Chagas食管病最常见的临床症状表现为进食时咽下困难(100%)，胸骨后疼痛，胃食管反流和体重下降。伴随着自主神经系统的损害，机体的糖、水电解质代谢、内分泌调节、胃酸的分泌、汗腺和腮腺的应激以及其他一些相关器官的功能调节也发生或轻或重的功能异常，其中很多病人因腮腺去神经支配而有唾液过多症状，其腮腺常有肥大。
Chagas 食管病发生食管扩张、产生临床症状，甚至出现巨食管并不表明其病程已到了终末期。在漫长的病理过程中，随着食管膨胀、失迟缓的发展及食管下段括约肌不完全松弛，病人可出现体重下降、未消化食物的反流，甚至可出现误吸。约有5%～10%的病人因食管内潴留物的刺激造成食管黏膜经久不愈的反复损伤，食管黏膜增生、间变，最后导致食管恶性肿瘤的发生，其病变大都位于食管下l/3。
Mad 等(1999)报告1 例与Chagas 食管病有关的食管平滑肌肉瘤女性病例。该病人19 岁时因缓慢发展的Chagas 食管病而出现咽下梗噎，49 岁时接受贲门肌层切开治疗，6l 岁时因咽下困难加重发现食管平滑肌肉瘤，并进行手术切除，术后14 个月出现肺部及肝转移，6 个月后死亡。据报道，俄罗斯国立莫斯科大学生物系的研究人员发现，T．cruzi 原虫对恶性肿瘤细胞具有一种“以毒攻毒”的遏制作用，即如果体内有正常细胞恶性变，T．cruzi 原虫会首先对其进行攻击，而对正常细胞则“不予理睬”。在T．cruzi原虫作用下，癌瘤的生长速度会降低，癌瘤会缩小，甚至消失。他们的动物实验表明，在T．cruzi 原虫的攻击下，动物体内的移植瘤在各个生长阶段，其体积仅为对照组的2/3～1/2。他们推测，T．cruzi 原虫体表的多种分子可帮助其识别、攻击恶性肿瘤细胞，另外一些分子可脱离该原虫而激发机体免疫系统攻击癌细胞。T．cruzi 原虫毕竟是一种病原体，因此在临床上不宜直接以该原虫攻击癌细胞作为恶性肿瘤治疗的手段来应用。但从反面可以推论，患有Chagas 病的病人恶性肿瘤的发病率应是相对较低。
尽管Chagas 食管病的发病以巨食管为主要表现，但Chagas 病累及食管引起巨食管的发病率并不高。Koberle(1974)和Andrade 等(1979)的尸检报告显示约有2.6%～18%的病人发现有巨食管。从最初感染发展到有Chagas 巨食管征象约需经历10～20 年的潜伏期。