WIKI资讯

逐次修正基因组法：有效提高非模式生物蛋白质组鉴定...

逐次修正基因组法：有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略随着高通量测序技术的不断崛起，全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前，主要有两种获得研究物种参考基因组的策略：de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正，mapping是指将所有测序读段通过序列比对定位到参考基因组上。De novo 基因组拼接是利用短读序列（reads）组装出一个基因组草图，然后通过自动注释标出可能的开放阅读框（open reading frame, ORF）。然而现行的测序平台和自动拼接算法的限制，并不能一次拼接出较长的基因组序列，而是输出数以万计的短碎的contig，这些contig常常缺乏完整的ORF，或者很难对ORF进行预测，甚至对于基因组较小的生物也存在这种问题。因此，想要做到较好的基因组拼接效果，就必须额外进行测序以及更复杂的计算处理。然而即便是这样，拼接结果仍然错误频发。研究报道，当食烷菌（......阅读全文