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上海药物所发布免费在线药物靶标预测平台

药物靶标的识别与验证是药物发现过程中至关重要的第一步,在药物研发过程中,30%-40%的在研药物由于药物靶标选择的不恰当而以失败告终。因此,发展一种高效的计算方法来预测新的药物靶标就显得尤其重要。 最近,中国科学院上海药物研究所朱维良研究组发布免费在线药物靶标预测平台D3TPredictor,此平台仅需提交蛋白质的一级序列,就可以进行药物靶标预测,是第一个利用多算法与多模型联合策略的药物靶标预测平台(http://www.d3pharma.com/d3tpredictor/),任何国内外用户可免费访问使用。 该平台基于多步骤过滤的高质量的非靶标数据集和靶标数据集,发展基于多算法与多模型联合的药物靶标预测策略。基于3个数据集定性和定量的评估,得出不同算法及模型的优劣;通过一个随机数据集的评估,进一步确证多算法多模型联合策略较单算法单模型策略的优越性,并筛选出最佳的算法与模型组合:19组平行模型。临床靶标数据集的测试已证明......阅读全文

基于疾病分子分型的普惠新药研发征集任务指南

  中国科学院战略性先导科技专项“个性化药物——基于疾病分子分型的普惠新药研发”(A类,以下简称“专项”)正式启动,现已进入实施阶段。  专项核心是明确现有药物及自主研发的候选药物的敏感人群,提高疗效、降低毒性;针对敏感人群研发适合规模人群的个性化新药。针对“复杂性疾病分子机制、患者个性化差异与药物

Bioinformatics:新型肺癌肿瘤靶标

3月25日从中科院昆明动物研究所获悉,在国家自然科学基金委和科技部项目的支持下,该所李功华博士在黄京飞研究员的指导下,建立了新的系统生物学模型,并发现可能是新型的针对肺癌的肿瘤靶标。该研究成果已发表在《生物信息学》上       

上海药物所计算机靶标预测及发现技术研究取得新进展

  中科院上海药物所蒋华良课题组与华东理工大学药学院李洪林课题组合作,继反向对接方法——TarFisDock后,该研究团队构建了药效团靶标库—PharmTargetDB(包含7000余个重要靶标结构的信息和药效团模型,涵盖了349种生物功能和110种临床适应症)。通过药效团匹配方法,课

中科院昆明动物所揭示新型肺癌肿瘤靶标

  记者3月25日从中科院昆明动物研究所获悉,在国家自然科学基金委和科技部项目的支持下,该所李功华博士在黄京飞研究员的指导下,建立了新的系统生物学模型,并发现可能是新型的针对肺癌的肿瘤靶标。该研究成果已发表在《生物信息学》上。   据悉,肿瘤已是世界人口死亡的首要原因,我国每年因肿瘤死亡的人数超过

树鼩作为新型实验动物在特定药物研发中优势独特

  创新药物的研发依赖优良的实验动物和疾病动物模型。中科院昆明动物所的科技人员最近研究发现,树鼩作为新型实验动物在特定药物研发中有着独特优势。  目前药物研发中广泛使用啮齿类动物(大鼠,小鼠),由于与人种属差异较大,获得的研究结果经常与人相距甚远,造成药物研发在大量投入后的最终失败。树鼩是灵长类动物

昆明动物所揭示新的肿瘤靶标

  肿瘤目前是世界人口死亡的第一原因。中国每年因肿瘤死亡的人数超过200万。除了传统的放化疗等方法外,靶向治疗是肿瘤临床的研究热点及发展趋势。该治疗方法是通过药物选择性抑制肿瘤细胞特异的分子靶标的功能,来抑制肿瘤生长,而不杀伤或较少损伤正常细胞。相比传统放化疗方法,靶向治疗具有耐受性好、毒副作用轻微

中国树鼩全基因组解析完成

  中科院昆明动物研究所张云研究员课题组与深圳华大基因研究院合作,解析了新型实验动物中国树鼩的全基因组,系统评估了树鼩作为药物研发实验动物的特征和优势。研究近日发表于《公共科学图书馆·综合》。  研究不仅为中国树鼩用于新药研发的药效学、药理学和毒理学评价提供了系统的基础信息数据和科学依据,而且揭示了

PKI在蓉建客户体验中心:欲穷千里目,更上一层楼

四川大学分析仪器研究中心 段忆翔教授   四川大学分析仪器研究中心的段忆翔教授做了题为《等离子体技术在分析化学及相关领域的应用》的报告。等离子体是物质的第4态,这是一个典型的氧等离子体,雷电中也会产生等离子体。在分析化学中,等离子体可以做发射光谱、吸收光谱、电离源、荧光光谱、微等

治疗性抗体药物的思考

  前段时间,有小伙伴在公众号留言说能不能写点生物药的文章,不要老是小分子药嘛。难道你们团队里只有化学,没有生物?我们团队的生物大咖刘博坐不住了,闪开,我来做个分享,绝对干货!后面还要加卤蛋!(不对,是彩蛋!)  话不多说,直接开始:  1897年Paul Ehrlich 提出的“魔术子弹”( ma

抗癌药物的伴随诊断,NGS伴有何种角色?

