从有机化合物的质谱图中可以看到许多离子峰，这些峰的m/z和相对强度取决于分子结构，并与仪器类型，实验条件有关。质谱中主要的离子峰有分子离子峰、碎片离子峰、同位素离子峰、重排离子峰及亚稳离子峰等。正是这些离子峰给出了丰富的质谱信息，为质谱分析法提供依据。
分子受电子束轰击后失去一个电子而生成的离子M+称为分子离子，例如：M+e¨→M+ + 2e¨，在质谱图中由M+ 所形成的峰称为分子离子峰。因此，分子离子峰的m/z值就是中性分子的相对分子质量Mr，而Mr是有机化合物的重要质谱数据。
同位素离子峰
在组成有机化合物的常见十几种元素中，有几种元素具有天然同位素,如C,H,N,O,S,Cl,Br等。所以，在质谱图中除了最轻同位素组成的分子离子所形成的M+峰外，还会出现一个或多个重同位素组成的分子离子峰，如(M+1)+、(M+2)+、(M+3)+等，这种离子峰叫做同位素离子峰。
对应的m/z为M+1、M+2、M+3表示。人们通常把某元素的同位素占该元素的原子质量分数称为同位素丰度。同位素峰的强度与同位素的丰度是相对应的，下表列出了有机化合物中元素的同位素丰度及峰类型。
