瘤样品，具有72%的灵敏度和94%的特异性。此外，他们发现，在36个基因区域中，含有三个或更多的位点，并且这些重叠跨越了含有基因编码框或者启动子的DNA。

　　最后，研究人员对这些位点进行了分类分析，表明TNBC特异性甲基化标签能够将患者分群，这是通过大量的低甲基化位点区域实现的，其可以更好的对疾病进行预测。使用三个或者更多的标签位点查询基因区域，揭示了14个与低生存率相关以及3个与高生存率相关的区域。

　　最近的研究表明，通过BRCA突变筛选TNBC患者可能是另一种可行的途径。Myriad计划2015年推出一款同源重组缺失检测实验，来帮助指导以铂类为基础的的TNBC的治疗，在美国分子病理学协会年度会议上，Cepheid描述了一种新的TNBC检测方法。