植物中的RNA沉默根据作用靶标可以分为两类:
以RNA为靶标, 使其降解或抑制蛋白翻译, 称为转录后基因沉默(post-transcriptional gene silencing, PTGS);
以染色质为靶标, 使其基因启动子或组蛋白甲基化从而抑制 RNA 转录的起始, 称为转录基因沉默(transcriptional gene silencing, TGS).
