DNA小片段的纯化回收

DNA 电泳

小于100bp的片断通常在电泳时就比较难观察分辨，需要用分辨率很高的琼脂糖或者丙烯酰胺凝胶。比如Cambrex的NuSieve 3:1或者GTG，或者是大名鼎鼎的MetaPhor琼脂糖。所以实际上对于小片断，可以分为两种情况：

一个是真的要回收电泳中特别小的片断，这种情况我们前面有提到，比如Qiagen MinElute系列可以回收70bp以上的片断；而QIAEX纯化介质可以回收40bp以上的小片断，可以根据情况选择。

另外一种情况是要去除一些小片断或者是核苷酸、标记物、或者是一些酶切碎片，或者去掉接头（Linker/Adeptor）或者什么的。其实这时已经不需要用电泳来分别，也就算不上胶回收的范围，不过既然提到了就顺手写写。

PCR产物回收试剂盒实际上也是一种除去小片断的试剂盒，通常回收范围是100bp到10KB之间，也就是说将小于100bp（或者70bp）的引物或者引物二聚体连同其他杂质一同去除，操作简单，只需要将PCR产物加入过滤纯化柱中离心，清洗一次，洗脱就可以了，5分钟搞定，回收率高达95%。

PCR后需要酶切时，以前常常为省略跑胶纯化的步骤，要在PCR产物中直接酶切，往往导致一些酶切问题，如今用这种PCR产物纯化试剂盒就不用电泳，5分钟OK了。用不着冒险直接酶切――万一酶切有问题多麻烦呀。

通常同一个品牌的PCR产纯化试剂盒和胶回收试剂盒的柱子是同样的柱子，区别是胶回收试剂盒多一个溶胶液。所以，你可以用胶回收试剂盒做PCR产物纯化，溶胶液照加可也，调pH和盐浓度而已。

如果需要纯化寡核苷酸或者引物，Qiagen的QIAquick Nucleotide Removal Kit是一个好选择。可以用于纯化17-40mer的寡核苷酸小分子，以及40bp-10kb的DNA 。用于纯化标记反应是不错的选择，方法和PCR产物回收试剂盒是一样的，很方便。

除了这种膜吸附的柱子，还有一种凝胶过滤原理的柱子也可以用于分段收集不同大小的产物，那个在建库等实验中用的比较多，也有用于纯化标记反应中的未标记分子或者核苷酸的。

很小的DNA 片断常常会用PAGE胶电泳。

PAGE胶好像还没有很好的溶解方法，除了我们前面提到的电洗脱，Qiagen还提供一些私人方法，在应急的时候可以尝试。将切割下来的PAGE条带冲洗后加入指管中，加入2倍体积的分散缓冲液（0.5M醋酸胺、10mM的醋酸镁，1mM EDTA， 0.1%SDS，pH8.0）50度保温30分钟，离心取上清，避免混入碎胶，加入3倍体积的溶胶液，后面步骤一样。这样也可以回收PAGE胶里的片断。