马里兰大学获FDA合同通过两种NGS技术测序病原体

　　美国马里兰大学医学院基因组科学研究所(IGS)近日获得美国FDA的一份研究项目合同，利用两种高通量测序技术对细菌病原体进行测序、组装和注释，以支持公共参考数据库的扩展。

　　据介绍，这个项目将持续两年，目标是产生序列草图，让其他研究人员能够用来开发和评估基于NGS的体外诊断，以鉴定病原体。

　　根据这项合同，IGS基因组资源中心的研究人员将利用两种高通量测序平台，Illumina和Pacific Biosciences，以及多种基因组组装软件包和组装QA/QC pipeline，来组装和验证所产生的基因组序列草图。

　　Illumina测序仪是目前市场上使用最广泛的测序平台，通量高，准确性好，但读长不太给力。 PacBio RS II测序仪经过升级，平均读长达5,000 bp，最长读长超过20,000 bp。研究人员认为，通过使用这两种互补的测序平台，他们能够交叉验证共有序列，带来有可能最高的序列准确性。

　　IGS认为，在鉴定微生物时，高通量测序技术的不断开发将对人类医疗保健、生物威胁响应、食品安全及其他方面有着重要的影响。开发一个全面的微生物基因组序列数据库将作为一个宝贵的参考，可评估基于高通量测序的诊断设备。这个数据库中将添加注释好的基因组序列，让人们确认体外微生物病原体鉴定的结果。

　　IGS基因组资源中心将承担该项目的测序和分析。这是个前沿的基因组测序和分析中心，在微生物基因组研究上有着悠久的历史，近五年来，它已经测序并分析了5,000多种微生物的基因组序列。该中心由科学主管Luke Tallon和行政主管Lisa Sadzewicz领导。

　　Tallon表示：“我们很高兴能够将我们在基因组测序和分析上的专业知识贡献给FDA的这一重要项目。”Sadzewicz在接受采访时表示：“具体而言，我们的项目是帮助扩展微生物基因组序列及相关元数据的数据库，这个数据库可作为参考，以评估基于测序的新型检测和设备。”

　　IGS的主任Claire Fraser博士则认为：“这个数据库将是科学界和医疗诊断界的重要参考。自我们研究所2007年成立以来，我们已经与联邦机构和全球的科研伙伴合作，测序和分析了大量的细菌病原体，我们很高兴能够与FDA一起开发这个参考数据库。”