RulesofsiRNAdesignforRNAinterference(RNAi)
General GuidelinessiRNA targeted sequence is usually 21 nt in length.Avoid regions within 50-100 bp of the start codon and the termination codonAvoid intron regionsAvoid stretches of 4 or more bases such as AAAA, CCCCAvoid regions with GC content <30% or > 60%.Avoid repeats and low complex sequenceAvoid single nucleotide polymorphism (SNP) sitesPerform BLAST homology search to avoid off-target effects on other ......阅读全文
RNA干扰（转录后基因沉默）实验
RNA干扰（RNA interference, RNAi）是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA（double-stranded RNA，dsRNA）诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。目前主要用于（1）特异性剔除或关闭特定基因的表达 （2）探索基因功能和传染性疾病及恶性肿瘤的治疗 （3）使
RNAi技术的应用
5 RNAi技术的应用5.1 功能基因组和遗传学应用随着各种模式生物和人类基因组测序的完成，基因功能的研究远远落后于大量序列所提供的信息，研究和发现基因功能成为越来越紧迫的任务。长期以来，破坏基因结构或抑制基因表达是研究基因功能的重要方法，如常用的基因敲除技术( gene knock out) 。基
Design－Weighing－Processes－with－Quality－in－Mind
June 15, 2016 - Greifensee, SwitzerlandWith QbD-Quality by Design-weighing processes help ensure excellent consistency in final productsBy Tobias Woel
MethPrimer－－Design－Primers－for－Methylation－PCRs
Welcome to MethPrimer MethPrimer is a program for designing bisulfite-conversion-based Methylation PCR Primer. Currently, it can design primers for tw
PCR－PRIMER－DESIGN－AND－REACTION－OPTIMISATION
ContentsFactors Affecting the PCR Nested Primer PCRPrimer LengthDegenerate PrimersElongation Temperature and TimeReaction BufferCycle NumberDenaturin
RNAi——双链RNA引起的基因敲除（1）
1995年，康奈尔大学的Su Guo博士用反义RNA阻断线虫基因表达的试验中发现，反义和正义RNA都阻断了基因的表达，他们对这个结果百思不得其解。直到1998年， Andrew Fire的研究证明，在正义RNA也阻断了基因表达的试验中，真正起作用的是双链RNA[1]。这些双链RNA是体外
JVI：昆虫利用siRNA而非miRNA抵御病毒侵染
棉铃虫（Helicoverpa armigera），是夜蛾科昆虫的一种，寄主植物有20多科200余种，其中大部分为重要栽培作物，是棉花的主要害虫之一。棉铃虫单核衣壳核多角体病毒（HaSNPV）是一种杆状病毒,能专一性地感染棉铃虫，作为生物杀虫剂已得到广泛应用。 近日澳大利亚昆士兰大学的研究
siRNA表达框架制备siRNA的方法介绍
siRNA表达框架（siRNA expression cassettes，SECs）是一种由PCR得到的siRNA表达模版，包括一个RNA pol Ⅲ启动子，一段发夹结构siRNA，一个RNA pol Ⅲ终止位点，能够直接导入细胞进行表达而无需事前克隆到载体中。和siRNA表达载体不同的是，SECs
果蝇Dicer2结合双链RNA加工生成siRNA的分子机制
RNA干扰（RNAi）是许多真核生物中一种保守的RNA沉默机制， 小干扰RNA是RNA干扰的关键组成部分。在小RNA的加工过程中，Dicer家族蛋白起到了重要的作用，它们发挥作用的过程中常需要双链结合蛋白（dsRBP）作为辅因子来帮助它们发挥功能。在果蝇中，siRNA的产生是由ATP依赖型的Dice
《癌症基因治疗》－李明远小组－siRNA基因治疗新方法
来自四川大学华西医学中心微生物学教研室，成都生物制品研究所（Institute of Chengdu Biological Products）的研究人员通过构建质粒pAd-hTR证明了hTR siRNA在HeLa细胞系中有效和特异的端粒酶的敲除，从而指出了这种siRNA表达重组腺病毒系统在癌症基因治
