OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序

鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫，地理分布广，感染率高，寄生于人体盲肠，导致人体慢性感染，对人类危害巨大。

鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同鞭虫的全基因组、全转录组分析，鉴定出了许多鞭虫繁殖期和生活期所特有的基因，以及与鞭虫特有形态相关的基因信息。此外，通过对被鞭虫感染动物模型的RNA测序，也对鞭虫慢性感染的TH1样免疫反应调控进行了有史以来最详细的分析。在模拟筛选中鉴定出了许多新的鞭虫病潜在药物靶点。这些研究的基础，都得益于高质量鞭虫全基因组测序的完成，在这里面我们又一次看到了OPGEN全基因组图谱系统的卓越表现。

鞭虫的全基因组测序基本工作在Illumina平台以及454平台上完成。接下来，桑格研究院利用OpGen全基因组图谱系统对鞭虫测序骨架进行了拼接和质量提升，得到了最长达17.5Mb的超级骨架。Scaffold N50从1.58Mb提高了3倍，达到4.83Mb。借助OpGen基因组图谱，封闭的缺口总长度达到4.5Mb，其中甚至包括了许多长度超过10kb的缺口。

本研究的鞭虫基因组以及相关功能数据将有助于更好的阐明寄生虫、宿主之间发生相互关系的分子机制，对于鞭虫的防治有着深远的意义。

关于OpGen全基因组图谱技术

OpGen全基因组图谱技术，利用全自动、高通量的方法，能够对DNA单分子进行限制性内切酶图谱分析，并将DNA单分子图谱组装成染色体水平甚至基因组水平的图谱，即全基因组图谱。利用该图谱，可以进行基因组完成图序列拼接、比较基因组分析、微生物菌株分型等研究。其成功应用物种已超过300种，发表文献超过180篇，包括《Lancet》、《Nature》、《Science》、《PNAS》等顶级期刊，证明了它无可比拟的可靠性和稳定性。

OPGEN全基因组图谱的部分典型应用：

鸵鸟：Science , Complex evolutionary trajectories of sex chromosomes across bird taxa,
鞭虫：Nature Genetics, Whipworm genome and dual-species transcriptome analyses provide molecular insights into an intimate host-parasite interaction
无油樟：Nature, Plant genomics: A genome conserved and a genome expanded
仓鼠：Nature Biotechnology, Genomic landscapes of Chinese hamster ovary cell lines as revealed by the Cricetulus griseus draft genome
绦虫：Nature, The genomes of four tapeworm species reveal adaptations to parasitism
家山羊：Nature Biotechnology, Sequencing and automated whole-genome optical mapping of the genome of a domestic goat
梅花：Nature Communications, The genome of Prunus mume