ASMS主要参与者竞争利润丰厚的市场份额，竞相推出高端质谱
在上月费城召开的ASMS上，Waters推出了Synapt ™ G2 四极-飞行时间质谱系统，它集成了QuanToF ™和高清晰度质谱™技术，是专为Waters公司Acquity UPLC超高效液相联用的质谱用户设计的。
据Waters飞行时间高级产品经理阿兰米勒（Alan Millar）说，Synapt G2“在同超高效液相联用时，在保持20张谱图/秒的采集速度下，拥有> 40,000 FWHM的分辨率”，同时具有1 ppm的质量准确度，达到5个数量级的动态范围。Waters希望在09年第四季度发货第一套Synapt G2。
Synapt ™ G2 四极-飞行时间质谱系统
“在蛋白质组学、代谢物鉴定、或生物制药研究研究中，丢失那些潜在的关键信息的成本是巨大的。”米勒说，“在Synapt G2系统中，ZL的数据采集方法——我们称其为Mse——可在一个宽阔的动态范围内，提供高速、高分辨率、精确质量的母离子和碎片离子数据，因此只要你愿意，几乎可对每一个离子提供一个全面的‘数字目录’。一旦拥有了这个目录，你可以用任何条件，无数次地查询和再次查询它。这是一个巨大的优势。
该系统的新技术采用了QuanToF技术，它集成了高场推进器和新型的离子检测系统，后者合并了电子倍增器和杂合的ADC检测器技术。双级反射提高了聚焦高能离子的能力。该系统的第二代Triwave ™技术，比先前的Synapt一代仪器，提供了高达四倍以上离子迁移分辨率。
Waters公司还推出了8项增强其MassLynx ™工作流程的技术，扩展其质谱应用能力。其中包括：BiopharmaLynx™ 1.2，它使用碎片离子信息和UPLC/MS数据来确认肽段；MetaboLynx™ XS 和 MarkerLynx™ XS，用于代谢物鉴定和概览Waters的质谱系统；ProteinLynx Global Server™ 2.4，用于在nanoAcquity 二维UPLC/MSE应用中，提高大量蛋白质组数据的管理能力。
Thermo Scientific公司在ASMS上推出了LTQ Velos™ 线性离子阱质谱和LTQ Orbitrap Velos。LTQ Velos是一种新型的双压离子阱，用于操控离子的去耦，并在优化的压力水平下检测离子。它还具有电子转移解离（ETD）能力，进行翻译后修饰的分析和从头测序（de novo sequencing）。
LTQ Velos双压线性离子阱
LTQ Orbitrap Velos Agilent科技公司推出了新型的超高分辨率（UHD）的Q-TOF液质联用仪和新型三重四极杆液质联用仪。6540台式UHD精确质量测定的Q-TOF质谱，集成了该公司的离子束压缩（ion beam compression）技术和增强的镜像技术（enhanced mirror technology），提高了分辨率和质量准确度。6430三重四极杆液质联用仪在6410平台上提高了性能，可获得更高的灵敏度和更快的离子监测和极性转换速率。Agilent公司在ASMS上还推出了门户网站（Web Portal），追踪代谢组学的趋势和进展。
6540超高分辨率（UHD）的Q-TOF液质联用仪
6530三重四极杆液质联用仪
“在质量精确度和分辨率方面我们已经取得了巨大的进步，同时保持了仪器的灵敏度和动态范围。” 安捷伦LC/MS全球高级市场主管肯.米勒（Ken Miller）说，“这是一套理想的系统可进行一流的定性分析，以支持蛋白质组或代谢组学的研究。”
Bruker Daltonics公司在ASMS 2009上推出了三个质谱平台，和用于MALDI-MS的蛋白质组学应用解决方案。新产品包括：拥有1 KHz 图像采集速度的smartbeam™-II技术的ultrafleXtreme™ MALDI-TOF/TOF系统；新的Flash检测器；和4 GHz速度的数字化器。Bruker它的PAN™ 全景技术可确保仪器无论在MS还是MS/MS模式下，均可获得高至40,000 FWHM的分辨率。该系统可获得1 ppm的质量精确度。
ultrafleXtreme™ MALDI-TOF/TOF系统 Bruker还推出了amaZon™离子阱质谱仪，特点是双离子漏斗（dual-ion funnel）转移技术，在<0.58 u 的质量分辨率下可达52,000 u/sec的数据采集速度，同时在50~2000 m/z质量范围的全扫描模式下可获得20,000的分辨率。零延迟交替（Zero Delay Alternating™ ）数据采集技术可进行快速的离子极性切换。amaZon有两个版本的仪器：用于蛋白质组学研究的amaZon ETD，和用于小分子筛选的amaZon X。
amaZon™离子阱质谱仪 Bruker推出的solariX™是一个杂交型Qq-FTMS平台，据该公司说，在7 特斯拉（Tesla）下可拥有宽带质量分辨率>1,000,000。Bruker的离子电荷控制（ICC™）方法，可在整个LC-MS分析中保持亚ppm的质量准确度。在ASMS上，Bruker还推出了其在MALDI-TOF质谱上的Edmass™ 自上而下（top-down）的蛋白测序解决方案，可在一台独立的质谱仪器上，获得天然蛋白质长达N-端70个残基的序列，和C-端长达50个残基的序列。
