通过Sapphire平台研究基于荧光的一种蛋白质RNA相互作用...

通过Sapphire平台研究基于荧光的一种蛋白质-RNA相互作用的小分子调节剂

Azure Biosystems

国立首尔大学化学系CRI化学蛋白组学Wan Gi Byun团队在《Chembiochem》发表了他们最新的研究成果，基于荧光的紧密结合分析发现了一种蛋白质-RNA相互作用的小分子调节剂。

那为什么要研究RNA-蛋白之间的相互作用呢？

RNA和蛋白是可以相互作用的生物分子，可以通过物理性相互作用，调节彼此的生命周期和功能。mRNA编码序列指导蛋白质和一些调节序列的合成，而mRNA的非翻译区域通过调控蛋白质的翻译、定位和与其他蛋白质的相互作用，影响编码蛋白的命运。另一方面，从RNA合成到降解的过程中，蛋白质反过来可以结合和调控RNA的表达和功能。RNA与蛋白质的相互作用对于维持细胞稳态是非常重要的，而干扰两者的相互作用会造成细胞功能失调和相关疾病的发生。

那如何来检测蛋白-RNA间的相互作用呢？

让我们一起来看看Wan Gi Byun团队是怎么做的：

蛋白质结合会引起微环境的变化，而这将会显著改变与之结合的核酸偶联的荧光基团的荧光强度。鉴于此，Wan Gi Byun团队构建了一种简单而强大的分析方法来检测let-7 miRNA及其转录后调控蛋白Lin28之间的相互作用。通过荧光EMSA来确定化合物的活性以及IC50，测定荧光结合强度后，经4%丙烯酰胺凝胶电泳后，使用Azure Sapphire对Cy3和TAMRA以及Cy5的荧光信号进行可视化检测。
 

Figure 3. Hit identification and validation (a) Chemical structure of hit compounds. (b) Dose-response curve obtained by fluorescence intensitybased binding assay. Error bars represent the standard deviation from three independent measurements. (c) Hit validation by EMSA.

此外，通过Western Blot来检测下游信号通路蛋白的含量变化。

仅需一台Sapphire即可完成EMSA和Western Blot的检测，Sapphire的功能绝不仅限于此……

Sapphire是市面上唯一可以进行扫描式和CCD成像化学发光的双模式成像系统，也是唯一使用3种检测器检测信号的成像系统（APD，PMT，CCD），具有更宽的动态范围，灵敏度更高，分辨率可达10-1000微米。

Sapphire除了完成Paper中使用的EMSA凝胶阻滞实验外，还能完成哪些实验呢？

可以完成DNA/Protein凝胶成像，Western Blot化学发光，多通道荧光检测， in-cell western检测，2D和2D-DIGE以及磷屏成像检测……