  伴随诊断(CDx),是指采用体外诊断设备(试剂)或影像学工具,为治疗性的产品提供安全、有效的指示作用;显而易见伴随诊断已经成为肿瘤学家(肿瘤科医生)必不可少的工具。根据分析师的预测,全球体外诊断市场将从2014年的31.4亿美元增加到2019年的87.3亿美元。  在药物临床试验阶段,伴随诊断具

上海药物所成功预测药物与离子通道相互作用量-效关系

  电压门控离子通道广泛存在于人体中,是人体电信号传导的关键蛋白质,能引起可激活细胞的动作电位,在神经兴奋与传导、中枢神经系统的调控、心脏搏动、平滑肌蠕动和骨骼肌收缩等过程中均起到重要作用。电压门控离子通道的功能缺陷会引发心脑血管、神经精神等方面的疾病,是重要的药物靶点。迄今为止,准确表述配体-离子

科研人员成功预测药物与离子通道相互作用量-效关系

  电压门控离子通道广泛存在于人体中,是人体电信号传导的关键蛋白质,能引起可激活细胞的动作电位,在神经兴奋与传导、中枢神经系统的调控、心脏搏动、平滑肌蠕动和骨骼肌收缩等过程中均起到重要作用。电压门控离子通道的功能缺陷会引发心脑血管、神经精神等方面的疾病,是重要的药物靶点。迄今为止,准确表述配体-离子

科研人员成功预测药物与离子通道相互作用量-效关系

  电压门控离子通道广泛存在于人体中,是人体电信号传导的关键蛋白质,能引起可激活细胞的动作电位,在神经兴奋与传导、中枢神经系统的调控、心脏搏动、平滑肌蠕动和骨骼肌收缩等过程中均起到重要作用。电压门控离子通道的功能缺陷会引发心脑血管、神经精神等方面的疾病,是重要的药物靶点。迄今为止,准确表述配体-离子

研究揭示microRNA抑制mRNA表达新机制

  为了让基因中包含的指令最终在体内发挥某些功能,构成基因DNA序列的核苷酸或者说碱基必须被读取并用于产生信使RNA(mRNA)。所产生的mRNA随后必须翻译成功能性的蛋白。细胞内的许多不同途径会影响这一重要的生物学过程,决定着基因是否、何时以及在多大的程度上表达。一类主要的调节因子是microRN

关于新药研发从实验室走向市场历程

  2019年11月15日美国FDA通过加速审批通道批准了百济神州BTK抑制剂Brukinsa(通用名:泽布替尼),用于治疗既往接受过至少一项疗法的套细胞淋巴瘤患者。这一消息令国内创新药研发行业为之振奋!至此,中国本土研发的原创新药获得国际认可,实现了零的突破,中国正式步入创新药时代!   ▼

生物标记物成个性化治疗瓶颈 两大难点需突破

  近两年,精准医疗即成为生物医疗行业里的热点话题,据悉,生物标记物指导下的精准用药(以下简称个性化治疗),是精准医疗中公认的核心领域。但是在创新药研发过程中找到真正的临床生物标记物并不容易,这也是为什么这么多年来上市新药只有很少数带有伴随诊断共同上市。  其新标志是新药在FDA获批时,以该药的生物

Discovery Studio 在生物领域的应用解决方案

Discovery Studio 在生物药物领域的应用解决方案核酸、抗体、多肽等这些生物药物,因其有着药效高、副作用小、作用目标明确等等特点,一直受到国内外研究者的关注。基因工程、蛋白质工程的发展,极大地促进了生物药物的研究与开发,使之成为医药研究领域的一个重要方面,并代表着医药产品发展的方向。而

微信学术交流群之关于蛋白的处理

  Docking   A:用的cdocker将晶体复合物的配体对接回原来的蛋白质重合度不好啊,rmsd也比较高,请问大家对接时受体蛋白加力场吗?   B:参数没设置好吧。   C:要分析原因哦。   (1)是所有对接计算出来的pose都不好?   (2) 还是打分最好的那个不好,打分差

Nature:梳理衰老研究指出人类最终有望健康衰老

  几十年来,对衰老和限制寿命的过程的了解一直困扰着生物学家。三十年前,通过鉴定延长多细胞模式生物寿命的基因变异,衰老生物学获得了前所未有的科学可信度。  在本文,我们总结了标志着这一科学成就的里程碑事件,讨论了不同的衰老途径和过程,并提出衰老研究正在进入一个具有独特的医学、商业和社会意义的新时代。

