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2002年日本学者Okazaki在对小鼠cDNA文库进行测序时，第一次发现并鉴定了一类较长的转录产物，并将其命名为长链非编码RNA，也就是我们所知的LncRNA。然而在这种非编码RNA被发现后的很长时间里，由于它不参与蛋白质的编码，当时认为不具有生物学功能，科学家们都普遍认为lncRNA仅仅是基因的“转录噪声（transcriptional noise）”。相比于过去十年间sncRNA（短链非编码RNA，包括microRNA、siRNA、snoRNA 和 PiwiRNA等）的风生水起，lncRNA由于序列长度，研究方法的限制而受到了忽视。 一般认为，长度大于200nt的ncRNA就可以定义为LncRNA，这是一种和信使RNA结构相似的，缺乏开放阅读编码框的非编码RNA，是RNA聚合酶II的转录产物，主要分布在细胞核和细胞质中。根据lncRNA 编码转录物的长度，lncRNA可以大致分为五类：lncRNA、基因间区长链非编码......阅读全文
这是一个与 mRNA 结合的细菌核糖体的分子模式图，该核酸蛋白复合体正在合成蛋白质。 随着科研人员逐渐揭开 RNA 修饰的奥秘，帮助我们了解表观转录组学（epitranscriptomics）的工具也变得越来越多了。 2004 年，以色列特拉维夫大学（Tel Aviv University
还记得CRISPR-Cas9基因组编辑技术，cryo-EM，甚至高通量测序技术未出现之前，我们是怎样进行研究的吗？其实大家不用回忆太久，因为这不是很久以前的事。在过去几年间，生物学研究技术进步步伐快的让人难以置信。 Cell出版社旗下Molecular Cell杂志推出了技术特刊，介绍了新技术
肿瘤作为一个异常复杂的“生态系统”，不同类型的肿瘤细胞与非肿瘤细胞共同构成了肿瘤微环境。肿瘤存在肿瘤间异质性和肿瘤内异质性，可以说肿瘤内每种细胞都存在于不同的微环境中，每种细胞都可能有不同的代谢状态。由于异质性，肿瘤细胞会通过改变自身代谢模式（即“代谢重编程”）来适应不同的微环境，以满足其对能量
生物体内的所有细胞都携带着相同的遗传物质——DNA。不同细胞读取和表达不同的部分，从而实现特异性的功能。比如说，神经细胞表达的基因帮助它们给其他神经细胞传递信息，而免疫细胞表达基因帮助它们合成抗体。 这样的基因表达受到转录因子的控制，但人们一直很难定位功能性转录因子在DNA上的结合位点。之前的
多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运。 我们都参加过大型生日派对：在拥挤的房间里，与许多人聊天、吃饭和庆祝。但是，试想你并不知道寿星是谁，只是像一个局外者看待这个派对。你可能会觉得整个事件看起来与
多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运 多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运。 我们都参加过大型生日派
文章导读 染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation , ChIP）是研究蛋白质与DNA互作的标准方法。通过与高通量测序技术相结合，研究者开发了ChIP-seq技术，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息，目前被广泛应用于转录调控、
染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation , ChIP）是研究蛋白质与DNA互作的标准方法。通过与高通量测序技术相结合，研究者开发了ChIP-seq技术，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息，目前被广泛应用于转录调控、表观遗传等研究领
遗传筛选是生物学中最有力的工具，它可以阐明复杂的生物过程。最近四项研究已经开发了一个新的遗传分析方法，通过使用单个细胞作为微观实验室，测定扰动。这些研究开发了CROP-seq、PERTURB-seq和CRISP-seq技术，克服了现有基因筛查方法的局限性，并且可以分析一些原本无法分析的样本。
1.Cut&Tag原理ChiTag是Protein A蛋白与Tn5转座酶的融合蛋白，当抗体结合目的蛋白（如转录因子、组蛋白等）后，Protein A蛋白可直接结合抗体，携带的Tn5转座酶可特异性的切割目的蛋白附近的DNA片段，并将DNA片段连上接头，文库构建后进行高通量测序。图1 Cut&a
