色谱柱是一种消耗品，因此使用寿命有限。对于大多数应用，色谱柱应持续进行500-2000次注射（进样），但这会因样品的清洁度、流动相的pH值和保护柱卡套的使用（是否使用保护柱）而不同。
这里列出的做法有助于最大限度地提高硅基（硅胶基质）色谱柱的使用寿命。
一、色谱柱的平衡：当从一个流动相更换为另一个流动相时，或者在回收梯度（梯度循环）时，应需要10-20个柱体积。
下表显示了各种色谱柱尺寸（规格）的色谱柱体积。
如果溶剂的变化不太剧烈（例如80％至20％的ACN/水与ACN至THF（与之相对的由ACN至THF）），则需要的体积较少。
检查平衡最简单方法是进行两次样品注射。
如果保留相同，则色谱柱充分平衡；如果保留变化，应增加平衡体积并重新试验。平衡与溶剂的体积有关，与时间无关。
所以较高的流量（流速）可以减少平衡时间。
近似的色谱柱容量（mL）
| 色谱柱直径 | 柱长度 | ||
| 50 mm | 150 mm | 250 mm | |
| 2.1 mm | 0.1 | 0.3 | 0.5 |
| 3.2 mm | 0.3 | 0.7 | 1.2 |
| 4.6 mm | 0.5 | 1.5 | 2.5 |
| 10.0 mm | 2.4 | 7.1 | 11.8 |
| 21.2 mm | 11.6 | 34.7 | 57.8 |
二、色谱柱冲洗是一个简单的过程，可以通过清洗色谱柱中的顽固（保留较强的）物质来延长色谱柱的寿命。
每天结束色谱柱的使用时，应除去一切缓冲液（应除去色谱柱中的缓冲盐），然后用100％强溶剂（通常为ACN或MeOH，采用反相方法）冲洗色谱柱。
下一页列出的详细冲洗程序可以有效恢复色谱柱的性能，但应牢记：色谱柱是一种消耗品，因此请勿期望它能够永远的持续使用！
避免用100％的水冲洗反相色谱柱（嵌入极性基团或“AQ”色谱柱除外），因为相（固定相）去湿会影响清洗效果，而且流动相色谱柱的重新平衡会非常缓慢。
对于您的色谱柱，请按照以下所述的一般步骤，使用特定溶剂进行色谱柱冲洗。
应在冲洗之前查看制造商的建议（生产商说明书），以免损坏色谱柱。
拆掉并翻转色谱柱（拆下色谱并反接）
2. 将色谱柱连接到泵上，而非检测器（不接检测器）
3. 用10-20个柱体积的溶剂进行冲洗，且流速不得高于QC色谱图的流速
4. 如果改变以下步骤，应确保在每个连续步骤中使用可混溶溶剂（溶剂可互溶）
反相色谱柱（C18，C8，C4，苯基，CN，'AQ'型）
a. 流动相无缓冲液
b. MeOH或ACN
如果金属离子被认为是污染的致因，应使用0.05M EDTA水溶液冲洗，然后用水冲洗，并按上述顺序冲洗。使用离子对试剂的色谱柱应专门用于离子对的应用之中。
未键合的硅胶柱（SIL）
a. IPA
b. MeOH
c. 乙酸乙酯
键合正相柱（CN、NH 2、二醇）
a. 三氯甲烷
b. IPA
c. 二氯甲烷
d. 己烷
阴离子交换柱（SAX，WAX）
a. 水
b. 甲醇
c. 三氯甲烷
d. 甲醇
e. 水
阳离子交换柱（SCX，WCX）
a. 水（冲洗时注入4x200 L的DMSO）
b. THF
蛋白质的体积排阻柱
对于弱保留的蛋白质
a. 0.1M磷酸盐缓冲液，pH为3
对于强保留的蛋白质
a. 100％水至100％ACN的梯度，运行60分钟
三、色谱柱的合理存放有助于延长柱的使用寿命。
最简单的存放步骤为：从柱中除去一切缓冲液，然后用10-20个柱体积的强流动相溶剂（例如用于反相的MeOH或ACN）清洗柱，以除去柱中的顽固（强保留）物质。
然后用制造商指定的存储流动相，以10-20个柱体积的容量冲洗色谱柱（该信息应随色谱柱提供，并在QC检测色谱图中进行详细的说明）。
最后，安全地盖上柱帽（拧紧堵头），以防流动相蒸发。
除了色谱柱制造商明确建议的特定情况（例如一些离子交换柱）外，请勿使用缓冲液或者少于约25％的有机溶剂来用于储色谱柱存储，因为它们会导致微生物的滋生。（保存色谱柱，以防微生物的滋生）
• 每个新项目应使用一种全新的B型高纯度硅胶柱，并与最高质量的HPLC级试剂结合使用。
• 定期冲洗HPLC系统，去除盐和缓冲液，并定期保养系统，从而最大限度地减少止回阀（单向阀）和泵密封（密封圈）问题。
样本清理过程越彻底，样本就越干净；同时，与样本相关的问题发生概率就越小。
• 完成一系列（系统多次）运行（或在某些情况下，每次运行后）后，应使用强溶剂冲洗，这样有助于除去柱中的顽固残留（吸附较强的）物质，并将未来运行中的干扰降至最低（尽量减少对以后的测试的干扰），延长色谱柱的使用寿命。
色谱柱不能永久使用，但良好维护可减少不必要的更换支出
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