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无需参考的甲基化分析新方法

分析DNA甲基化的高通量方法大多依赖参考基因组,而许多物种不一定有。最近,奥地利的研究人员就开发出一种方法,在没有参考基因组的情况下分析DNA甲基化。这项成果于本周发表在《Cell Reports》上。 文章的第一作者是奥地利科学院CeMM分子医学研究中心的Johanna Klughammer。她及其同事将简化甲基化测序(reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)与一种名为RefFreeDMA的应用程序相结合。这种程序能从RRBS读取中推断出基因组,并发现样品中差异甲基化的区域。 她们开发的这个流程依赖于脊椎动物中DNA甲基化的非随机分布,大多数甲基化都位于CpG位点。在她们这个方法中,DNA先通过限制性内切酶Mspl和/或Taql消化,这两种酶分别切割C^CGG和T^CGA,并且对甲基化不敏感。之后,这些消化后的序列被用来创建RRBS测序文库。 研究人员指出,他......阅读全文

DNA去甲基化的两种方式

  本公司提供专业的DNA甲基化修饰服务,有需要的客户请与本公司的工作人员。   作为发现较早的一种修饰途径,DNA甲基化能够引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。DNA甲基化修饰过程会使甲基添加到DNA分子上,例如在胞嘧啶环的5'碳上:这种

Genome Biol:DNA破裂或会重新调节癌症基因的控制机制

  理解介导癌症基因组中广泛DNA损伤的机制一直以来都是癌症研究人员非常感兴趣的研究领域,近日,一项刊登在国际杂志Genome Biology上的研究报告中,来自贝勒医学院等机构的科学家们通过研究发现,基因组结构的变异或许能作为人类癌症中DNA甲基化改变(基因控制的一种形式)的一种特殊机制。  文章

世界首个人类早期胚胎DNA甲基化全景观图谱

  记者25日从北京大学第三医院获悉,该院生殖医学中心乔杰研究组与北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组合作,绘就了世界首个人类早期胚胎DNA甲基化全景观图谱。这一成果日前已在线发表于《自然》,影响因子达38.597。  据介绍,哺乳动物的胚胎发育起始于单个受精卵细胞,父母的表观遗传记

TheScientist热议:出人意料的甲基化

  DNA甲基化是基因组中重要的表观遗传学标志,在大多数生物的生命周期中基因组的甲基化模式都相对稳定。然而近期发表在Genome Biology杂志上的两篇文章显示,有的生物在一生中不断累积着甲基化,有的生物则可能通过甲基化去除大量DNA。   吉林大学刘明远教授所领导的研究团队首次在线虫中发

表观新修饰-6mA甲基化助力IF飙升(一)

DNA甲基化修饰是表观遗传研究的热点之一,我们通常认为DNA甲基化就是胞嘧啶甲基化(5-methylcytosine, 5mC),却不知道随着测序技术的快速发展,科研者们已经在真核生物中(果蝇 、真菌、莱茵衣藻、秀丽隐杆线虫等)发现了一种新的DNA甲基化修饰—DNA-6mA甲基化,且DNA-

最新DNA甲基化测序技术比较研究

  在不同疾病中,DNA甲基化具有不同的模式。DNA甲基化的具体模式通常与诸如疾病亚型、疾病预后以及药物反应等临床信息具有一一对应的联系。在多种癌症的治疗过程中,DNA甲基化生物标志物可以帮助临床医生选择恰当的治疗方式。  对于拥有成千上万个样本的大量病人来说,全基因组映射与DNA甲基化分析是非常合

程晓东《自然》文章揭示表观遗传学研究的新线索

来自美国Emory大学华裔教授程晓东(Xiaodong Cheng)领导的研究组发现了小鼠基因组中DNA序列的一种特殊模式,该模式在DNA分子调节基因表达的方式中起到基础性作用。该研究组与来自德国Jacobs大学的同事在8月22日的的《自然》杂志网络版上公布了这些发现。 自从科学家破解了构成人类

Nature 表观遗传学进展将遗传学、环境与疾病联系了起来!

