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Cell:首次构建出哺乳动物单细胞染色质可接近性图谱

科学家们对DNA缠绕和包装到所谓的染色质中的方式感兴趣,这是因为这会影响每个细胞中可用到的遗传信息。DNA就像串在一根绳子上的念珠。在这些分子“念珠”移动的地方会有空间形成,这样蛋白就能够访问和“读取”遗传信息。这种状态或者说这种基因组特征就是染色质可接近性(chromatin accessibility, 也译作染色质开放性)。 在一项新的研究中,来自美国华盛顿大学的研究人员利用他们之前开发出的一种被称作sci-ATAC-seq的测定方法分析了来自13种成年雄性小鼠组织的近10万个细胞。这些组织是骨髓、大肠、心脏、肾脏、肝脏、肺部、小肠、脾脏、睾丸、胸腺、全脑、小脑和大脑前额皮层。相关研究结果发表在2018年8月23日的Cell期刊上,论文标题为“A Single-Cell Atlas 图片来自Cell, doi:10.1016/j.cell.2018.06.052。 这些研究人员观察到85种不同的染色质可接近性模式,......阅读全文

《Nature》发文阐述人类围着床期胚胎发育分子调控规律

  2019年8月22日,北京大学第三医院乔杰课题组和汤富酬课题组合作,在国际权威学术期刊《自然》(Nature,IF:43.07)在线发表研究成果“Reconstituting the transcriptome and DNA methylome landscapes of human impl

多篇研究共同解读近期单细胞测序重磅级研究成果

  本文中,小编整理了近年来单细胞测序领域的重磅级研究成果,与大家一起学习!  【1】Cell:开发出空间单细胞测序技术,有助揭示早期乳腺癌产生浸润性之谜  doi:10.1016/j.cell.2017.12.007  在一项新的研究中,来自美国德州大学MD安德森癌症中心的研究人员报道一种新的遗传

Nature Methods:2016年最值得关注的八大技术

  《Nature Methods》盘点2015年度技术,选出了最受关注的技术成果:单粒子低温电子显微镜(cryo-EM)技术。 除此之外,也整理出了2016年最值得关注的几项技术,分别为:细胞内蛋白标记(Protein labeling in cells)、细胞核结构(Unraveling nuc

梳理心脏再生最新研究进展

在心脏病发作后,死亡的心肌组织会由瘢痕组织替代。不过,瘢痕组织与心肌的搏动方式不相同,因而心脏的“泵血”能力下降。近年来,科学家们采用多种手段将心脏瘢痕组织和其他组织中的成纤维细胞直接重编程为心肌细胞。这一突破性的成果为未来的临床试验和心脏病患者治疗奠定基础。基于此,小编针对这一方面的最新进展,进行

3月单细胞转录组重要研究文献汇总

  1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热   精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程,继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐,本月在《Nature

3月单细胞转录组重要研究文献汇总

  1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热   精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程,继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐,本月在《Nature

Nature发表: 阐述人类围着床期胚胎发育分子调控规律

   2019年8月22日,北京大学第三医院乔杰课题组和汤富酬课题组合作,在国际权威学术期刊《自然》(Nature,IF:43.07)在线发表研究成果“Reconstituting the transcriptome and DNA methylome landscapes of human imp

如何通过追踪染色体的不稳定性来观察癌细胞的进化历程

  癌细胞的基因组中到处都是突变(单一核苷酸的突变),有些突变或会通过激活癌基因的表达或关闭抑癌基因的表达而诱发癌症发生,然而可以说更重要的是在更大范围内肿瘤细胞中发生着基因组的异常,比如,诸如这样的细胞包含着异常数目的染色体(非整倍性),随着肿瘤不断进化,染色体的异常也会在毗邻的癌细胞之间发生变化

Countstar Rigel 荧光分析仪在单细胞测序中的应用

1.单细胞测序单细胞测序(Single Cell Squencing):简称SCS,是指从单个细胞提取DNA或RNA样品进行DNA或RNA的测序。该技术自2009年问世,2013年被Nature Methods评为年度技术以来,越来越多地被应用在科研领域。2015年以来,10X Geno

