黄牛:计算化学驱动的新药设计

黄牛个子很高。当初被戏称“拉高北生所平均身高”的他,如今也成为北生所的一颗学术新星,在计算化学和生物学的交叉领域独树一帜。 “传统的创新药物研发是通过对大量化合物进行实验筛选,找到有活性的药物先导化合物。计算化学手段则是基于物理学原理来‘虚拟筛选’出能够结构和性质上匹配药物靶标的小分子药物候选物。”黄牛说,一些大的制药公司通常都有几百万甚至上千万个化合物库,利用实验筛选寻找药物的源头化合物的过程费时费力,而计算化学则改变了这一模式,将极大提高新药开发的效率。 正因此,从上世纪80年代开始,研究人员开始尝试将计算化学应用于生物医学领域。但这项研究在上世纪90年代进入小高潮后就进展缓慢,因为“理想很丰满,现实很骨感”,要算得准并非易事。 “截至目前,物理学理论中最准确的量子力学模型,也只能用来精确计算小分子化合物的结构和性质,而药物靶点通常是生物大分子,要实现在原子层次上的准确描述,是非常困难的。”黄牛说。 近......阅读全文

褐煤酸的计算化学数据

1、 疏水参数计算参考值(XlogP):12.92、 氢键供体数量:13、 氢键受体数量:24、 可旋转化学键数量:265、 互变异构体数量:6、 拓扑分子极性表面积(TPSA):37.37、 重原子数量:308、 表面电荷:09、 复杂度:32710、 同位素原子数量:011、 确定原子立构中心数

鸟苷的计算化学数据

1.共价键单元数量:12.氢键供体数量:53.氢键受体数量:64.可旋转化学键数量:25.互变异构体数量:96.拓扑分子极性表面积1557.重原子数量:208.表面电荷:09.复杂度:44610.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:412.不确定原子立构中心数量:013.确定化学键立构中心

黄嘌呤的计算化学数据

  1、 疏水参数计算参考值(XlogP):-0.7  2、 氢键供体数量:3  3、 氢键受体数量:3  4、 可旋转化学键数量:0  5、 互变异构体数量:15  6、 拓扑分子极性表面积(TPSA):86.9  7、 重原子数量:11  8、 表面电荷:0  9、 复杂度:217  10、 同

概述霉酚酸的计算化学数据

  1.疏水参数计算参考值(XlogP):3.2  2.氢键供体数量:2  3.氢键受体数量:6  4.可旋转化学键数量:6  5.互变异构体数量:4  6.拓扑分子极性表面积93.1  7.重原子数量:23  8.表面电荷:0  9.复杂度:486  10.同位素原子数量:0  11.确定原子立构

环孢菌素A的计算化学数据

疏水参数计算参考值(XlogP):7.5氢键供体数量:5氢键受体数量:12可旋转化学键数量:15互变异构体数量:16拓扑分子极性表面积(TPSA):279重原子数量:85表面电荷:0复杂度: 2330同位素原子数量:0确定原子立构中心数量:12不确定原子立构中心数量:0确定化学键立构中心数量:1不确

非洛地平的计算化学数据

1.疏水参数计算参考值(XlogP):无2.氢键供体数量:13.氢键受体数量:54.可旋转化学键数量:65.互变异构体数量:56.拓扑分子极性表面积64.67.重原子数量:258.表面电荷:09.复杂度:61410.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量:113

胸苷的计算化学数据

1、 疏水参数计算参考值(XlogP):-1.22、 氢键供体数量:33、 氢键受体数量:54、 可旋转化学键数量:25、 互变异构体数量:36、 拓扑分子极性表面积(TPSA):99.17、 重原子数量:178、 表面电荷:09、 复杂度:38110、同位素原子数量:011、确定原子立构中心数量:

维A酸的计算化学数据

1、疏水参数计算参考值(XlogP):无2、氢键供体数量:1 3、氢键受体数量:24、可旋转化学键数量:5 5、互变异构体数量:06、拓扑分子极性表面积:37.37、重原子数量:22 8、表面电荷:0 9、复杂度:567 10、同位素原子数量:011、确定原子立构中心数量:0 12、不确定原子立构中

