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GTEx项目检测遗传学效应

组织内的转录本表达丰度在不同个体之间存在着差异。目前,研究者们对这种个体差异的遗传基础进行了分析。 研究者们在过去的几年里开展了大量的基因组分析,并从中获得了诸多经验,其中一条经验是:如果由大型研究团队开展一系列设计严谨、目标宏大、分析周全的遗传学研究的话,将会推动该研究领域取得巨大的飞跃。这些遗传学研究既能够为研究者提供新的见解,也能够生成大量可供所有研究人员广泛利用的基因数据集,从而实现遗传学研究领域的飞跃。因此值得注意的是,虽然我们现在已经知道绝大多数常见的、与疾病风险有关的遗传多态性位点(即特定DNA序列上的变异)都是通过调控基因表达来发挥作用的,但是我们一直都未开展过“大科学(big science)”转录分析。最近,基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression, GTEx)研究联盟(GTEx Consortium)分别在本期期刊的第648页、第660页和第666页上发表了第一批转录研究......阅读全文

DNA microarray相关的基因表达数据处理攻略

基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具,本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片,是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因

基因表达谱数据聚类分析相关内容

DNA微阵列基因表达数据分析 对于基因表达谱数据的分析是生物信息学 的研究热点和难点。转化为数学问题,分析任务是从数据矩阵 M 中找出显著性结构,结构类型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。对基因表达谱数据的分析是数据挖掘问题,所采用的方法包括通过可视

真核细胞表达系统的类型与常用真核细胞表达载体

原核表达系统是常被用来研究基因功能的成熟系统,由于原核表达系统具有包涵体蛋白不易纯化、蛋白修饰不完整等缺陷,人们也开始利用真核细胞表达系统来研究基因。自上世纪70年代基因工程 技术诞生以来,基因表达技术已渗透到生命科学研究的各个领域。并随着人类基因组计划实施的进行,在技术方法上得到了很大发展,时至今

活体电穿孔法介绍

1、什么是活体电穿孔活体电穿孔法(in vivo electroporation) 是将外源基因通过电场作用,导入动物目标组织或器官。由于这种方法能有效导入外源基因,可在多种组织器官上应用,并且效率较高。活体电穿孔法的原理很简单,在直流电场作用的瞬间,细胞膜表面产生疏水或亲水的微小通道105~115

活体电穿孔法介绍

1、什么是活体电穿孔 活体电穿孔法(in vivo electroporation) 是将外源基因通过电场作用,导入动物目标组织或器官。由于这种方法能有效导入外源基因,可在多种组织器官上应用,并且效率较高。活体电穿孔法的原理很简单,在直流电场作用的瞬间,细胞膜表面产生疏水或亲水的微小通

GTEx项目检测遗传学效应

  组织内的转录本表达丰度在不同个体之间存在着差异。目前,研究者们对这种个体差异的遗传基础进行了分析。  研究者们在过去的几年里开展了大量的基因组分析,并从中获得了诸多经验,其中一条经验是:如果由大型研究团队开展一系列设计严谨、目标宏大、分析周全的遗传学研究的话,将会推动该研究领域取得巨大的飞跃。这

活体生物发光成像技术的最新进展

活体动物体内光学成像(Optical in vivo Imaging)主要采用生物发光(bioluminescence)与荧光(fluorescence)两种技术。生物发光是用荧光素酶(Luciferase)基因标记细胞或DNA,而荧光技术则采用荧光报告基团(GFP、RFP, Cyt及dyes等)进

确定生物芯片实验研究目标

目前生物芯片尤其是基因芯片已广泛用于医学研究之中,已有很多商业化生产的生物芯片产品销售,研究者直接可以选择成型的产品使用,不需要自己制备芯片,因此如何正确使用芯片解决研究中的生物学问题是研究者更关注的。     基因芯片设计是最重要的部分,它关系到最终结果能否

PNAS:雷富民/屈延华团队揭示3种高原鸟类适应性机制

  居住在高海拔环境中的物种由于不利的环境条件(包括缺氧,低温和强紫外线辐射)而受到严重的选择压力。青藏高原(QTP)是世界上最高,最大的高原,平均海拔4500米。这种恶劣的高海拔环境导致人类,哺乳动物和鸟类的类似表型适应性的演变,例如,缺氧抗性,耐寒性,增强的代谢能力和增加的体重。然而,尽管在这些