  21世纪,表观遗传学的研究得到了快速发展,同时其产生了让研究人员感兴趣和憧憬的东西,当然了,这其中也存在一些大肆宣传的成分,本文中,我们回顾了表观遗传学在过去几十年里是如何演变的,同时分析了近年来改变科学家们对生物学理解的一些研究进展;我们讨论了表观遗传学和DNA序列改变之间的相互作用,以及表观

染色质重塑因子PKL在RNA介导的DNA甲基化中的功能

  5月31日,《基因组生物学》(Genome Biology)杂志在线发表了中国科学院上海生命科学研究院植物逆境生物学研究中心张蘅研究组题为The developmental regulator PKL is required to maintain correct DNA methylation

遗传发育所在G蛋白提高水稻氮利用率的研究中取得进展

  哺乳动物受精后由一个受精卵发育成一个完整的个体,DNA甲基化则是指导受精卵发育成早期胚胎、进而发育成完整个体的最重要表观遗传调控方式之一。中国科学院北京基因组研究所刘江团队2013年揭示模式生物斑马鱼继承父代精子的甲基化图谱,但哺乳动物子代如何继承表观遗传信息仍知之甚少。刘江团队与南京大学黄行许

DNA甲基化检测技术全攻略

近年来涌现出不少DNA甲基化的检测技术,少说也有十几种。大致可以分为两类:特异位点的甲基化检测和全基因组的甲基化分析,后者也称为甲基化图谱分析(methylation profiling)。下面大家介绍一些常用的方法。一、特异位点的甲基化检测1. 甲基化特异性PCR(MS-PCR)这种方法经济实用,

植物所解析RNA甲基化调控果实成熟的作用机制

  DNA甲基化(5mC)和RNA甲基化(m6A)是两种重要的核酸修饰,在基因表达调控中发挥重要作用并参与诸多生物学过程。然而,这两种核酸修饰之间是否存在内在关联性却不清楚。近日,中国科学院植物研究所秦国政研究组和田世平研究组合作,揭示了DNA甲基化可通过调节m6A去甲基化酶基因表达的方式影响番茄果

著名学者朱健康院士Cell Research发表表观遗传学研究成果

  生物通报道:转座子通常是通过表观遗传学机制(包括DNA甲基化)保持沉默的。12月9日,在《Cell Research》杂志上发表的一项研究中,来自中科院上海生命科学研究院、美国普渡大学以及中科院遗传与发育生物学研究所的研究人员,在拟南芥中将一对Harbinger转座子衍生蛋白(HDPs)——HD

表观遗传学分子生物学软件——DNA甲基化分析工具

第一类:基于引物设计功能的软件。此类软件主要是针对重亚硫酸盐序列进行甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP)和重亚硫酸盐测序(bisulfite sequencing, BS)引物的设计。由于重亚酸盐修饰的特殊性,使常规的分子生物学

LightCycler应用:甲基化分析

主要应用:应用实时荧光PCR技术进行快速准确的DNA甲基化分析DNA甲基化是表观遗传学的重要研究内容之一,它可以在转录水平抑制基因的表达。具体的过程是在胞嘧啶-鸟嘧啶(CpG二核苷酸)的5位碳原子上添加了一个额外的甲基团,形成5-甲基胞嘧啶。CpG二核苷酸密度较高的区域在人体基因组中呈非随机分布于,

中国学者NatureMedicine解析DNA检测技术

  据报道,香港中文大学医学院副院长、李嘉诚健康科学研究所所长卢煜明前天(9月18日)下午从国家主席胡锦涛的手中接过了发展中国家科学院(TWAS)颁发的科学奖证书,这是TWAS年度最高奖的里亚斯特奖,为此卢教授十分激动,他表示没有想到国家最高领导人会亲自为获奖者颁奖,由此可以看出国家对科学发展的极度

达尔文加拉马克,可能才是完整的进化论

  随着科学的进一步发展,达尔文理论也显示出了一些不足之处。  所谓物竞天择,适者生存,现代生物学的许多主流研究方向都以查尔斯·达尔文(Charles Darwin)“自然选择”的进化论为基础:只有最能适应环境的生命体才能在物种演化的洪流中获得生存和繁衍的权利。这个自然选择的过程也被称为适应,而最容

