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SMRT测序改善CRISPR效果的评估

新兴的CRISPR技术在短短一年多的时间内掀起了基因组编辑的热潮。然而,对于这些基因改造手段的效率和结果,我们仍难以评估。目前的一些工具如荧光报告基因、克隆分析,缺乏生成报告细胞系时所需的灵敏度。高通量测序方法虽然能克服这一问题,但无奈读长太短,而供体DNA模板往往很长。 到目前为止,还没有一种测序平台能够同时评估非同源性末端接合(NHEJ)和同源介导修复(HDR)的发生频率,而这正是双链DNA断裂的两种主要修复机制。最近,单分子测序带来了一个好消息。研究人员证实,单分子实时(SMRT)测序技术能够同时测定任何位点的基因组编辑结果。这项研究成果发表在3月27日的《Cell Reports》上。 研究由斯坦福大学的Matthew Porteus领导。研究人员在文中指出,这种方法可应用于各种基因组编辑平台,包括TALEN、CRISPR/Cas9和锌指核酸酶(ZFN),以确定理想的改造结果出现时的条件和策略。 ......阅读全文

小麦基因组编辑抗病育种研究取得进展

民为国基,谷为民命。粮食安全是国家安全的重要基础,是关乎国运民生和社会稳定的头等大事。植物病害每年造成全球作物减产可达30%,全球气候变化、耕作制度改变及种植品种单一化等多种因素的叠加,致使植物病害更加频繁发生,严重威胁全球和我国粮食安全。选育和推广抗病新品种是防治作物病害经济、有效和环境友好的策略

临床多重耐药菌基因组编辑研究取得进展

  直接在临床分离的多重耐药菌中进行功能基因组学研究是解析耐药机制以及开发抗耐药策略最直接有效的方法。然而,由于缺乏能在临床耐药菌中直接进行高效基因编辑的工具,目前耐药机制仍主要是采用组学分析加在模式菌中的异源验证进行研究。这种脱离了临床耐药菌本身遗传背景的研究策略,往往忽略了遗传背景本身对耐药因子

作物基因组单碱基编辑方法研究取得进展

  单核苷酸点突变是作物许多重要农艺性状发生变异的遗传基础。单碱基的变异会导致氨基酸替换或蛋白质翻译终止,使基因功能发生改变,从而有可能产生优良的等位基因与优异性状。传统诱变及单碱基突变筛选技术(如TILLING)需要进行基因组规模的筛选,耗时、耗力且鉴定到的点突变数目和种类有限。基因组编辑技术,特

临床多重耐药菌基因组编辑研究取得进展

  直接在临床分离的多重耐药菌中进行功能基因组学研究是解析耐药机制以及开发抗耐药策略最直接有效的方法。然而,由于缺乏能在临床耐药菌中直接进行高效基因编辑的工具,目前耐药机制仍主要是采用组学分析加在模式菌中的异源验证进行研究。这种脱离了临床耐药菌本身遗传背景的研究策略,往往忽略了遗传背景本身对耐药因子

体内基因组编辑介绍

这应该是最受期待的基因治疗方法,即使用基因编辑技术直接修改体内突变的靶DNA,消除致病基因,恢复身体功能。这种方法的优点是可以治愈这种疾病。例如,在亨特综合征或血友病A患者中,尿酸-2-硫酸酯酶(IDS)或凝血因子-8在体内没有正常表达。如果将IDS或八因子基因插入基因组,它可以终身正常表达;缺点是

“基因组编辑核酸酶”当选《自然》年度研究方法

    《自然—方法学》视频介绍“基因组编辑核酸酶”   《自然》杂志子刊《自然—方法学》在最新一期推出了2011年度研究方法专刊,评选出了本年度研究方法——基因组编辑核酸酶(Gene-editing nucleases)。专刊包括社论、新闻特写、评论、视频等内容;同时,还评出其他8个值得关注的研

微生物所等发表植物基因组编辑研究综述

  序列特异性核酸酶使得基因组编辑成为可能,快速推动了基础和应用生物学的发展。CRISPR-Cas9系统自出现以来,作为可转化植物的基因组编辑工具已得到广泛应用。CRISPR-Cas9对基因组靶位点进行定向切割,造成DNA双链断裂。DNA双链断裂主要通过两种高度保守的机制进行修复,即非同源末端连接

遗传发育所揭示作物基因组编辑育种技术方法研究

  遗传与变异是物种进化的基础。通过物理、化学方法(如辐射诱变、EMS诱变)产生全基因组的随机突变已经成为农作物育种的常规手段,但其中具有新型农艺性状突变体的筛选较为费时、费力。定向进化(Directed Evolution)则通过创制目标基因的突变文库,在施加一定选择压力下能够快速获得目的突变体。

专家称人类基因组编辑研究必不可少

  在今年五月份,中山大学的研究人员,利用基因编辑系统除去了人类胚胎中的一个突变基因,引发了科学界关于道德伦理的广泛争论。相关阅读:Nature爆炸性新闻:中山大学人类基因组编辑引发科学界大动作。  最近,在全球第一次针对有争议的新技术的讨论会议上,专家指出,涉及人类基因组编辑的研究,包括人类胚胎研

日本与英国将联合开展“基因组编辑”基础研究

  日英两国政府间医疗研究机构将合作开展“基因组编辑”的基础研究,它是一项能自由改变生物基因的新技术。基因组编辑有望治疗先天性疑难疾病,英国在该领域处于领先地位,日英合作将共享最新的研究数据,提高研究能力。   日本医疗研究开发机构(AMED)将与英国国立卫生研究院(NIHR)、英国医学研