发布时间:2020-05-11 11:46 原文链接: SageScience核酸片段回收系统在RADseq中的应用(一)

1.什么是RAD-SEQ?

RADseq(Restriction-site associated DNA sequencing,限制性酶切位点相关的DNA测序)是通过对基因组进行酶切,并针对带有酶切位点的DNA相关片段进行测序,这项技术能够低成本的开发大量SNP标记,不受有无参考基因组和染色体倍型的限制。

2.它的应用在哪方面?

RADseq技术在动植物的群体进化研究,遗传图谱构建和QTL定位,以及全基因组关联分析上得到了广泛的应用。其优势应用是非模式物种的生态与进化研究中的SNP查找与基因分型研究。

3.RAD-seq的种类?

1) RestSeq(restriction fragment sequencing):限制性酶I酶切+连接接头+限制性酶II酶切+片段选择建库测序;

2) ezRAD:一个或多个常见酶酶切+illuminate建库Kit建库测序;

3) SLAF-seq(specific-lo­cus amplified fragment sequencing):酶I酶切+barcode+酶II酶切+接头建库测序;

4) 2bRAD : IIB限制性酶单酶切,IIB型限制性内切酶能在识别位点的上游和下游位点分别切断,获得固定长度的片段。构成33–36 bp插入片段建库测序;

5) ddRAD(double-digest restriction-site-associated DNA):两个限制性酶酶切,接头分别与一种酶配套+切胶进行片段选择建库测序;

6) SBG(sequence-based genotyping):稀有酶和一个或两个常见酶酶切+PCR选择性扩增短片段序列建库测序;

7) MSG(multiplexed shotgun genotyp­ing):常见酶单酶切+片段选择建库测序;

8) GBS(genotyping by sequencing):常见酶单酶切+PCR选择性扩增短片段序列建库测序;

9) RRL(reduced representation library):平性末端酶酶切+片段选择建库测序;

10) original RAD(original restriction-site associat­ed-DNA):限制性酶单酶切+机械打断建库测序;

11) CRoPS(complexity reduction of polymorphic sequences):两个酶酶切+AFLP产物建库测序;