solariX™杂交型Qq-FTMS 岛津公司推出了新的AXIMA 共振（Resonance）™ MALDI QIT TOF质谱仪，专为结构表征和生物分子测序而设计。这款仪器合并了四极离子阱和反射型飞行时间分析器，使用氩气激发被选择的母离子，并进行控制性的碰撞诱导解离，使用该公司的超级制冷（Hypercool™）技术，来冷却离子和预防非控制的碎裂。
AXIMA 共振（Resonance）™ MALDI QIT TOF质谱仪
共振（Resonance）技术可进行高至1,000 FWHM分辨的母离子选择，并兼容于岛津新发布的翻译后修饰发现软件（PTM Finder™）和SeqLab 从头测序（de novo sequencing）软件。岛津公司还推出了为超快速液相设计的LCMS-2020单四极杆质谱仪，它可获得15,000 amu/sec的扫描速率，和快速的极性切换速率，可同时监测正离子和负离子。
LCMS-2020单四极杆质谱仪 Applied Biosystems (ABI) 公司展出的是新的AB SCIEX QTRAP® 5500液质联用仪，专为生物标志物发现和验证中蛋白和多肽定量而优化设计。它包括ABI公司新的快速eQ™ 电子学和新的线性离子加速离子阱。新的AB SCIEX Triple Quad™ 5500 质谱是为运行DMPK实验和ADMET研究设计的。
AB SCIEX QTRAP® 5500液质联用仪 ABI公司还展出了AB SCIEX TOF/TOF™ 5800系统，作为生物标志物发现平台的一部分，用于蛋白质鉴定和相关定量。5800 TOF/TOF质谱仪特点是具有attomole级的灵敏度。据该公司说，作为LC-MALDI工作流的一部分，相对于电喷雾（ESI）工作流，这款仪器还可以在复杂的混合物体系中，发现更多和不同的蛋白质。
AB SCIEX TOF/TOF™ 5800系统
“质谱技术继续吸引更多的科学家，使用这项技术用于越来越多的新应用。” Life Technologie公司质谱部总裁劳拉劳曼（Laura Lauman）说；“这些系统集成了直观的软件，全面地支持新水平的性能。”
海报突出先进的方法
ASMS上许多海报介绍了利用创新质谱方法开展的研究，如多反应监测(MRM)-MS分析，差异质谱分析（dMS），以及Label-free的定量LC/MS分析。这些技术正在扩展质谱技术的能力和其在市场上的机会，但是它们也创造了对于样品制备、分离、和在质谱的上游去除高丰度蛋白质技术的新挑战。
在美国明尼苏达大学的Ebbing de Jong及其同事题为“MRM for Oral Cancer Biomarker Validation in Saliva: Inherent Challenges, Solutions and Methods Development,” （“用MRM技术在唾液中验证口腔癌生物标志物：内在挑战，解决方法和方法的发展”）的海报中，Ebbing描述了他们通过去除淀粉酶（amylase depletion）来努力简化样品制备步骤，从而使用MRM技术在唾液中验证口腔癌生物标志物。
研究人员在淀粉柱上装上唾液样本，去除大量的淀粉酶组分，然后洗脱剩余的蛋白质组分。这些样本再用Western blots方法，或酶解后用一维LC-MS分析（Thermo Scientific LTQ Orbitrap）。通过比较去除淀粉酶后的样本和全唾液样本显示，去除淀粉酶后，可发现新的蛋白质条带，并用MRM技术检测出低丰度的多肽如：kallikrein-1（激肽释放酶- 1）。
美国密歇根大学的AK Yocum和其同事，介绍了多路稳定同位素稀释的MRM-MS/MS方法的开发和试验的优化，来区分良性和前列腺癌细胞系
他们提出的研究结果，可衡量在整个细胞蛋白提取物中，8种前列腺癌的生物标志物肽段的绝对浓度。从6份良性和前列腺癌变细胞系中提取的蛋白，通过一维SDS-PAGE分离，然后酶解，酶解后的多肽用Agilent公司的1200 HPLC芯片和6410三重四极杆质谱分析。
根据调查结果，作者得出结论认为，多通道的MRM-MS/MS法将更高确定性地鉴定出组织样品呈阳性的前列腺癌，减少假阳性鉴定的概率和不必要的活检。
西北太平洋实验室和俄勒冈健康科学大学的研究人员的海报——“Application of Label-Free Quantitative LC-MS-based Proteomics for Biomarker Identification in Salmonella typhimurium ”（应用非同位素标记的定量LC-MS方法，对鼠伤寒沙门氏菌进行蛋白质组生物标志物鉴定），他们鉴定了一组宿主巨噬细胞感染的协调上调蛋白质（a set of proteins coordinately upregulated on infection of host macrophages）。
研究人员比较了沙门氏菌基因敲除突变体的蛋白质组，和调控毒力有关的蛋白质没有被表达，用野生型沙门氏菌的蛋白质组，鉴定了同感染有关的特异的蛋白质，可以作为新药发现的靶标。
样品被分离收集，并用Thermo Scientific LTQ Orbitrap进行LC-MS/MS分析，候选的蛋白质生物标志物被筛选的准则为：突变体相比野生型，必须具有大于双倍的表达量减少；必须在最小7/12的调节突变上被协调监管；必须鉴定出多于3个肽段。5个LC-MS实验发现的生物标志物用Western blot方法进行了验证，表明了在沙门氏菌感染的宿主巨噬细胞中的上调表达。
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