按照《教育部 财政部关于实施高等学校创新能力提升计划的意见》和《教育部 财政部关于印发高等学校创新能力提升计划实施方案的通知》的要求，教育部、财政部于2013年1月中旬至4月初组织了2012年度协同创新中心的认定工作。经过专家初审、会议答辩、现场考察、综合咨询、社会公示等环节，经“2011计划”领导小组批准，认定14个2012年度协同创新中心（名单附后）。节，经“2011计划”领导小组批准，认定14个2012年度协同创新中心（名单附后）。
| 序号 | 中 心 名 称 | 主要协同单位 | 类别 |
| 1 | 量子物质科学协同创新中心 | 北京大学、清华大学、中科院物理所等 | 前沿 |
| 2 | 生物治疗协同创新中心 | 四川大学、清华大学、中国医学科学院、南开大学等 | 前沿 |
| 3 | 天津化学化工协同创新中心 | 天津大学、南开大学等 | 前沿 |
| 4 | 量子信息与量子科技前沿协同创新中心 | 中国科技大学、南京大学、中科院上海技物所、中科院半导体所、国防科技大学等 | 前沿 |
| 5 | 中国南海研究协同创新中心 | 南京大学、中国南海研究院、海军指挥学院、中国人民大学、四川大学、中国社科院边疆史地中心、中科院地理资源所等 | 文化 |
| 6 | 司法文明协同创新中心 | 中国政法大学、吉林大学、武汉大学等 | 文化 |
| 7 | 宇航科学与技术协同创新中心 | 哈尔滨工业大学、中航科技集团等 | 行业 |
| 8 | 先进航空发动机协同创新中心 | 北京航空航天大学、中航工业集团等 | 行业 |
| 9 | 有色金属先进结构材料与制造协同创新中心 | 中南大学、北京航空航天大学、中国铝业公司、中国商飞公司等 | 行业 |
| 10 | 轨道交通安全协同创新中心 | 北京交通大学、西南交通大学、中南大学等 | 行业 |
| 11 | 河南粮食作物协同创新中心 | 河南农业大学、河南工业大学、河南省农科院等 | 区域 |
| 12 | 长三角绿色制药协同创新中心 | 浙江工业大学、浙江大学、上海医药工业研究院、浙江食品药品检验研究院、浙江医学科学院、药物制剂国家工程研究中心等 | 区域 |
| 13 | 苏州纳米科技协同创新中心 | 苏州大学、苏州工业园区等 | 区域 |
| 14 | 江苏先进生物与化学制造协同创新中心 | 南京工业大学、清华大学、浙江大学、南京邮电大学、中科院过程工程研究所等 | 区域 |
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