转基因动物可用于观察目的基因在胚胎不同发育阶段的特异性表达、关闭及调控机制，了解调控顺序（如增强子、启动子）在组织特异性表达中的作用，例如人肾素基因在小鼠体内的特异性表达可能与该基因的5’端侧翼顺序有关。
此外，转基因动物还可用于识别动物发育过程中的基因（包括内源基因）及其活动，也可测出与动物发育相关的未知基因的表达特性。