Nat Comm| 张强锋组利用人工智能算法分析单细胞ATAC-seq数据

  近年来,深度学习等人工智能技术在图像识别,自然语言处理等领域取得了令人瞩目的成就。人工智能技术应用于生命科学,对生物信息多个领域产生了重大的影响。深度学习算法借助于生命科学大数据的飞速发展,从海量大数据中自动高效地提取特征进行学习,极大超越了依赖人工提取特征的传统人工智能算法,在医疗图像处理、结

2019年3月Cell期刊不得不看的亮点研究

  2019年3月份即将结束了,3月份Cell期刊又有哪些亮点研究值得学习呢?小编对此进行了整理,与各位分享。  1.Cell:迄今为止最大规模人体微生物组研究揭示出数千种新型微生物物种  doi:10.1016/j.cell.2019.01.001  在一项新的研究中,来自意大利特兰托大学计算宏基

研究人员开发出有望加速癌症诊断的新技术

  近日,一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究报告中,来自欧洲分子生物学实验室等机构的科学家们通过研究开发了一种便宜快速的方法来检查单一细胞中的遗传差异,就能够接收到的信息而言,该方法的性能优于现有的技术,这种新方法有望成为单细胞研究的新标准,并有望用于对包括癌症在内的

新研究促进儿童癌症的预防与治疗

  本期为大家带来的是儿童癌症的发病机制以及疗法相关领域的最新进展,希望读者朋友们能够喜欢。  1. Science:揭示儿童神经母细胞瘤恶化和消退的分子机制  DOI: 10.1126/science.aat6768  周围神经系统肿瘤(peripheral nervous system tumo

【盘点】单细胞测序研究进展一览

  细胞是生物学的基本单位,近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术,该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组,更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降,破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列比较已经开始

新一代单细胞itChIP技术解析早期胚胎细胞命运决定机制

  2019年9月3日,北京大学分子医学研究所、北大-清华生命科学联合中心何爱彬组在《Nature Cell Biology》在线发表了题为Profiling chromatin state by single-cell itChIP-seq的文章,报道了利用一种全新的普适性,易操作的单细胞ChIP

强!中国学者用最短时间突破100篇CNS生命科学领域成果

  截止2020月7月27日,中国学者在Cell,Nature 及Science 发表了共计102项生命科学的研究成果,其中新冠肺炎领域占了近一半(共43篇)。iNature系统总结了这些研究成果:   按杂志来划分:Cell 发表了30篇,Nature 发表了45篇,

2018前10月生物医学风云榜 袁隆平 曹雪涛及施一公等上榜

  经过特殊的算法,我们得到了2018年前10个月中国生物医学风云榜人物及最火爆的3个重大学术界事件,能够上榜的风云人物/事件,都曾长时间占据过100多个公生物医学公众号的头版头条。  在此,我们精选了其中的3个事件及16位风云榜人物。我们对其进行了划分,分别是:6星级的3个事件,分别位诺贝尔奖,国

2018年8月NCS测序前沿研究一览

  行将结束的8月,Nature、Cell、Science杂志有哪些前沿研究的重大发现或新闻呢?以下为您精选几篇供快速浏览。  1  基因组和转录组的演变能够改变癌细胞的药物反应  —Genetic and transcriptional evolution alters cancer cell l

《自然—方法学》年度方法:单细胞测序

  2014年1月《自然—方法学》(Nature Methods)上发表年度特别报道,将“单细胞测序”(Singled out for sequencing)的应用列为2013年度最重要的方法学进展。   近几年来,基于单细胞测序技术的科学研究取得了突飞猛进的发展,其成果有望为一些重

Nat Methods: 2014年值得关注的技术

  单细胞测序被评为2013年年度技术   2014 年首刊,《Nature Methods》杂志将2013年度技术(Method of the Year 2013)授予了单细胞测序(single-cell sequencing)。同时,杂志还介绍了2014年值得关注的技术,包括