我国农业生物药物分子设计平台建设取得可喜进展

国家“863计划”现代农业技术领域通过攻关发现并鉴定了一系列基因和蛋白新靶标,在农业生物药物分子设计平台建设方面取得可喜进展。 从受体蛋白、基因等水平发现和鉴定了新的生物药物靶标,为生物药物分子设计和创制奠定了基础。首次通过量化计算的方法构建了新烟碱受体可能的作用模型;通过3H标记吡虫啉和IPP化

微信学术交流群之靶标预测

  靶标预测   A:有什么简单的方法可以通过化合物的结构式预测该化合物可能的药理毒理作用么,比如抗肿瘤,抗炎,抗神经等等。   B:反向找靶。   A:那就复杂咯,想简单点,然后去做细胞实验验证。想着是不是可以通过计算机来预测哈子。   C:反向对接。   D:直接做激酶谱不就行了。

靶标预测

靶标预测A:有什么简单的方法可以通过化合物的结构式预测该化合物可能的药理毒理作用么,比如抗肿瘤,抗炎,抗神经等等。B:反向找靶。A:那就复杂咯,想简单点,然后去做细胞实验验证。想着是不是可以通过计算机来预测哈子。C:反向对接。D:直接做激酶谱不就行了。E:多糖类药物可以做这个激酶谱吗?F:激酶谱 一

利用人工智能和计算生物学方法 寻找到17个活性药物分子

  近日,中国科学院深圳先进技术研究院医药所计算机辅助药物设计中心袁曙光课题组带领团队,利用人工智能和计算生物学的方法从158万个化合物中寻找到了17个嗅觉受体蛋白Olf73的活性药物分子。该工作为基于嗅觉受体蛋白的药物发现与设计提供了有力的理论基础和依据。该成果以Computational mod

多任务深度神经网络建立药物调控激酶谱的预测分析方法

  蛋白激酶(protein kinases)是细胞功能的关键调节分子,是生物体内最大且功能最多样的基因家族之一。因此,激酶是开发治疗癌症、炎症、糖尿病、心血管疾病和阿尔兹海默症等相关疾病药物的重要靶标。然而,由于激酶家族蛋白质(特别是催化域)结构的高度保守性,给高效选择性激酶抑制剂的开发带来了巨大

质谱沙龙第十六期活动报道

      2009年2月22日下午,质谱沙龙第十六期活动在第二炮兵总医院远程会诊中心会议室举行。此次到会者除了来自发酵研究院、清华大学医学院、北京大学分析中心、二炮总医院、军事医学科学院、解放军307医院、北京生命科学研究所、中科院植物所、AB公司

肿瘤标记物MSI检测:让每一个癌细胞都无所遁形

  随着精准医疗和个性化医疗的不断发展,新靶向药物的发现及研究的深入,个体化医疗的靶标检测也将从单一靶标检测发展为多靶标联合检测,最终形成靶标检测系统,希望能提高靶向治疗的针对性和有效性。  2017年11月17日,由上海立迪生物技术股份有限公司以及上海普洛麦格生物产品有限公司联合主办的“肿瘤诊断和

代谢组学技术在临床医学中的应用

  代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后新发展起来的一门学科,它通过对人体内小分子代谢物(50~1,500 Da)进行精准定性定量,分析代谢物与人体生理病理变化的关系,研究疾病发生发展、寻找疾病生物标记物、预测疾病预后等。代谢组学在临床诊断上将有广阔的发展前景,主要应用方向有四个方面:在临床诊断(B

揭开肠道微生物诸多秘密的NCS重磅研究

  最近几年关于肠道微生物的研究越来越火热,日益深入的研究也逐渐揭开了肠道微生物的诸多秘密,越来越多的研究发现肠道微生物与人类健康密切相关。本文中小编为大家盘点了近期关于肠道微生物与健康相关的NCS重磅研究,分享给大家。  【1】Cell:震惊!肿瘤微生物组竟能决定癌症患者的生死  DOI:10.1

强强联合:在CRISPR/Cas9相关研究中应用高通量测序技术

  摘要:   CRISPR/Cas9基因组编辑技术和新一代测序技术(也称高通量测序技术),是当今对生命科学研究有重大影响的两项技术。二者并非毫不相干。有效地将二者联用,有时可以大大加速科研进程。两者之间有什么样的联系呢?在哪些研究领域或方向上可以联用呢?上海伯豪生物根据在这两个领域的技术服务经验

大数据研究推翻常规认识

  近年来,科学创新日渐进入"大数据"时代,各种高通量的分析手段以及各类"组学"的发展,使得我们对生命科学的基本原理以及与人类健康有关的疾病发生机制方面有了更加深入的认识。针对最近一段时间以来科学家们利用"大数据"的手段产生的科学进展,我们