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2015年7月28日，北京协和医院和华大基因等机构的研究人员共同合作完成了类风湿关节炎（RA）口腔和肠道微生物元基因组研究。本项研究揭示口腔和肠道微生物菌群异常是RA病理生理和疾控的重要环节，并且为元基因组学辅助的RA个性化诊疗方案提供基础。研究成果于今日发表在《自然医学》杂志。 RA是一种致残率较高的自身免疫性疾病，全球患者多达数千万。一直以来RA被认为可能与细菌感染有关。然而，人们对可能参与疾病发生或疾病保护的细菌及其功能知之甚少。此外，虽然甲氨蝶呤等改善病情的抗风湿药（DMARDs）能缓解病情，却无法彻底根治，而且可能有严重的副作用。因此，全面了解RA相关的微生物菌群或有助推动我们对RA病理生理的深入探索、早期诊断和精准医疗。本研究中，北京协和医院和华大基因的团队合作，收集了未经DMARDs治疗RA患者的牙菌斑、唾液和粪便样本，以健康人群（包括直系亲属和共同生活无血缘关系亲属）作为对照，采用元基因组鸟枪法测序技术检测......阅读全文
元基因组是当前微生物组大数据最主要的存在形式之一。由于元基因组数据的复杂性、异质性以及指数级增长的体量，从中深度且快速发掘微生物群落结构和功能上的变化规律，一直是业界的一个重要技术瓶颈。近日，中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心发表了元基因组高性能计算分析软件Parallel-MET
元基因组是指一定环境下整个微生物群落中的所有遗传信息的总和。元基因组数据的收集与分析克服了传统分离培养方法仅局限于群落中可培养组分（一般仅占1%）的缺陷，使挖掘、认识与利用不可培养的组分（即另外之99%）成为可能，为全面研究自然状况下微生物群落的结构与功能提供了新途径。 元基