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JCIM：计算提升蛋白质蛋白质相互作用的预测精度

蛋白质-蛋白质相互作用和识别在生物学过程中有着非常重要的作用。尽管结构生物学已经取得了较大的进展，但直接采用实验方法确定蛋白质-蛋白质复合物结构仍然非常困难。分子对接技术是预测蛋白质-蛋白质复合物结构的有效方法。蛋白质-小分子之间的相互作用一般蛋白质受体有结合口袋，相互作用区域比较明确，而蛋白质-蛋白质相互作用则有可能发生在两个蛋白质表面上任何区域。因此，蛋白质-蛋白质相互作用的预测，需要对蛋白质表面进行全局且充分的搜索，然而全局搜索计算非常耗时。快速傅里叶变换方法（fast Fourier transform， FFT)是蛋白质-蛋白质对接中应用最广泛的搜索方法，因为该方法可以对蛋白质表面的互补情况进行充分且高效的全局搜索。为了推进蛋白质-蛋白质复合物结构预测的发展，欧洲生物信息学中心从2001年开始举办CAPRI预测竞赛（Critical Assessment of PRedicted Interactions），采用尚......阅读全文