1．SDS与蛋白质的结合按质量成比例(即：1.4g SDS /g蛋白质)，蛋白质含量不可以超标，否则SDS结合量不足。
2．用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳法测定蛋白质相对分子量时，必须同时作标准曲线。不能利用这次的标准曲线作为下次用。并且sDs—PAGE 测定分子量有10%误差，不可完全信任。
3．有些蛋白质由亚基(如血红蛋白)或两条以上肽链(Q一胰凝乳蛋白酶)组成的，它们在巯基乙醇和SDS的作用下解离成亚基或多条单肽链。因此，对于这一类蛋白质，SDS一聚内烯酰胺凝胶电泳法测定的只是它们的相对分子量。
4．有的蛋白质(如：电荷异常或结构异常的蛋白质；带有较大辅基的蛋白质)不能采用该法测相对分子量。
5．如果该电泳中出现拖尾、染色带的背景不清晰等现象，可能是SDS不纯引起。
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