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北京基因组所合作开发完成长非编码RNA数据库

长非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是近年来国际研究的新热点,与人类癌症、神经系统等疾病发生密切相关,在疾病诊疗方面表现出了潜在的重大应用价值。虽然长非编码RNA表达量相对较低,但由于其在转录、基因组印记、翻译、可变剪切、转录后表达调控、蛋白运输与定位等过程的重要作用而被广泛研究。人类细胞中转录大量长非编码RNA,由于其具有很强的组织与细胞特异性,该数量很可能将继续增长,给长非编码RNA的集成整合与注释带来巨大挑战。 针对长非编码RNA研究领域遇到的这个问题,中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室章张研究组,与沙特阿卜杜拉国王科技大学(King Abdullah University of Science and Technology;KAUST)Vladimir Bajic教授合作,采用Wiki技术开发了基于群体审编(Community Curation)的LncRNAW......阅读全文

功能基因cDNA序列的分析

(一) cDNA序列的测定一.原理DNA 序列测定技术,目前主要是根据Sanger 等提出的酶法和Maxam和Gilber 提出的化学降解法,这两种方法的原理大致相同。这里主要介绍Sanger 的酶法——双脱氧链终止法。双脱氧链终止法是Sanger 等人于1977 年建立起来的。它是利用了2'

上海生科院合作完成世界首例双峰驼全基因组序列图谱

  11月13日,中国科学院上海生命科学研究院/中国科学院系统生物学重点实验室李亦学研究员课题组与内蒙古农业大学、上海交通大学、南开大学等研究机构的科研人员合作完成了世界首例双峰驼全基因组序列图谱绘制和破译工作,成果在Nature Communications(DOI: 10.103

当你的疾病无人知晓:致全球4亿名罕见病患者

  马特·威尔西(Matt Wilsey)的生活令人羡慕。他出生于旧金山一个颇有名望的家族,在优越的家境中接受了极好的教育。在斯坦福大学顺利毕业后,马特在硅谷尽情挥洒才华,打造了多家价值数千万美元的科技新锐。  事业有成的马特,感情生活也同样美满。2009年,他的妻子克丽丝滕(Kristen Wil

骗局花样百出,“假大学”“假中专”为何禁而不绝

  8月中旬,随着各省区市高职专科批次录取渐次完成,2018年高考招生录取也进入尾声。征集志愿和调剂结束后,是落榜考生最心焦,也是“野鸡大学”招生人员最为活跃的阶段。面对花样百出的“假大学”“假中专”骗局,家长考生如何远离虚假学校的陷阱,虚假宣传骗局招生经久不绝的深层原因在哪里?记者进行了调查。  

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一步一步教你使用NCBI数据库资源

相关专题随着ncbi 数据库各种资源的涌现,NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找,数据分析的工具。那么NCBI数据如何使用,新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。一 综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology

表观遗传学分子生物学软件——DNA甲基化分析工具

第一类:基于引物设计功能的软件。此类软件主要是针对重亚硫酸盐序列进行甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP)和重亚硫酸盐测序(bisulfite sequencing, BS)引物的设计。由于重亚酸盐修饰的特殊性,使常规的分子生物学

NCBI使用方法之二:如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列

1、进入NCBI主页在search后面选择Gene,在for后面填写需要查找的基因的名字。点击“Go”,出现了很多基因序列,在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接,这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的,有些是别名(Other Aliases)与你的目的基因一致

GenBank数据库概述(四)

NCBI站点地图---其他基因组数据介绍:1、 小鼠基因组 1) 小鼠基因组资源向导 :把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起,包括序列,图谱,和克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。 2) 小鼠基因组测序:小鼠基因组计划的测序进展,HTG序列contigs(可以用大小和染色体号来浏览)由

一步一步教你使用NCBI数据库资源2

6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列

GenBank数据库概述(三)

结构: 1、 结构主页 — 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划,另外也可以访问分子模型数据库(MMDB)和用来搜索和显示结构的相关工具。 2、 MMDB:分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库,结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brook

NCBI GenBank数据库的起源、功能和常遇问题及解答

GenBank数据库功能为一、提交获取的基因序列;二、查找已知基因的序列生物学特性信息,例如编码区,科学命名等。那么Genebank ID 和Gene cluster ID又是什么呢? GenBank数据库起源 GenBank数据库是1982年由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建

常用生物软件(windows)全面介绍

常用生物软件(windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0

测序先锋Craig Venter完整测定自身基因组

基因遗传密码比之前预想的复杂的多 科学网 备受争议的基因组研究先锋Craig Venter又有新动作!他的研究小组详细地测定了他自己的基因组序列,使得人们能够观测单个基因组中基因的变化。初步分析报告发表在最新一期的《PLoS生物学》上。 此次研究的领导者、美国J. Craig

英国推进十万人基因组计划 Illumina等企业踊跃参加

  英国计划在2017年完成10万人的基因测序工作,但筛选疾病基因需要创新的软件。  一对加利福利亚双胞胎出生后,他们的父母日益忧心:宝宝们发育缓慢,而且肌张力低。脑部扫描发现,男宝宝可能有大脑麻痹,但女宝宝却有癫痫和震颤。医生们百思不解。多种测试结果都无法确诊两个宝宝究竟出了什么问题。等到孩子们5

表观基因组学研究指南(一)

  今年九月,对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份,因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在Nature,Genome Biology,Genome Research等杂志上公布了三十多份论文,还有在Science,Cell,以及the Journal of Bi

GenBank数据库概述(一)

1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传序列数据库,一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。唯一人类基因序列集合(UniGene),人类基因组基因图

8位科学家获得2007年美国国家科学奖

图片说明:国家科学奖章 (图片来源:NSF) 据美国国家科学基金会(NSF)官方消息,美国总统布什日前宣布了2007年美国国家科学奖(2007 National Medal of Science)得主,8位科学家获此殊荣。他们分别是—— 生命科学领域: 美国杜克大学的Robert J.

宋红军《Cell》文章:disc1基因的正常功能

虽然研究人员已经确定出了一个基因是精神分裂症和其他情绪障碍的一个重要风险因子,但是有关这个基因如何促进这些疾病的发生还不清楚。现在,美国霍普金斯的一项新研究结果通过确定这种基因在正常成熟大脑中的作用,从而提供了重大线索。这项研究的结果发表在本期的《Cell》杂志上。 研究的这种基因叫做disc1

《自然-遗传学》:多种基因能够延缓衰老并抑制肿瘤

将来更深入的研究或能帮助人们保持年轻并远离癌症 美国科学家近日研究发现,秀丽隐杆线虫(C. elegans)体内含有多种能够同时减缓老化和抑制肿瘤细胞生长的基因。由于C. elegans的多种基因与人类的相似,所以此次发现意味着,也许有一天科学家将开发出能够延长寿命并避免癌症的药物。相关论文10月