设计引物遵循原则、引物保存和各种PCR的引物设计

一 设计引物应遵循以下原则1 、引物长度: 15-30bp,常用为20bp左右。2 、引物扩增跨度: 以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段。3 、引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。上下游引物的GC含量不能相差太大。附加序列(RT site, Promoter sequence)加到5'端, 在算Tm值时不算,但在检测互补和二级结构是要加上它们. 引物对的Tm差异不超过5℃, 设计时温度和GC含量是个主要的参数,做复合扩增时更要设计成相近的温度,而且引物加个尾影响不大。但要切记BLAST,包括查阅文献的引物.如果两个引物Tm不同,将退火温度设定为比最低的Tm低5℃, 或者为了提高特异性,可以在根据较高Tm设计的退火温度先进行5个循环,然后在根据较低Tm设计的退......阅读全文

设计引物遵循原则、引物保存和各种PCR的引物设计

一 设计引物应遵循以下原则1 、引物长度: 15-30bp,常用为20bp左右。2 、引物扩增跨度: 以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段。3 、引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上

普通pcr引物设计和荧光定量pcr引物设计的区别

一、方法不同1、普通pcr引物设计:引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。2、荧光定量pcr引物设计:通过荧光染料或荧光标记的特异性探针,标记跟踪PCR产物进行实时监测反应,利用与之相适应的软件对产物进行分析,计算待测样品模板的初始浓度二、原理不同1、普通pcr引物设计:为了找到一对合适的核

引物设计的引物设计原则

1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳,5'到 3

引物设计的引物设计原则

1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳,5'到 3

引物设计的引物设计原则

1、引物长度一般为15-30bp,常用的为18-27bp,但不能大于38bp;2、引物GC含量一般为40%-60%,以45-55%为宜,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近;3、引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳,5'到 3

引物设计的引物设计原则

1、长度:15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性。2、G十C含量:应在40%一60%之间,PCR扩增中的复性温度一般较Tm值低等于引物的Tm值减去5—10度。引物长度小于20时,

PCR引物设计技巧

自从1985年美国PE—Cetus公司的人类遗传研究室 Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应(PCP0 以来,PCR已经成为了分子生物学领域zui基本也是zui重要的技术手段之-[ I。然而能否找到一对合适的核苷酸片段作为引物,使其有效地扩增模板DNA序列,无疑决定着PCR的成败。现在动

PCR引物设计原则

PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。因此,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那就可以在

PCR引物设计原则

实验概要PCR是目前研究DNA、RNA等核酸的非常有效和最主要的方法之一。本Protocol对于PCR引物设计中的一些基本原则给予阐述,希望能对广大研究人员的研究工作带来方便。实验步骤首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配) ,再次引物与引物之间避

PCR引物设计技巧

自从1985年美国PE—Cetus公司的人类遗传研究室 Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应(PCP0 以来,PCR已经成为了分子生物学领域最基本也是最重要的技术手段之-[ I。然而能否找到一对合适的核苷酸片段作为引物,使其有效地扩增模板DNA序列,无疑决定着PCR的成败。现在动物遗传育

PCR引物设计技巧

自从1985年美国PE-Cetus公司的人类遗传研究室 Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应(PCP) 以来,PCR已经成为了分子生物学领域最基本也是最重要的技术手段之一 。然而能否找到一对合适的核苷酸片段作为引物,使其有效地扩增模板DNA序列,无疑决定着PCR的成败。现在动物遗

PCR引物设计原则

 PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。因此,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。   要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那

PCR引物设计原则

实验步骤首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配) ,再次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。引物设计应注意如下要点:1.引物的长度一般为15-30 bp,常用的是18-27 bp。2.引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性

PCR引物设计原则

  PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。因此,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那就可

PCR的引物怎样设计

PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。因此,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那就可以在

PCR引物设计原则简介

实验步骤首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配) ,再次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。引物设计应注意如下要点:1.引物的长度一般为15-30 bp,常用的是18-27 bp。2.引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性