单细胞转录组重要研究文献汇总(一)

1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程,继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐,本月在《Nature

肿瘤细胞中ecDNA新机制在斯坦福大学致癌基因研究应用-1

文章导读eccDNA是染色体外的一种特殊的环状DNA,从它的出现至今已长达数年,但在起初的很长一段时间里并未得到人们的重视。随着高通量技术的发展,eccDNA(extrachromosomal circular DNAs,eccDNAs)作为染色体外的环状DNA的研究也进一步深入。在国际学术

《细胞》:单细胞测序助力基因重组图谱

  来自斯坦福大学医学院等处的研究人员发表了题为“Genome-wide Single-Cell Analysis of Recombination Activity and De Novo Mutation Rates in Human Sperm”的文章,首次公布了来自一个成人男子91个

Cell:最受欢迎的6篇癌症综述

  癌症一直被认为是一种逃离正常状态的急速增长疾病,其细胞的生长已经发生了变化。然而尽管这么多年来,科学家们已经发现了这种疾病会随着时间的推进,出现新的突变,但是近期基因组测序研究,以及单细胞分辨率技术却帮助我们解决了癌症是如何变化发展这一谜题。以下,Cell盘点7篇最受欢迎的癌症综述:  以下是C

年终盘点:2016年国内不容错过的重磅生物研究

  时间总是过得很快,2016年马上就要过去了,迎接我们的将是崭新的2017年,2016年,我国有很多优秀科研机构的科学家们都做出了意义重大、影响深远的研究成果,发表在国际顶级期刊上。本文中小编盘点了2016年我国科学家发表的一些重磅级研究,以饕读者。   --结构生物学 --  1.清华大学 施一

Cell:基因组三维结构存在细胞异质性

  美国国家癌症研究所、哈佛大学、马萨诸塞大学和麻省理工学院联合开展的一项研究发现,不同细胞和不同等位基因之间的基因组组织结构存在很大差异。这项研究成果于本周发表在《Cell》杂志上。  研究人员利用高通量的染色质构象捕获(Hi-C)和高通量的荧光原位杂交(hiFISH)光学图谱绘制来分析人包皮成纤

近期治疗糖尿病的研究进展一览

  糖尿病是现代社会的高发代谢疾病,发病的原因包括遗传因素以及环境的影响等等。这一期为大家带来的是最近在糖尿病的研究与药物研发领域的研究进展,希望读者朋友们能够喜欢。  1. Nature:重磅!中国科学家解析出一种B类G蛋白偶联受体全长结构,有助开发出新的2型糖尿病药物doi:10.1038/na

Cell盘点最受关注的癌症综述

  癌症一直被认为是一种逃离正常状态的急速增长疾病,其细胞的生长已经发生了变化。然而尽管这么多年来,科学家们已经发现了这种疾病会随着时间的推进,出现新的突变,但是近期基因组测序研究,以及单细胞分辨率技术却帮助我们解决了癌症是如何变化发展这一谜题。  以下是Cell出版社旗下最多读者点击的癌症综述: 

Cell推出免费综述特辑:癌症的72变

阿  癌症一直被认为是一种逃离正常状态的急速增长疾病,其细胞的生长已经发生了变化。然而尽管这么多年来,科学家们已经发现了这种疾病会随着时间的推进,出现新的突变,但是近期基因组测序研究,以及单细胞分辨率技术却帮助我们解决了癌症是如何变化发展这一谜题。  Biological and Therapeut

CMD1基因通过去甲基化调控莱茵衣藻对高光强的适应性

  DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基通过共价键结合的方式获得一个甲基基团的化学修饰过程,是一种普遍存在于生物体的DNA修饰方式。DNA甲基化能够在不改变DNA序列的前提下改变遗传表现,是表观遗传学的核心研究领域之一。目前的研究表明,DNA甲基化与基因组印记、X染色体失活、转座因子抑制、衰老和癌