2025蛋白质组学大会之蛋白质组动态

　　2025年10月14日14点在广州白云国际会议中心国际会堂珠水厅，第12届AOHUPO大会暨第8届AOAPO大会暨π-HuB国际大科学计划第三届全球峰会暨第13届CNHUPO大会“Proteome Dynamics”分论坛顺利拉开帷幕。本论坛由中国科学院大连化学物理研究所张丽华研究员、南京大学刘震教授和四川大学戴伦治研究员共同组织；莫纳什大学Pouya Faridi教授和耶鲁大学医学院Yansheng Liu教授共同主持。来自新加坡科技研究局、莫纳什大学、耶鲁大学、南洋理工大学、南京大学、中国科学院大连化学物理研究所、四川大学和国立台湾大学的顶尖学者，围绕动态蛋白质组学的技术前沿、基础科研和临床转化展开了热烈的研讨，旨在揭示在衰老、疾病等发生发展过程中蛋白质的含量、翻译后修饰和相互作用的动态变化，以期为生物标志物的发现和精准治疗策略的发展提供新思路。

分会报告

Dr. Wei Wu

Agency for Science, Technology and Research, Singapore

Going “Beyond Personal” in the Quest for Neoantigens

　　Wei Wu教授聚焦新抗原发现的策略创新，旨在突破个性化医疗的局限，解决低肿瘤突变负荷癌症中新抗原稀缺的临床难题。通过整合基因组注释优化、非经典翻译事件挖掘及蛋白降解技术，系统探索了超越点突变来源的新抗原资源，从癌症特异性翻译产物中鉴定隐藏表位。同时利用质谱和免疫学方法，验证新抗原的可呈递性与免疫原性，证实其可激发特异性T细胞反应，为低突变负荷肿瘤（如部分实体瘤）的免疫治疗提供了新靶点。此外还针对新抗原呈递效率低的瓶颈，开发了PROTAC介导的选择性蛋白降解策略。通过诱导癌蛋白（如Stat3）的靶向降解，增强新抗原的MHC-I类分子呈递，从而提升免疫识别效能。这一突破有望扩大免疫治疗受益人群，推动新抗原疗法从个性化向通用化迈进。

Dr. Pouya Faridi

Monash University

The Trans Effect of Driver Mutations on the Tumour Antigenic Landscape

　　Pouya Faridi教授聚焦于驱动突变对肿瘤抗原景观的"跨效应"调控机制研究。以儿童弥漫性中线胶质瘤为模型，发现组蛋白突变H3K27M不仅直接产生新抗原，更通过表观遗传重编程激活沉默基因组区域，显著扩展了肿瘤抗原库。利用CRISPR/Cas9构建H3K27M同基因细胞系模型，通过深度覆盖的免疫肽组学技术（SAPrIm方法）在临床微量样本中鉴定超过20,000个肽段，揭示了突变细胞中特异性呈现的肿瘤相关抗原。这些抗原不仅来源于经典蛋白编码区，更涉及非经典开放阅读框（如uORF、IncRNA-ORF）等"暗蛋白组"区域。建立了以驱动突变为中心的抗原发现新范式，证明单基因突变可通过"跨效应"重塑整体抗原呈递格局，为低突变负荷肿瘤的免疫治疗靶点开发提供了新方向。

Dr. Yansheng Liu

Yale School of Medicine

Proteome and Phosphoproteome Turnover Atlas: From In Vitro to In Vivo

　　Yansheng Liu教授长期专注于蛋白质组动力学、翻译后修饰（如磷酸化）及其在癌症与非整倍体中的调控机制研究。通过创新开发pSILAC-DIA技术平台，实现了从体外细胞模型到活体动物组织的蛋白质组动态精准定量，并构建了迄今最全面的小鼠多组织蛋白质组与磷酸化蛋白质组动态图谱。覆盖了8个主要组织和多个脑区的11000个蛋白质及40000个磷酸化位点，揭示了组织特异性蛋白寿命规律、磷酸化修饰对蛋白质稳定性的长期调控作用，以及蛋白质复合物亚基间的协同周转特征。这些发现为理解蛋白质稳态在衰老、癌症等疾病中的失调机制提供了动态分子基础，并为靶向蛋白质降解等治疗策略的开发提供了新视角。

Dr. Nguan Soon Tan

Nanyang Technological University

A Muiti Organomics Map Reveals Complementary Metabolic Rewiring by GLP 1 and Dietary Reversion Using the MASLD Mouse Model

