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INCSeq:提高纳米孔测序准确性的新方法

新加坡基因组研究院(GIS)的研究人员开发了一种方法,称为INC-Seq,能够提高牛津纳米孔技术公司掌上测序仪MinIon的测序准确性。目前他们正努力改进该方法,将它应用到复杂样本的16S测序、RNA测序以及基因组复杂区域测序等中。 研究人员在近日发表于《Giga Science》的文章中描述了该方法。GIS计算与系统生物学副主任NiranjanNagarajan说,纳米孔测序是一项令人兴奋的技术。但是这种技术的致命弱点在于测序原始数据的准确性以及系统误差。他的团队希望找到一种方法来提升MinIon的准确性。 INC-Seq的原理 他们开发的方法借鉴了PacBio公司的环形一致性测序模式(circular consensus sequencing,CCS)的概念:通过对同一个分子反复测序,可以计算出一致性序列,进而提高准确性。 虽然纳米孔测序时DNA模板必须是线性的,但GIS研究小组的方法是使用滚环扩增,来产生一个环......阅读全文

纳米孔测序技术

测序长度和准确率的快速提升使得纳米孔测序有望颠覆DNA测序市场。纽约威尔康奈尔医学院的计算生物学家Christopher Mason喜欢在会议上表演一个“绝活”:他和同事先从志愿者手机上收集DNA样本,然后就能在一个小时内现场进行谱系分析,甚至叙述志愿者一天的生活细节。“我们能从留在手机上的DNA信

国内首个菊花脑基因组测序-纳米孔测序再发高分论文

  菊属植物种类繁多,又含多种栽培种,兼具观赏和药用价值,且染色体组结构从2n=18到8n=72之间,十分复杂,多年来难以攻破。  中药所所长陈士林研究员、副研究员宋驰博士等利用ONT平台解析了可能代表栽培菊属祖先基因组的二倍体菊花脑基因组,分析表明其演化受重复序列爆发和近期WGD事件的驱动,该基因

详解牛津纳米孔测序仪

 牛津纳米孔测序仪在美国人类遗传学学会年会上公布技术参数  2014年的ASHG年会于10月18日开始在圣地亚哥举行,有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinIon的现场演示,技术之创新,令人震惊!21日下午,牛津纳米孔公司特地在旁边的Hardrockho举行了一个小型的封闭式的技术说明会,讲解了纳米孔的

详解牛津纳米孔测序仪

 2014年的ASHG年会于10月18日开始在圣地亚哥举行,有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinIon的现场演示,技术之创新,令人震惊!21日下午,牛津纳米孔公司特地在旁边的Hardrockho举行了一个小型的封闭式的技术说明会,讲解了纳米孔的测试结果。  尺寸  MinION的尺寸之小,大大出乎我的

纳米孔测序技术有望颠覆DNA测序市场?

 Scott Tighe(左)等研究人员利用MinION设备在南极泰勒谷测序微生物DNA。  “我们能从手机上的残留物预言谁刚吃了一个橘子或者谁吃了猪肉。”美国纽约威尔康奈尔医学院计算生物学家Mason表示。你们相信吗?Christopher Mason有一个喜欢在会议上展示的技巧。通过从志愿者手机

纳米孔测序技术发展简介

  随着对DNA结构和序列的研究,DNA测序技术不断发展,成为生命科学研究的核心领域,对生物、化学、电学、生命科学、医学等领域的技术发展起到巨大的推动作用。利用纳米孔研究出新型的快速、准确、低成本、高精度及高通量的DNA测序技术是后人类基因组计划的热点之一。  纳米孔测序技术发展简介  纳米孔检测技

Nature Methods:纳米孔测序仪潜力无限

  来自英国Oxford Nanopore公司的MinION是第一台商业化的纳米孔测序仪。它在带来无限希望的同时,也承受着高错误率的质疑。英国伯明翰大学的Nicholas J. Loman和爱丁堡大学的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文,称新开发的工具让纳米孔测

纳米孔技术有望颠覆DNA测序市场

  Christopher Mason有一个喜欢在会议上展示的技巧。通过从志愿者手机上收集的化验样本获取DNA,他和同事能在1个小时内现场进行谱系分析,甚至详细描述出捐赠者一天的生活细节。“我们能从手机上的残留物预言谁刚吃了一个橘子或者谁吃了猪肉。”美国纽约威尔康奈尔医学院计算生物学家Mason表示

纳米孔测序仪真机现身ASHG

  英国Oxford Nanopore Technologies公司在年初的基因组生物学技术进展年会(AGBT)上发布了一款便携式的基因组测序仪MinION,性能强劲,价格给力,引发市场轰动。然而,大半年过去了,纳米孔测序仪却迟迟不见踪影,连更早发布的GridION也未上市。于是,生物界开始议论

纳米孔测序的过去、现在和将来

  纵观测序技术的发展历程,没有哪一个技术像纳米孔测序那样慢热,但也没有哪一个技术像纳米孔测序这么接近普罗大众。将单链DNA拉过蛋白孔,检测碱基穿过时电导的微小改变,纳米孔测序的这一基础理念已经有十几年历史了。  1996年哈佛大学的DanielBranton、加州大学的DavidDeamer及其同