质谱分析法面临的挑战

尽管质谱分析法已经被广泛接受，但仍有相当多的挑战阻碍其被临床和研究室采用。 
最明显的障碍包括对大型异构样品进行常规分析时分析生产量低，空间分辨率低，如离体组织，在样本解剖结构的背景下从微米到毫米范围内进行测量具有重大意义。