植酸的计算化学数据

1、疏水参数计算参考值(XlogP):-10.32、氢键供体数量:123、氢键受体数量:244、可旋转化学键数量:125、互变异构体数量:06、拓扑分子极性表面积:4017、重原子数量:368、表面电荷:09、复杂度:81810、同位素原子数量:011、确定原子立构中心数量:012、不确定原子立构中

肌酸的计算化学数据

1.疏水参数计算参考值(XlogP):-1.22.氢键供体数量:33.氢键受体数量:34.可旋转化学键数量:35.互变异构体数量:无6.拓扑分子极性表面积:90.47.重原子数量:98.表面电荷:09.复杂度:13410.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量:

反油酸的计算化学数据

1、 疏水参数计算参考值(XlogP):6.52、 氢键供体数量:13、 氢键受体数量:24、 可旋转化学键数量:155、 互变异构体数量:6、 拓扑分子极性表面积(TPSA):37.37、 重原子数量:208、 表面电荷:09、 复杂度:23410、 同位素原子数量:011、 确定原子立构中心数量

EDTA四钠计算化学数据

  1.疏水参数计算参考值(XlogP):无  2.氢键供体数量:4  3.氢键受体数量:14  4.可旋转化学键数量:7  5.互变异构体数量:无  6.拓扑分子极性表面积171  7.重原子数量:28  8.表面电荷:0  9.复杂度:293  10.同位素原子数量:0  11.确定原子立构中心

松萝酸的计算化学数据

1.疏水参数计算参考值(XlogP):1.42.氢键供体数量:23.氢键受体数量:74.可旋转化学键数量:25.互变异构体数量:1476.拓扑分子极性表面积:1187.重原子数量:258.表面电荷:09.复杂度:70810.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量

尸胺的计算化学数据

1.疏水参数计算参考值(XlogP):-0.62.氢键供体数量:23.氢键受体数量:24.可旋转化学键数量:45.互变异构体数量:无6.拓扑分子极性表面积527.重原子数量:78.表面电荷:09.复杂度:25.310.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量:01

植酸的计算化学数据

1、疏水参数计算参考值(XlogP):-10.32、氢键供体数量:123、氢键受体数量:244、可旋转化学键数量:125、互变异构体数量:06、拓扑分子极性表面积:4017、重原子数量:368、表面电荷:09、复杂度:81810、同位素原子数量:011、确定原子立构中心数量:012、不确定原子立构中

鸟苷的计算化学数据

1.共价键单元数量:1 2.氢键供体数量:5 3.氢键受体数量:6 4.可旋转化学键数量:2 5.互变异构体数量:9 6.拓扑分子极性表面积155 7.重原子数量:20 8.表面电荷:0 9.复杂度:446 10.同位素原子数量:0 11.确定原子立构中心数量:4 12.不确定原子立构中心数量:0 

丁香酸的计算化学数据

1.疏水参数计算参考值(XlogP):无2.氢键供体数量:23.氢键受体数量:54.可旋转化学键数量:35.互变异构体数量:46.拓扑分子极性表面积767.重原子数量:148.表面电荷:09.复杂度:19110.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量:013.确

泼尼松龙的计算化学数据

1、疏水参数计算参考值(XlogP):1.62、氢键供体数量:33、氢键受体数量:54、可旋转化学键数量:25、互变异构体数量:96、拓扑分子极性表面积(TPSA):94.87、重原子数量:268、表面电荷:09、复杂度:72410、同位素原子数量:011、确定原子立构中心数量:712、不确定原子立

氨苄西林的计算化学数据

疏水参数计算参考值(XlogP):无氢键供体数量:3氢键受体数量:6可旋转化学键数量:4互变异构体数量:4拓扑分子极性表面积:138重原子数量:24表面电荷:0复杂度:562同位素原子数量:0确定原子立构中心数量:4不确定原子立构中心数量:0确定化学键立构中心数量:0不确定化学键立构中心数量:0共价