PCR引物设计及评价

【实验目的】1、掌握引物设计的基本要求,并熟悉使用Primer premier5.0软件进行引物搜索。2、掌握使用软件oligo6.0对设计的引物进行评价分析。【实验原理】一、引物设计原则聚合梅链式反应(polymerase chain reaction)即PCR技术,是一种在体外快速扩增特定基因或

PCR仪引物设计原则

  引物长度要满足特异性需要,一般可在18~25个碱基之间;扩增长片段时最好在24~30个碱基之间;  · 当引入克隆位点时,引物末端应额外增加3个以上碱基;  · (G+C)%含量应尽量控制在40~60%,两条引物的(G+C)%含量应尽量接近;  · 引物中GC碱基分布均匀;  · 尽量避免相同碱

PCR引物设计原则

PCR-引物设计原则   1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。

如何设计PCR引物(二)

上回说到如何寻找保守序列,经过隆地熊我一番罗嗦,七七八八也该知道了些。当然,要想做到炉火纯青,各位小白还得勤加练习。本回隆地熊我就要进入正题了,不然对不起这图文题目。在做PCR引物设计前,首先得了解引物设计的基本原则。根据网上资料汇总(主要来自生物谷、生物秀、小木虫、百度文库等,特此一并感谢,具体不

如何设计PCR引物(一)

“如何设计PCR引物”看到这个题目后肯定有问“什么是PCR”的。对于这个问题,连小白都知道,您不知道,就只好去找百度哥咯。虽然百度哥肚子里其他的信息乱七八糟的,但是这个问题的答案还是蛮统一的,不会有误导性,但问无妨。另外,也可以看看下图老外给的简介,英文不好请有道。跟“服装设计”类似,设计PCR引物

PCR引物设计原则

1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。2.引物长度一般在15~30碱基之间。引物长度(primer leng

PCR引物设计及评价

【实验目的】1、掌握引物设计的基本要求,并熟悉使用Primer premier5.0软件进行引物搜索。2、掌握使用软件oligo6.0对设计的引物进行评价分析。【实验原理】一、引物设计原则聚合梅链式反应(polymerase chain reaction)即PCR技术,是一种在体外快速扩增特定基因或

PCR-引物设计黄金法则

1.引物最好在模板cDNA 的保守区内设计。      DNA 序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI 上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30 碱基之间。     

PCR引物设计的黄金法则

1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度(primer l

反向PCR引物设计的原理

可以这样来说吧,首先你应该有一条已知的序列,反向引物设计时在序列的5'方向找一段序列然后反向互补作为反向引物,在3'方向直接找一段序列作为正向引物。这样就OK了,这是引物的设计,至于其他条件可以参考相关文献.

PCR的引物设计注意要点

引物(primers):引物是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补,另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。引物的重要性:在整个PCR体系中, 引物占有十分重要的地位。PCR的特异性要求引物与靶DNA特异结合,不与其他非目的DNA结合,PCR的灵敏

怎么设计引物

选择引物的一般规则设计和选择引物时有5个要素必需注意。1 引物的3′末端不互补 引物的3′末端一定不能有很大的互补性,因为它们的互补会形成引物二聚体,这就会带来很大的问题,例如合成出非专一的产物,极大地减少所期望产物的得量。有实验表明,3′末端双链的ΔG是0~-2 kcal/mol时,PCR产量几乎

怎样设计引物

一般是通过设计软件,例如oligo6,primer5等,你可以在网上搜一下引物设计软件下载和使用说明,是比较容易的。至于设计引物的一般原则如下:* 序列选取应在基因的保守区段* 避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对,避免引物自身形成环状发卡结构* 典型的引物18到24个核苷长。引物需要

荧光实时定量PCR引物设计

靶的选择和试验设计1.针对目的基因序列选择合适的扩增片断查看以下三个网站是否有合适的已经证实的QRT-PCR的扩增引物,探针以及反应条件.RTPrimerDB (http://medgen.ugent.be/rtprimerdb), 相对物种较多PrimerBank (http://pga.mgh.