　　Nguan Soon Tan教授聚焦代谢功能障碍相关脂肪肝病（MASLD）的精准治疗策略研究。通过LIDPAD小鼠模型整合多组学技术，系统解析了GLP-1受体激动剂——司美格鲁肽与饮食回归干预的协同代谢重编程机制。揭示了semaglutide通过激活肝脏昼夜节律程序，特异性调控胆汁酸组成并抑制肠道脂质吸收基因，减少肠-肝脂质输入；而饮食回归则广泛激活肝腺和脂肪组织的大营养素氧化途径，通过微生物组依赖的胆汁酸解离增强肝外脂质氧化能力。他指出两种干预虽均改善肝组织学和氧化应激，但分别作用于肠-肝枢纽脂质通量轴的不同节点——司美格鲁肽侧重输入限制，饮食回归强化氧化。这一“通量感知”框架为MASLD的分期精准治疗提供了新范式，指出药物与饮食策略的联合应用可以突破疾病阶段的代谢限制。

刘震 教授

南京大学

Cracking the Glyco-Code

　　刘震教授聚焦糖组学解码的前沿挑战，指出糖类作为生命体关键组分蕴含重要生物信息，但因其结构多样性，破解“糖密码”始终是一项艰巨挑战。团队创新性地开发了基于钙钛矿量子点@分子印迹聚合物探针的降维荧光标记技术，结合AI驱动的降维解码技术，突破了传统质谱法的精度与可操作性局限。通过该技术绘制了9种主要人类癌症的糖基化图谱，揭示了末端单糖的组合模式会形成“器官特异性特征”，且这些特征在癌症中会发生系统性重编程。该策略在癌症高精度分类、亚型分层及转移源追踪等关键临床应用中展现出独特的应用潜力。有望为精准病理诊断、肿瘤亚型发现、精准医疗及空间蛋白质组学提供关键技术支撑。

赵群 研究员

中国科学院大连化学物理研究所

Large-Scale Mapping of Dynamic Protein Complexes in Cells by in Vivo Crosslinking Mass Spectrometry

　　赵群研究员深耕于蛋白质原位动态构象变化与复合体组装解析技术及在细胞活动调控中的关键作用研究。通过发展原位化学交联质谱（XL‑MS）技术，在活细胞微环境下系统研究了蛋白质相互作用的时空动态组装。研制了高生物相容性、细胞可渗透且具同位素报告离子定量能力的多功能交联试剂，并结合高效的生物正交富集与高可信度肽段鉴定策略，显著提升了原位XL‑MS分析的灵敏度、覆盖度和准确性，实现了对活细胞及原代细胞中瞬态和低丰度蛋白互作的可靠检测。通过靶向细胞器的富集策略，绘制了亚细胞尺度的蛋白质互作网络，并以MG132诱导的PTEN核质转运为模型，揭示了在从胞浆到胞核穿梭过程中互作组的动态变化。此外还解析了蛋白复合体在相分离过程中的重组机制。所发展的原位XL-MS技术不仅为解析细胞适应与应激响应的分子机制提供了有力工具，也为生命科学与精准医学的纵深发展提供了新思路。

戴伦治 研究员

四川大学

Internal Standard-Assisted Profiling of Protein Modifications in Low-Input Samples

　　戴伦治研究员聚焦超微量蛋白质修饰组学技术开发与应用，针对微量样本（如稀有细胞、活检组织）中低丰度修饰多肽检测难点，开发了微量蛋白质修饰组学新技术。通过引入TMT标记的乙酰化内标增强样本中乙酰化肽段一级质谱信号并触发二级碎裂，不依赖抗体亲和富集，在1万个细胞中鉴定到~1500个乙酰化位点，样品用量降低至百分之一。利用该技术不仅绘制了衰老过程中关键修饰（如H4K77ac）的动态变化图谱，还为衰老相关疾病（如肌少症、肠癌）的生物标志物发现提供了高灵敏度工具。极大推动了微量样本蛋白质修饰分析从方法创新到临床转化。

Dr. Miao-Hsia Lin

National Taiwan University

Layer-Resolved Proteomic Profiling of the Corea After Trigeminal Denervation

　　Miao-Hsia Lin教授团队通过基于文库的数据非依赖采集（DIA）策略，对神经性角膜病变中2,000个上皮细胞、角膜基质细胞及内皮细胞进行了蛋白质组学分析，系统解析了不同角膜细胞层在神经损伤下的分子响应。研究发现，尽管各细胞类型对损伤的应答具有特异性，但铁死亡通路在所有细胞类型中均被一致激活，同时伴随免疫相关蛋白上调和活性氧清除蛋白减少，与脂质过氧化增强现象相符。该研究揭示了铁死亡与免疫调控在角膜退行性病变中的关键作用，为神经性角膜病变的机制解析提供了新视角。