发布时间:2014-08-07 11:39 原文链接: NucleicAcidsResearch发布最全面的microRNA数据库

  基因是蛋白质的蓝图,而microRNA可以帮助细胞决定是否要根据这些蓝图制造蛋白。研究者们常常会面临这样的问题:某个与疾病有关的基因受到哪些microRNA的调控?或者,患者体内发现的某种microRNA负责调控什么基因?这些问题的答案,可以帮助医生和研究者们操纵机体中的致病蛋白水平(尤其是癌症)。

  日前,美国科罗拉多大学癌症中心在Nucleic Acids Research杂志上发布了一个被称为multiMiR的数据库,这个目前最全面的数据库广泛收集了microRNA及其作用靶标的信息。

  “数据库multiMiR可以让研究者们有效搜索,与疾病有关的microRNA-基因配对关系,”文章的一位资深作者,科罗拉多大学的副教授Katerina Kechris介绍道。

  除了为人们展示microRNA与其作用靶标之间的关系,该数据库还涵盖了能够影响microRNA的已知药物,列出了与microRNA有关的各种疾病。

  “现在,研究者们可以在这一数据库中寻找线索,为包括癌症在内的各种疾病开发新的治疗方式,”文章的另一位资深作者,科罗拉多大学的Dan Theodorescu教授说。

  据称multiMiR数据库整合了14个现存的microRNA数据库,并且关联了与这些microRNA有关的研究结果,允许研究者们进行更加灵活的数据分析。

  在使用这一数据库时,用户可以输入microRNA、基因、药物、疾病的名称,或者它们的任意组合。举例来说,multiMiR数据库可以根据用户输入的microRNA,搜索已验证或预测性的作用靶标。也可以根据用户指定的基因,给出已验证或预测性的调控microRNA。对于特定疾病和药物来说也是一样,该数据库可以告诉你哪些疾病和药物与你的microRNA有关。

  这篇文章举出了一些数据库的应用案例,包括分析microRNA对小鼠自发饮酒的潜在影响,研究慢性阻塞性肺病相关信号通路中的候选基因,以及能够影响膀胱癌的microRNA:基因互作。

  “我们需要通过更好的途径来分析已经获得的数据,不然就会迷失在信息的汪洋大海里,” Theodorescu说。“这项研究中的新工具能够为研究者们提供更有意义的结果,最终帮助人们开发出新的疾病治疗策略。”

相关文章

科研团队揭示遗传因素在母婴健康中的重要作用

10月9日,华大生命科学研究院、华大基因联合武汉儿童医院、深圳市妇幼保健院、中山大学等多家机构科研人员组成的团队,在《细胞》子刊《细胞基因组学》上以封面、专辑的形式发表了6篇研究论文,系统解析了孕期生......

印遇龙等:基因编辑并不违背自然选择规律

在生命科学领域,基因编辑技术尤其是CRISPR/Cas9系统的出现,为科学研究带来革命性突破。这项技术改变了人类对基因的认知,重新定义了自然选择与人工干预间的界限。老百姓眼中,基因编辑可能也是类似于“......

孤独与疾病有何关联?可能不是直接病因

孤独与疾病有何关联?施普林格·自然旗下专业学术期刊《自然-人类行为》最新发表一篇健康研究论文称,一项覆盖逾47万名受试者的遗传学研究发现,孤独可能不是疾病的直接原因。不过,研究结果也显示,管理与孤独相......

学者开发出基因结构注释“抛光”工具

华南农业大学园艺学院教授夏瑞团队在国家自然科学基金等项目的资助下,开发了一种基于基因共线性进行物种基因组基因结构注释矫正的工具——SynGAP(Synteny-basedGenestructureAn......

西南大学研究人员发现调控寿命新基因

科技日报讯 (记者雍黎)记者9月9日从西南大学获悉,该校资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室教授代方银团队发现了调控寿命的新基因OSER1,并在家蚕、线虫、果蝇等多物种中进行研究,揭示了其调......

全球最大的海洋微生物组数据库建立

9月4日,《自然》在线发表中外科学家的合作成果,该成果建立了全球最大的海洋微生物组数据库,从中发掘塑料降解酶、基因编辑工具、抗菌肽等重要基因资源。山东大学微生物技术国家重点实验室教授李盛英为文章共同通......

解码“基因宝藏”!科学家揭示海洋微生物基因资源利用潜力

9月5日,记者在“千种海洋生物基因测序项目”暨全球海洋微生物基因库建设及应用成果联合发布会上获悉,华大生命科学研究院联合山东大学、英国东安格利亚大学等机构,构建了迄今为止最完整的海洋微生物基因数据库,......

中外科学家合作建立全球最大海洋微生物组数据库

9月4日,国际顶级期刊《自然》(Nature)在线发表中外科学家的合作成果“Globalmarinemicrobialdiversityanditspotentialinbioprospecting”......

NatCommun:突破!东京大学利用干细胞和类器官技术重现胆管发育,开启胆汁淤积性疾病治疗新纪元

胆管(bileducts,BD)在肝脏门静脉周围特异性发育,负责将肝细胞分泌的胆汁输送到肠道。胆管细胞是肝内胆管(intrahepaticbileducts,IHBD)的上皮成分,由肝母细胞分化而来。......

AI工具精准描述细胞代谢状态,为研发疾病新疗法提供“利器”

瑞士洛桑联邦理工学院领导的团队创建了一个基于AI的工具RENAISSANCE,其可结合各种类型的细胞数据,准确描述细胞代谢状态,从而帮助人们更精准地理解细胞功能。RENAISSANCE是计算生物学的一......