2017年即将过去，这一年的非编码RNA研究取得了很多重磅级成果。与早先的主要是在不同类型的疾病（癌症）中大规模鉴定非编码RNA，今年的研究是对非编码RNA机制的更深入探索，给我们展现了作用方式更丰富多彩的非编码RNA世界。图片来源于网络 一 长非编码RNA（lncRNA） 长非编码RNA是
生物通报道 如今，细胞群体的平均值数据已不再能够满足研究的需求。研究人员开始转向单细胞来探索基本的生物学。在这一期的《BioTechniques》上，Jeffrey Perkel博士介绍了让单细胞实验成为现实的技术。 2015年底，巴西卫生部门和世界卫生组织报告，新生儿中小头症的发病率急剧增加
如今，细胞群体的平均值数据已不再能够满足研究的需求。研究人员开始转向单细胞来探索基本的生物学。在这一期的《BioTechniques》上，Jeffrey Perkel博士介绍了让单细胞实验成为现实的技术。 2015年底，巴西卫生部门和世界卫生组织报告，新生儿中小头症的发病率急剧增加。没过多久，
截至2019年8月26日，中国学者在Cell，Nature及Science在线发表了117篇文章，iNature团队对于这些文章做了系统的总结： 按杂志来划分：Cell 发表了18篇，Nature 发表了53篇，Science 发表了46篇； 按是否有合作单位划分：其中有54篇文章由独立的一
最近，一种用于RNA序列分析的新方法，可让研究人员确定新的细胞亚型，从看似全然混乱的状态创造出秩序。这项新技术发表在最新一期的Nature旗下子刊《Nature Biotechnology》，是由欧洲生物信息研究所欧洲分子生物学实验室（EMBL-EBI）的科学家开发，标志着我们向单细胞基因组迈进
CRISPR-Cas9作为一种有效的基因编辑方法，在疾病预防与治疗中具有巨大的潜能，但是在临床转化中必须要考虑到它的脱靶效应。传统的生物学手段如电泳或测序等，虽然也可以用来研究Cas9的靶向性，但是其结果大多数为静态的、平均的。2019年3月发表在Nature Structural and Mo
英国著名杂志《Nature》周刊是世界上最早的国际性科技期刊，自从1869年创刊以来，始终如一地报道和评论全球科技领域里最重要的突破。其办刊宗旨是“将科学发现的重要结果介绍给公众，让公众尽早知道全世界自然知识的每一分支中取得的所有进展”。近期《Nature》下载论文最多的十篇文章（2017年2月
地球环境噪音披露内部深处的线索 一种基于地震噪声，即地球的集体“嗡嗡声”的新技术正在帮助科学家们探索我们行星的内部深处。地球的表面受到了大气压变化、海浪、雨、风和喧闹的人类活动的持续性的轰击。这些力产生了作为地球背景噪声一部分的地震波。人类无法听到地震噪声，但我们可以看到它
在2019年，深圳大学获得345项国家自然科学基金的资助，资助总额度达到1.47亿，进入了全国20强。另外，对于全球高校综合排名，深圳大学首次跨入全球500强（点击阅读）。深圳大学正在不断崛起，在2019年（截至2019年8月23日），深圳大学发表了2篇Science，1篇Nature： 20
差异显示聚合酶链反应（PCR) 可促进在诸多物种中与污染暴露相关的新分子标志物的鉴定。至今，已有多种差异显示方法被详细描述。这里，我们描述了一种改良的RNA 随机引物触发的 PCR 方 法（RNAarbitrarily primed PCR， RAP-PCR) , 主要涉及通过 罗 丹 明（rhod
实验步骤 ##一、 从组织和培养细胞中分离RNA1.TRIzol试 剂（Invitrogen)。该试剂含有苯酚和硫氰酸盐化合物，操作时应穿实验服，戴手套，存放于 4°C 。2.氯仿。3.异丙醇。4.乙醇。5.焦炭酸二乙酯（DEPC) 处理的水
##六、从组织或培养细胞提取 RNARNA可以从各种来源的样本包括培养的细胞（例如神经元细胞、肝细胞等）和组织中分离得到（见 注 释 1) 。 mRNA 的 纯 化 对 FRAP-PCR 方法来说并不需要，因为mRNA 仅占细胞总 R N A 的 3 % 〜5 % (13)。因而在本章所描述
人造锌指蛋白的设计和合成 实验材料 寡核苷酸引物
实验材料 寡核苷酸引物试剂、试剂盒 氨苄青霉素磷酸缓冲生理盐水Tris-氯化氢SDS-PAGE仪器、耗材 DNA 测序仪色谱设备实验步骤 本节描述的方法大概包括：( 1 ) 设计的锌指蛋白的表达和纯化。( 2 ) 人工锌指设计技巧。( 3 ) 人工锌指构建步骤。( 4 ) 锌指结构和金属配位的确认。
在 DNA 结合模体中，（Cys)2(His)2 类型的锌指模体具有大的操控潜力。为新的 DNA 结合蛋白设计，锌指模体提供了有吸引力的框架。特别是为产生新的、具有全新的 DNA 结合特性的，如长 DNA 链识别、DNA 弯折和 AT 富集序列识别——人造锌指蛋白。本实验来源「现代蛋白质工