计算生物学所与营养所合作在营养与衰老研究中取得新进展
“人如其食”——饮食决定寿命。中科院上海生命科学研究院计算生物学所韩敬东研究组和营养所刘勇研究组组成的合作团队，通过系统研究节食和运动干预对小鼠寿命的影响，发现了若干参与衰老调控的基因表达程序和信号通路，为深入了解营养代谢与延年益寿之间的机制关系和生物学基础提供了新的启示。4月16日，国际著名学术期刊PNAS 以长篇论文形式在线发表了这项研究成果。 在多种生命体中，对衰老相关基因表达谱的大量研究已发现了许多随年龄而发生表达变化的基因。然而在总体上而言，这些基因大多都是作为衰老的标识基因而并非衰老的调控基因。在有效影响个体寿命和衰老的不同干预手段中，热量限制是研究最多的一种，在多数生物体中均能减缓衰老、延长寿命；而运动也能缓解许多由衰老引起的机体功能下降。另一方面，营养过剩导致的肥胖会诱发许多衰老相关的代谢性疾病，如糖尿病、心脑血管疾病甚至某些肿瘤；但在肥胖发生的情形下，我们对于饮食限制或运动在减缓衰老、促进健康长寿方面......阅读全文
遗传风险基因信号通路相关因子RET
RET蛋白是一种受体酪氨酸激酶，可以激活下游多种信号途径，如RAS、PI3K及STAT等，诱导细胞增生。RET常以本身断裂再与另一基因融合，重组成一新基因，具备自我磷酸化且持续激活，KIF5B-RET、CCDC6-RET、TRIM33-RET和NCOA4-RET是非小细胞肺癌中已发现的RET融合基因
死亡受体信号通路相关基因介绍TNF
该基因编码一种多功能促炎细胞因子，属于肿瘤坏死因子（TNF）超家族。这种细胞因子主要由巨噬细胞分泌。它能与受体TNFRSF1A/TNFR1和TNFRSF1B/TNFBR结合并通过其发挥作用。这种细胞因子参与调节广泛的生物学过程，包括细胞增殖、分化、凋亡、脂质代谢和凝血。这种细胞因子与多种疾病有关，包
NFκB信号通路调控基因介绍
NF-κB在调节细胞反应中是相当重要的，因为它属于"快速作用"的初级转录因子，不需要新的蛋白质合成就能被激活(有该特性的其他成员包括c-Jun，STAT和核激素受体)。NF-κB是对有害细胞刺激的第一反应者。已知的NF-κB通路激活因子有很多，包括:TNF-α、IL-1β、IL-2、IL-6、IL-
遗传风险基因信号通路相关因子PTEN
PTEN基因编码的蛋白具有蛋白磷酸酶和脂质磷酸酶活性，是第一个具有磷酸酶活性的抑癌基因，也是是继p53和Rb基因之后，与肿瘤发生密切相关的一种抑癌基因，其主要机制因为PTEN是PI3K/Akt通路的主要负调控因子。PTEN的功能缺陷在人类多种肿瘤中广泛存在。
细胞凋亡信号通路相关基因介绍NFKBIA
该基因编码NF-Kappa-B抑制剂家族的一个成员，该家族包含多个Ankrin重复结构域。编码蛋白与rel二聚体相互作用，抑制参与炎症反应的nf-kappa-b/rel复合物。编码蛋白通过核定位信号和crm1介导的核输出在细胞质和细胞核之间移动。在外胚层发育不良伴T细胞免疫缺陷常染色体显性遗传病的无
遗传风险基因信号通路相关因子MUTYH
该基因编码一种参与dna氧化损伤修复的dna糖苷酶。这种酶在腺嘌呤与鸟嘌呤、胞嘧啶或8-氧-7,8-二氢鸟嘌呤（一种主要的氧化损伤的DNA损伤）不适当配对的部位从DNA主干上切除腺嘌呤碱。蛋白质定位于细胞核和线粒体。这种基因产物被认为通过在氧化损伤后引入单链断裂而在细胞凋亡信号中发挥作用。该基因突变
细胞凋亡信号通路相关基因介绍SRC
SRC基因编码的蛋白属于SRC家族激酶（SFKs），该家族由9个成员组成，分别是SCR、LYN、FYN、LCK、HCK、FGR、BLK、YRK和YES，其中SRC是目前研究最多的成员，也是与人类疾病联系最为密切的蛋白。SRC蛋白是非受体酪氨酸激酶，可被多条信号转导途径所激活，而激活后的SRC激酶又通
细胞凋亡信号通路相关基因介绍FAS
这个基因编码的蛋白质是肿瘤坏死因子受体超家族的一员。这个受体包含一个死亡结构域。它在细胞程序性死亡的生理调节中起着重要作用，并与多种恶性肿瘤和免疫系统疾病的发病机制有关。这种受体与其配体的相互作用允许形成一种死亡诱导信号复合物，包括fas相关死亡结构域蛋白（fadd）、caspase 8和caspa
Wnt信号通路的相关基因介绍HNF1A基因