973首席科学家发表《Genome Biology》文章

来自西南大学蚕学与系统生物学研究所的研究人员利用家蚕全基因组芯片分析家蚕多种组织基因表达特征,这一研究成果公布在国际生物学权威期刊《Genome Biology》网络版上。 领导这一研究的是夏庆友教授,现任教育部“长江学者”特聘教授,“973”项目首席科学家 原文检索:Genome Biolog

《基因组生物学》—夏庆友小组—家蚕基因表达研究

日前,国际生物学权威期刊《基因组生物学》在线发表了西南大学蚕学与系统生物学研究所夏庆友教授领衔的课题组关于利用家蚕全基因组芯片分析家蚕多种组织基因表达特征的最新研究成果。 家蚕是重要的经济昆虫,既能用于蚕丝的生产、也能作为生物反应器生产外源蛋白;同时,家蚕也是鳞翅目昆虫生化、分子遗传以及基

常用的分子生物学基本技术

核酸分子杂交技术由于核酸分子杂交的高度特异性及检测方法的灵敏性,它已成为分子生物学中最常用的基本技术,被广泛应用于基因克隆的筛选,酶切图谱的制作,基因序列的定量和定性分析及基因突变的检测等。其基本原理是具有一定同源性的原条核酸单链在一定的条件下(适宜的温室度及离子强度等)可按碱基互补原成双链。杂交的

棉花耐盐相关基因 GhVP 的表达及功能分析

土壤盐渍化是世界范围内限制农作物产量和品质的重大问题。棉花是改良盐碱地的先锋作物。培育棉花耐盐品种,开发利用大面积盐碱地是棉花种植的必然趋势,通过分子生物学手段挖掘棉花耐盐相关基因,创新棉花种质资源,对棉花耐盐性研究尤为重要。系统进化分析表明 GhVP 与盐生植物盐爪爪、灰绿藜的亲缘关系最近,进一步

棉花耐盐相关基因 GhVP 的表达及功能分析

土壤盐渍化是世界范围内限制农作物产量和品质的重大问题。棉花是改良盐碱地的先锋作物。培育棉花耐盐品种,开发利用大面积盐碱地是棉花种植的必然趋势,通过分子生物学手段挖掘棉花耐盐相关基因,创新棉花种质资源,对棉花耐盐性研究尤为重要。系统进化分析表明 GhVP 与盐生植物盐爪爪、灰绿藜的亲缘关系最近,进一步

从微阵列数据发现癌症相关基因的新分析法

  日前,美国德克萨斯大学和达特茅斯学院的研究人员开发出一种识别癌症基因的新型基因表达分析方法。相关研究结果以“How to get the most from microarray data: advice from reverse genomics”为题发表在2014年3月21日的《BMC Ge

【综述】脂肪组织巨噬细胞:免疫治疗肥胖的新靶点?

  一、引言  巨噬细胞广泛分布于人体多个组织器官,它能识别外来病原体,在固有免疫、炎症反应中发挥重要作用。1993年Hotamisligil等发现肥胖动物模型脂肪组织的肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)分泌增加,首次将肥胖与炎症相联系,直到2003年Xu

当我们渐渐老去 基因表达如何改变

  当我们渐渐老去,基因表达会如何改变。伦敦国王学院等机构的研究人员对多个组织的基因表达变化进行了大范围的研究,发现皮肤表现出最明显的年龄相关基因表达变化。这项成果于近日发表在《Genome Biology》上。   衰老是一种复杂的自然现象,表现为结构和机能衰退,适应性和抵抗力减退。年龄也是

RNA分析的几个热点领域及主要技术路线

DNA,RNA和蛋白质是三种重要的生物大分子,是生命现象的分子基础。基因组DNA中的基因通过转录为mRNA并进一步翻译为蛋白质,很多种类的蛋白质在最终发挥功能时又经历磷酸化、糖基化、酶原激活等翻译后修饰。DNA的遗传信息决定生命的主要性状,而mRNA在信息传递中起很重要的作用。其它两大类RNA,rR

原位分子杂交和免疫组化SP法对PTEN的检测

原位分子杂交和免疫组化SP法对PTEN的检测 【摘要]目的:研究原位分子杂交和免疫组化sP法检测PTEN mRNA及其蛋白在HCC中的表述隋况。方法:56例肝细胞肝癌组织、17例肝硬化组织手术切除标本,经40g/L福尔马林固定,4 m厚连续切片,HE染色,病理诊断证实。结果:HCC组织中,