中国科研团队发布量子计算化学“计算器”

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丝裂霉素C的计算化学数据

  疏水参数计算参考值(XlogP):-0.4  氢键供体数量:3  氢键受体数量:8  可旋转化学键数量:4  互变异构体数量:42  拓扑分子极性表面积(TPSA):147  重原子数量:24  表面电荷:0  复杂度:757  同位素原子数量:0  确定原子立构中心数量:4  不确定原子立构中

乙琥胺的计算化学数据

1.疏水参数计算参考值(XlogP):无2.氢键供体数量:13.氢键受体数量:24.可旋转化学键数量:15.互变异构体数量:56.拓扑分子极性表面积46.27.重原子数量:108.表面电荷:09.复杂度:18810.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:012.不确定原子立构中心数量:113

高丝氨酸的计算化学数据

1.氢键供体数量:32.氢键受体数量:43.可旋转化学键数量:34.拓扑分子极性表面积:83.65.重原子数量:86.表面电荷:07.复杂度:83.48.同位素原子数量:09.确定原子立构中心数量:110.不确定原子立构中心数量:011.确定化学键立构中心数量:012.不确定化学键立构中心数量:01

雷帕霉素的计算化学数据

1、疏水参数计算参考值(XlogP):62、氢键供体数量:33、氢键受体数量:134、可旋转化学键数量:65、互变异构体数量:156、拓扑分子极性表面积(TPSA):1957、重原子数量:658、表面电荷:09、复杂度:176010、同位素原子数量:011、确定原子立构中心数量:1512、不确定原子

盐酸乙胺丁醇的计算化学数据

  氢键供体数量:6  氢键受体数量:4  可旋转化学键数量:9  拓扑分子极性表面积(TPSA):64.5  重原子数量:16  表面电荷:0  复杂度:109  同位素原子数量:0  确定原子立构中心数量:2  不确定原子立构中心数量:0  确定化学键立构中心数量:0  不确定化学键立构中心数量

环磷酰胺的计算化学数据

疏水参数计算参考值(XlogP):无氢键供体数量:1 氢键受体数量:4 可旋转化学键数量:5 互变异构体数量:2 拓扑分子极性表面积:41.6 重原子数量:14 表面电荷:0 复杂度:212 同位素原子数量:0 确定原子立构中心数量:0 不确定原子立构中心数量:1 确定化学键立构中心数量:0 不确定

贝尼地平的计算化学数据

1.疏水参数计算参考值(XlogP):无2.氢键供体数量:13.氢键受体数量:84.可旋转化学键数量:85.互变异构体数量:56.拓扑分子极性表面积1147.重原子数量:378.表面电荷:09.复杂度:93310.同位素原子数量:011.确定原子立构中心数量:212.不确定原子立构中心数量:013.

催产素的计算化学数据

1、 疏水参数计算参考值(XlogP):-2.62、 氢键供体数量:123、 氢键受体数量:134、 可旋转化学键数量:175、 互变异构体数量:1001 6、 拓扑分子极性表面积(TPSA):400 7、 重原子数量:698、 表面电荷:09、 复杂度:187010、同位素原子数量:011、确定原

豆甾醇的计算化学数据

1、 疏水参数计算参考值(XlogP):8.62、 氢键供体数量:13、 氢键受体数量:14、 可旋转化学键数量:55、 拓扑分子极性表面积(TPSA):20.26、 重原子数量:307、 表面电荷:08、 复杂度:6749、 同位素原子数量:010、 确定原子立构中心数量:911、 不确定原子立构

腺苷一磷酸的计算化学数据

疏水参数计算参考值(XlogP):-2.7氢键供体数量5氢键受体数量:11可旋转化学键数量:4互变异构体数量:3拓扑分子极性表面积(TPSA):186重原子数量:23表面电荷:0复杂度:481同位素原子数量:0确定原子立构中心数量:4不确定原子立构中心数量:0确定化学键立构中心数量:0不确定化学键立