该基因编码的蛋白是一种转录因子，在肝脏中高度表达并参与多种肝脏特异性基因的表达调控。HNF1A基因突变会引起糖尿病。HNF1A基因的27个单核苷酸多态性（SNP）与冠状动脉疾病的风险增加有关。
Hippo信号通路相关的基因介绍CTNNB1基因
CTNNB1基因编码的蛋白β-catenin是一种粘着连接蛋白，与钙粘蛋白、α-catenin共同组成粘附连接(adherens junctions,AJs)复合体的，通过调控细胞生长以及细胞间的粘附，对上皮细胞层的构建与维持起着重要作用。β-catenin可与APC蛋白结合，发生突变后可导致结直肠
Wnt信号通路的相关基因介绍SMARCA4基因
该基因编码的蛋白是Swi/SNF蛋白家族的一员，与果蝇的布拉马蛋白相似。这个家族的成员有螺旋酶和ATP酶活性，被认为通过改变这些基因周围的染色质结构来调节某些基因的转录。编码蛋白是大型ATP依赖染色质重塑复合物snf/swi的一部分，这是染色质抑制的基因转录激活所必需的。此外，该蛋白能结合BRCA1
Wnt信号通路的相关基因介绍CCND2基因
该基因编码的蛋白质属于高度保守的细胞周期蛋白家族，其成员在细胞周期内具有显著的蛋白质丰度周期性。细胞周期蛋白起着调节CDK激酶的作用。不同的细胞周期蛋白表现出不同的表达和降解模式，这有助于每个有丝分裂事件的时间协调。该细胞周期蛋白与CDK4或CDK6形成复合物，并作为该复合物的调节亚单位发挥作用，其
Wnt信号通路的相关基因介绍－FOXP1基因
该基因属于叉头盒转录因子家族的P亚科。叉头盒转录因子在发育和成年期间对组织和细胞类型特异性基因转录的调节中起着重要作用。叉头盒P1蛋白包含DNA结合域和蛋白质结合域。该基因可能作为肿瘤抑制因子发挥作用，因为它在多种肿瘤类型中丢失，并映射到据报道含有肿瘤抑制基因的染色体区域（3P14.1）。选择性剪接
Wnt信号通路的相关基因介绍AMER1基因
该基因编码的蛋白上调了wilms肿瘤蛋白的转录激活，并与许多其他蛋白相互作用，包括ctnnb1、apc、axin1和axin2。这种基因的缺陷是导致头颅硬化（OSCS）的纹状体骨病变的原因。
Wnt信号通路的相关基因介绍smad3基因
由该基因编码的蛋白质属于smad，一个类似于果蝇基因‘母亲抗十五瘫’（mad）和秀丽隐杆线虫基因sma的基因产物的蛋白质家族。smad蛋白是介导多种信号通路的信号转导和转录调节因子。这种蛋白作为一种转录调节剂，被转化生长因子β激活，并被认为在致癌过程中发挥调节作用。
Wnt信号通路的相关基因介绍CUL3基因
这个基因编码一个库林蛋白家族的成员。编码蛋白作为e3泛素连接酶复合物的核心组分和支架蛋白，在多泛素化和随后的降解过程中起着关键作用。包括编码蛋白在内的复合物也可能在内胚体的晚期成熟中起作用。该基因突变是2e型假醛固酮减少症的一个原因。另外，已经观察到该基因编码多个亚型的剪接转录变体。
Notch信号通路的相关基因介绍FOXP1基因
该基因属于叉头盒转录因子家族的P亚科。叉头盒转录因子在发育和成年期间对组织和细胞类型特异性基因转录的调节中起着重要作用。叉头盒P1蛋白包含DNA结合域和蛋白质结合域。该基因可能作为肿瘤抑制因子发挥作用，因为它在多种肿瘤类型中丢失，并映射到据报道含有肿瘤抑制基因的染色体区域（3P14.1）。选择性剪接
Notch信号通路的相关基因介绍HNF1A基因
该基因编码的蛋白是一种转录因子，在肝脏中高度表达并参与多种肝脏特异性基因的表达调控。HNF1A基因突变会引起糖尿病。HNF1A基因的27个单核苷酸多态性（SNP）与冠状动脉疾病的风险增加有关。
hog信号通路的相关基因介绍FOXP1基因
该基因属于叉头盒转录因子家族的P亚科。叉头盒转录因子在发育和成年期间对组织和细胞类型特异性基因转录的调节中起着重要作用。叉头盒P1蛋白包含DNA结合域和蛋白质结合域。该基因可能作为肿瘤抑制因子发挥作用，因为它在多种肿瘤类型中丢失，并映射到据报道含有肿瘤抑制基因的染色体区域（3P14.1）。选择性剪接
Notch信号通路的相关基因介绍PTCH1基因
这个基因编码一个补丁基因家族的成员。编码蛋白是声波刺猬（一种与胚胎结构形成和肿瘤发生有关的分泌分子）以及沙漠刺猬和印度刺猬蛋白的受体。这个基因作为肿瘤抑制因子发挥作用。这种基因的突变与基底细胞痣综合征、食管鳞状细胞癌、毛细胞瘤、膀胱移行细胞癌以及无脑畸形有关。选择性剪接导致编码不同亚型的多个转录变体