基因敲除的原理与方法

基因敲除可以说是基因组 学、细胞分离培养以及转基因技术的组合。那么基因敲除的原理是什么呢? 基因敲除的方法有哪些呢?在此,做个小结,以供大家学习。一.概述:基因敲除是自80年代末以来发展起来的一种新型分子 生物学技术,是通过一定的途径使机体特定的基因失活或缺失的技术。通常意义上的基因敲除主要是应用D

在Matlab中探索基因表达数据分析

DNA微阵列基因表达数据分析 本文利用Matlab及其生物信息学  工具箱提供的函数识别差异表达基因并利用基因本体论确定差异表达基因的生物学功能。 引言 包含寡核苷酸或cDNA  探针的微阵列可用来比较基因组尺度的基因表达谱,微阵列试验的重要目的在于确定不同条件

生物芯片技术在药物R&D中的应用(一)

1946年世界上第一台电子数字计算机ENIAC在美国Pennsylvania大学问。在随后的50年里,以美国的硅谷为摇篮,计算机技术不断飞速发展,给我们的生活带来了巨大的变革。无独有偶,1991年又是在美国硅谷,Affymax公司开始了生物芯片的研制,他们将芯片光刻技术与光化学合成技术相结合制作了寡

活体电穿孔法介绍(一)

1、什么是活体电穿孔活体电穿孔法(in vivo electroporation) 是将外源基因通过电场作用,导入动物目标组织或器官。由于这种方法能有效导入外源基因,可在多种组织器官上应用,并且效率较高。活体电穿孔法的原理很简单,在直流电场作用的瞬间,细胞膜表面产生疏水或亲水的微小通道105~1

活体电穿孔法介绍-1

1、什么是活体电穿孔活体电穿孔法(in vivo electroporation) 是将外源基因通过电场作用,导入动物目标组织或器官。由于这种方法能有效导入外源基因,可在多种组织器官上应用,并且效率较高。活体电穿孔法的原理很简单,在直流电场作用的瞬间,细胞膜表面产生疏水或亲水的微小通道105~1

TLP基因的表达模式分析

实验概要本实验对水稻、拟南芥及杨树的TLP基因表达模式进行了分析,为进一步研明植物中TLP基因的功能奠定基础。实验步骤1. 水稻TLP基因的RT-PCR分析   1) 植物材料选取水稻的根、茎、叶、花和种子的新鲜组织用于RNA的提取。水稻材料采集后,用液氮速冻,以保证RNA不被降

科学家找到了让T细胞在肿瘤组织中定殖的方法

  今年对于癌症免疫治疗领域来说,无疑是非常重要的一年。多个CAR-T疗法的相继获批上市,为许多之前无药可治的晚期血液肿瘤患者,带来了治疗甚至治愈的希望。  然而,相比于在血液肿瘤治疗邻域研究过程中的顺风顺水,CAR-T在实体瘤治疗邻域的研究可谓是举步维艰,收效甚微(1)。而其中,CAR-T治疗实体

基因技术专题-2

RNAi技术RNA干扰(RNA interference, RNAi)是近年来发现的研究生物体基因表达、调控与功能的一项崭新技术,它利用了由小干扰RNA(small interfering RNA, siRNA)引起的生物细胞内同源基因的特异性沉默(silencing)现象,其本质是siRNA与对应

活体电穿孔法介绍

1、什么是活体电穿孔 活体电穿孔法(in vivo electroporation)是将外源基因通过电场作用,导入动物目标组织或器官。由于这种方法能有效导入外源基因,可在多种组织器官上应用,并且效率较高。活体电穿孔法的原理很简单,在直流电场作用的瞬间,细胞膜表面产生疏水或亲水的微小通道105~115

活体电穿孔法介绍(二)

电 压电穿孔时在能量导入一定的情况下设计施加电压的值。电压过低或过高都会影响外源基因的表达。电压过低时,无法造成细胞膜表面状态的改变,因而外源D不能进入细胞内。电压过高时,局部组织积聚过多热量,造成细胞的死亡或组织失去功能,即使外源基因导入细胞,也无法进行正常的表达。哺乳动物常用的活体电压大多为20

生物医学光学技术

  摘 要:随着生物分子光学标记技术的不断进步,光学技术在揭示生命活动基本规律的研究中正发挥越来越重要的作用,也为医学诊断与治疗提供了更多、更有效的手段。本报告首先简要介绍光学技术在生物医学应用中的发展概况,然后从基因表达及蛋白质—蛋白质相互作用研究方面,讨论生物分子光学技术的特点与优势,阐明基于分