北大汤富酬课题组发表单细胞表观多组学测序技术新成果

  2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研

研究发现DNA甲基化参与调控柑橘成熟新机制

  1月12日,《美国国家科学院院刊》(PNAS)在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所上海植物逆境生物学研究中心郎曌博研究组题为Global increase in DNA methylation during orange fruit development and r

中国学者发表6篇Nature,在生命科学领域取得重大进展

  iNature  2019年9月4日,中国学者在Nature连续发表了6项成果,涉及生命科学,天文学,地球科学等不同的领域,iNature系统介绍这些成果:  【1】混合谱系白血病(MLL)家族的甲基转移酶  -包括MLL1,MLL2,MLL3,MLL4,SET1A和SET1B-在赖氨

NIBS何新建连发Plant Cell、PLOS Genetics

  北京生命科学研究所的何新建博士带领的课题组,主要利用模式植物拟南芥为研究材料,运用遗传学研究方法,结合蛋白、生化和分子生物学手段,研究DNA甲基化和组蛋白修饰的分子机理,并研究它们在基因表达调控和生长发育等方面的作用。近期,何新建博士带领的两项重要学术成果,分别发表在国际权威学术期刊《Plant

研究发现植物DNA主动去甲基化新机制

  近期《美国国家科学院院刊》(PNAS)杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心上海植物逆境生物学研究中心朱健康研究组题为Histone Acetylation Recruits the SWR1 Complex to Regulate Active DNA Demethylation i

朱健康研究团队发现植物DNA主动去甲基化新机制

  7月30日,《美国国家科学院院刊》(PNAS)杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心上海植物逆境生物学研究中心朱健康研究组题为Histone Acetylation Recruits the SWR1 Complex to Regulate Active DNA Demethylati

顶级科学家张毅Cell子刊表观遗传学新文章

  几年前,汤姆森科技信息集团旗下《科学观察》(Science Watch)评出了的高影响力论文数量最多的研究人员。原北卡罗莱纳大学医学院生物化学与生物物理学系教授、霍华德•休斯医学研究院(HHMI)研究员张毅(现就职于哈佛医学院)成为分子生物学和遗传学领域高影响力论文的数量最多的前十位顶级科学家之

研究人员首次精准解析结核分枝杆菌复合群甲基化图谱

  结核病是全球最常见的传染病之一,据WTO“2015年全球结核病年报”报告,2014年全球新增感染人数960万,死亡150万,新增耐多药结核(MDR)病例48万(其中我国新增结核感染病例93万,居全球第三位),其目前仍是全球第二大传染病。结核分枝杆菌复合群(Mycobacterium tuberc

北京基因组所等首次精准解析结核分枝杆菌复合群甲基化

  结核病是全球最常见的传染病之一,据WTO“2015年全球结核病年报”报告,2014年全球新增感染人数960万,死亡150万,新增耐多药结核(MDR)病例48万(其中我国新增结核感染病例93万,居全球第三位),其目前仍是全球第二大传染病。结核分枝杆菌复合群(Mycobacterium tuberc

朱健康院士团队揭示植物DNA主动去甲基化的完整调控途径

  近日,PNAS杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心上海植物逆境生物学研究中心朱健康研究组题为“Histone Acetylation Recruits the SWR1 Complex to Regulate Active DNA Demethylation in Arabidops

五花八门的DNA甲基化检测(下)

  近年来涌现出不少DNA甲基化的检测技术,少说也有十几种。大致可以分为两类:特异位点的甲基化检测和全基因组的甲基化分析,后者也称为甲基化图谱分析(methylation profiling)。下面生物通给大家介绍一些常用的方法。   全基因组的甲基化分析   基于芯片的甲基化图谱分析  

何新建等拟南芥叶酸多聚谷氨酰基化研究获进展

  2013年7月23日,北京生命科学研究所何新建实验室在《The Plant Cell》杂志在线发表题为“Folate polyglutamylation is involved in chromatin silencing by maintaining global DNA methyl

我国学者揭示DNA甲基化在柑橘果实成熟过程中的调控作用

  近日,《PNAS》期刊在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所上海植物逆境生物学研究中心郎曌博研究组题为 “Global increase in DNA methylation during orange fruit development and ripening” 的