2025蛋白质组学大会之非质谱蛋白质组学专场

　　2025年10月14日上午10点10分，第12届AOHUPO大会暨第8届AOAPO大会暨π-HuB国际大科学计划第三届全球峰会暨第13届CNHUPO大会“非质谱蛋白质组学” (Proteomics Beyond Mass Spectrometry) 分会场于广州白云国际会议中心岭南B厅拉开序幕。

本论坛由新加坡国立大学Limsoon Wong教授、上海交通大学陶生策教授、国家蛋白质科学中心-北京（凤凰中心）于晓波研究员、临港实验室江何伟青年研究员联袂组织，汇聚了来自新加坡、英国等多个国家的顶尖学者。与会嘉宾从技术革新与前沿应用两大维度，分享了一系列突破质谱技术边界的新技术新方法及其应用。整场报告通过多学科交叉视角，共同探索蛋白质组学的未知地带，为疾病诊断、新药研发与基础生物学研究开辟了全新视野。

分会报告

Prof. Chiensheng Chen

National Cheng Kung University, Chinese Taipei

A Next-Generation Proteome Microarray: Wafer-Based Mechanistic Proteomics

　　Chen教授介绍了其团队开发的新一代晶圆级蛋白质组芯片技术。该技术采用晶圆基底替代传统玻片，实现了超高密度的蛋白点阵排布，单个晶圆即可容纳整个大肠杆菌蛋白质组，并配套开发了专用的高灵敏度扫描系统。与原有技术相比，新平台显著提升了检测灵敏度和点阵均一性，展示了晶圆蛋白质组芯片作为一种高效、灵敏的新平台，在生物学机制探索中的巨大潜力与应用前景。

Prof. Limsoon Wong

National University of Singapore, Singapore

Proteomics Beyond Cataloguing

　　Wong教授在报告中指出，当前蛋白质组学研究虽能利用质谱技术高效鉴定蛋白质，但多数成果仍停留在构建“蛋白质目录”层面，缺乏对蛋白质功能及分子机制的深入解析。他强调，领域亟须实现从“定性鉴定”向“机制解析”的范式转变，需融合新型功能实验技术与计算方法，系统揭示蛋白质的生物功能与调控网络，从而推动蛋白质组学从数据积累迈向机制发现的新阶段。

Prof. Zhengming Chen

University of Oxford, UK

Harnessing the Power of Proteogenomics in Biobanks to Advance Precision Health

　　Chen教授在报告中指出，传统流行病学研究在解析复杂疾病机制方面存在局限，尤其难以系统揭示环境、遗传与分子表型之间的交互作用。为解决这一瓶颈，其团队依托中国慢性病前瞻性研究项目（CKB）这一覆盖51万人的大型队列，开创性地整合基因组学与蛋白质组学等多维数据。通过构建高效的计算分析流程，实现了对海量生物样本的多组学标志物系统性挖掘，不仅显著提升了疾病生物标志物的发现效率，更成功识别出多个潜在药物靶点。该研究为阐明疾病机理、推动精准医学发展提供了重要科学依据。

Dr. Shuangjia Zheng

AI Pharmaceutical Research Department, Lingang Laboratory, China

Drugging Undruggable Targets with Generative Models

　　Zheng博士在报告中提出了一种突破传统药物发现范式的新方法。他指出，经典的“锁-钥”（Lock-And-Key）理论在针对不可成药靶点时面临巨大挑战。为解决这一瓶颈，其团队开发了AuroBind这一全新虚拟筛选平台。该平台重新定义了虚拟筛选的工作流程，通过高效的预过滤与对接策略，实现了在一天内完成对3000万化合物的超高通量筛选，极大提升了针对困难靶点发现先导化合物的效率与能力。这项研究展示了生成模型与人工智能技术在拓展可成药靶点空间方面的巨大潜力，为创新药物研发提供了强有力的新工具。

Prof. Sheng-ce Tao

Shanghai Jiao Tong University, China

Antibody Reactome: From Protein Microarray to PhiP-seq

　　Tao教授系统介绍了其团队在抗体反应组研究领域的系列工作。团队早期基于SARS-CoV-2蛋白质微阵列，通过对上千例患者血清的大规模分析，发现结构蛋白能够引发广泛的抗体应答，且抗体反应的强度与疾病严重程度显著相关。以此为基础，团队构建了首个新型冠状病毒特异性抗体反应组数据库。随着技术发展，团队的研究平台已拓展至新一代的噬菌体展示免疫共沉淀测序（PhIP-seq） 技术。他指出，PhIP-seq能够以超高通量方式无偏倚地系统性筛查针对数十万~上百万种肽段抗原（全覆盖人、260+人类病毒、细菌毒素、肠道菌群以及过敏原等）的抗体反应，这一技术突破标志着抗体反应组学研究进入更系统、更深入的新阶段。

Prof. Xiaobo Yu

National Center for Protein Sciences (Beijing), China

Advances in Non-mass spectrometry Proteomics Technology

　　Yu研究员系统介绍了其团队在高通量蛋白质组芯片技术领域的创新进展。其团队成功构建Human AAgAtlas 1.0人类蛋白质组芯片。该平台具备高灵敏度、宽动态范围、高重复等优势，可支持在短时间内高效完成大规模血清或血浆样本中抗体大数据的采集和标志物的解析。基于该技术平台，他联合国际学者共同发起人体功能抗体组项目（HARP），旨在通过全球合作系统性推动癌症、神经退行性疾病等重大疾病的诊断和治疗。

Dr. Zheng Ser

Institute of Molecular and Cell biology (IMCB), A*STAR, Singapore

Structural Proteomics and Modelling Identifies Key Interacting Residue and Compact Conformation of Dengue NS2B-NS3 Complex

　　Ser博士在报告中系统阐释了其团队通过结构蛋白质学与计算建模对登革病毒NS2B-NS3蛋白酶复合物所取得的突破性认识。研究不仅成功解析了该复合物在活性状态下的空间构象，更精准识别出多个在蛋白酶催化过程中起关键作用的残基位点。该研究不仅深化了对黄病毒属蛋白酶功能调控机制的理解，更为基于结构的抗病毒药物设计提供了关键靶点信息和精准的分子模型，显著推动了针对登革病毒的特效药物研发进程。

总结

本次“非质谱蛋白质组学”分论坛的成功举办，不仅集中展示了蛋白质组学在蛋白质芯片、抗体反应组解析、蛋白基因组学、生成式AI药物设计及非质谱技术创新等前沿方向的突破性进展，更凸显了多学科交叉融合对拓展蛋白质研究边界、推动精准检验医学发展的关键作用。

通过与国内外顶尖学者在技术革新与机制探索层面的深度对话，论坛为蛋白质组学从方法创新走向临床转化搭建了高水平交流平台，为精准医学与检验体系的未来发展注入了新动能。