Hippo信号通路相关的基因介绍CCND1基因
该基因编码的蛋白质属于高度保守的细胞周期蛋白家族，其成员在整个细胞周期内具有显著的蛋白质丰度周期性。细胞周期蛋白起着调节CDK激酶的作用。不同的细胞周期蛋白表现出不同的表达和降解模式，这有助于每个有丝分裂事件的时间协调。该细胞周期蛋白与CDK4或CDK6形成复合物并作为其调节亚单位发挥作用，其活性是
Wnt信号通路的相关基因介绍MED12基因
转录的启动部分受称为预启动复合物的大型蛋白质装配的控制。 这种预启动复合体的一个组成部分是一个称为Mediator的1.2 MDa蛋白聚集体。 该介体组分与包含该基因编码的蛋白质，介体复合物亚基12（MED12）以及MED13，CDK8激酶和细胞周期蛋白C的CDK8亚复合体结合。 和重新激发率。 M
Wnt信号通路的相关基因介绍－CDK8基因
该基因编码细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶（cdk）家族的一个成员。cdk家族成员是细胞周期进展的重要调节者。这种激酶及其调节亚单位，细胞周期蛋白c，是介体转录调节复合物的组成部分，参与转录激活和rna聚合酶ii最大亚单位羧基末端结构域磷酸化的抑制。该激酶通过靶向一般转录起始因子iih的细胞周期蛋白依赖性
Wnt信号通路的相关基因介绍－PTCH1基因
这个基因编码一个补丁基因家族的成员。编码蛋白是声波刺猬（一种与胚胎结构形成和肿瘤发生有关的分泌分子）以及沙漠刺猬和印度刺猬蛋白的受体。这个基因作为肿瘤抑制因子发挥作用。这种基因的突变与基底细胞痣综合征、食管鳞状细胞癌、毛细胞瘤、膀胱移行细胞癌以及无脑畸形有关。选择性剪接导致编码不同亚型的多个转录变体
hog信号通路的相关基因介绍CDC７３基因
该基因编码一种参与转录和转录后控制途径的肿瘤抑制因子。该蛋白是paf蛋白复合物的一个组成部分，它与rna聚合酶ii亚单位polr2a和组蛋白甲基转移酶复合物相关。这种蛋白质似乎有助于3’mrna处理因子与主动转录的染色质的关联。该基因突变与甲状旁腺功能亢进症、颌骨肿瘤综合征、家族性孤立性甲状旁腺功能
Wnt信号通路的相关基因介绍－CDC73基因
该基因编码一种参与转录和转录后控制途径的肿瘤抑制因子。该蛋白是paf蛋白复合物的一个组成部分，它与rna聚合酶ii亚单位polr2a和组蛋白甲基转移酶复合物相关。这种蛋白质似乎有助于3’mrna处理因子与主动转录的染色质的关联。该基因突变与甲状旁腺功能亢进症、颌骨肿瘤综合征、家族性孤立性甲状旁腺功能
Hedgehog信号通路的相关基因介绍PTCH1基因
这个基因编码一个补丁基因家族的成员。编码蛋白是声波刺猬（一种与胚胎结构形成和肿瘤发生有关的分泌分子）以及沙漠刺猬和印度刺猬蛋白的受体。这个基因作为肿瘤抑制因子发挥作用。这种基因的突变与基底细胞痣综合征、食管鳞状细胞癌、毛细胞瘤、膀胱移行细胞癌以及无脑畸形有关。选择性剪接导致编码不同亚型的多个转录变体
hog信号通路的相关基因介绍GNA11基因
GNA11基因所编码的蛋白属于鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白）的家族，它在不同的跨膜信号系统中作为调节器或传感器。这个基因突变与II型高钙血症型和常染色体显性低血钙症。GNA11与GNAQ形成的复合物为G蛋白α亚基，这两个基因调控细胞分裂，增强MEK（有丝分裂原活化蛋白激酶的激酶）蛋白活性，在80%的
Wnt信号通路的相关基因介绍PAX5基因
该基因编码转录因子成对盒（PAX）家族的一个成员。这个基因家族的核心特征是一个新颖的，高度保守的DNA结合基序，即成对盒。成对盒转录因子是早期发育的重要调节因子，其基因表达的改变被认为有助于肿瘤的转化。该基因编码B细胞系特异性激活蛋白，在B细胞分化的早期而非晚期表达。它在中枢神经系统和睾丸的发育中也
Wnt信号通路的相关基因介绍RAC1基因
该基因编码的蛋白是一种GTP酶，属于小GTP结合蛋白的ras超家族。这个超家族的成员似乎调节着各种各样的细胞事件，包括控制细胞生长、细胞骨架重组和蛋白激酶的激活。两个编码不同亚型的转录变体已经被发现。