RNAi技术
DNA芯片检测siRNA专一性 长片断的双链RNA (dsRNA) 导入例如植物，真菌，果蝇，线虫等生物的细胞中会引发同源mRNA的降解——这就是所谓的RNA interference (RNAi)。RNAi分两个步骤，首先是长片断双链dsRNAs被核酶Dicer切割成21—25个碱基的sm
昆虫利用siRNA而非miRNA抵御病毒侵染
棉铃虫（Helicoverpa armigera），是夜蛾科昆虫的一种，寄主植物有20多科200余种，其中大部分为重要栽培作物，是棉花的主要害虫之一。棉铃虫单核衣壳核多角体病毒（HaSNPV）是一种杆状病毒,能专一性地感染棉铃虫，作为生物杀虫剂已得到广泛应用。近日澳大利亚昆士兰大学的研究人员对棉铃虫
RNAi表达载体构建
近年来的研究表明,一些短片断的双链RNA可以通过促使特定基因的mRNA降解来高效、特异的阻断体内特定基因表达,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型, 称为RNA干扰（RNA interference,RNAi）.siRNA（small interfering RNAs）就是这种短片断双链RNA分子,能够
RNAi的机理与应用（二）
首先，外源的或体内产生的长双链 RNA(long double stranded RNA, dsRNA) 首先被 Dicer 酶降解为长 21 ～ 23bp （碱基对）长度的小分子双链 RNA （称为小干扰核酸， small interfering RNA, siRNA), 这是一个依赖 A
RNAi实验原理与方法
实验概要进行RNAi实验实验原理通过生化和遗传学研究表明，RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(inititation and effector steps)。在起始阶段，加入的小分子RNA被切割为21-23核苷酸长的小分子干扰RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs
RNAi：制备siRNAs的方法
越来越多的研究人员开始采用小分子干扰RNA（small interfering RNAs，siRNAs)来抑制特定的哺乳动物基因表达。siRNA是一种短片断双链RNA分子，能够以同源互补序列的mRNA为靶目标降解特定的mRNA，这个过程就是RNA干扰途径（RNA interference p
siRNA表达载体制备siRNA的方法介绍
多数的siRNA表达载体依赖三种RNA聚合酶Ⅲ启动子（pol Ⅲ）中的一种，操纵一段小的发夹RNA（short hairpin RNA，shRNA）在哺乳动物细胞中的表达。这三类启动子包括大家熟悉的人源和鼠源的U6启动子和人H1启动子。之所以采用RNA pol Ⅲ启动子是由于它可以在哺乳动物细胞中表
RNAi制备小分子干扰RNA（small－interfering－RNAs，siRNAs)的方法2
越来越多的研究人员开始采用小分子干扰RNA（small interfering RNAs，siRNAs)来抑制特定的哺乳动物基因表达。siRNA是一种短片断双链RNA分子，能够以同源互补序列的mRNA为靶目标降解特定的 mRNA，这个过程就是RNA干扰途径（RNA interference
HPLC－System－features－stackable,－modular－design
Product News Network, March 25, 2005 Finnigan™ Surveyor Plus provides PDA detection for high-throughput sample processing environments. It feature
引物设计（Primer－Design）的原则
首先引物要跟模板紧密结合，其次引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在，再次引物不能在别的非目的位点引起DNA聚合反应（即错配）。围绕这几条基本原则，设计引物需要考虑诸多因素，如引物长度（primer length）、产物长度（product length）、序列Tm值（melting t
哺乳动物细胞中进行RNA干扰:设计，实验和分析siRNA效应
转录后基因沉默，也称为RNA干扰，是指双链RNA分子阻断或者降低同源基因的表达的现象。这种现象可能是作为一种抑制病毒感染和转座子跳跃的细胞防御机制(Ketting et. al., 1999; Tabara et. al., 1999; Jensenet. al., 1999; Ratcliff
Lipofectamine™2000转染Stealth™－RNA或者siRNA进入哺乳动物细胞
前言Lipofectamine™ 2000试剂是一项ZL配方，用于高效转染Stealth™ RNA或者短的干扰RNA（siRNA）到哺乳动物细胞，以进行RNAi分析（1，2）。该说明书提供了一般的指导以及使用Lipofectamine™ 2000转染Stealth™ RNA或者siRNAj进入哺乳动
siRNA制备方法
体外制备1.化学合成许多国外公司都可以根据用户要求提供高质量的化学合成siRNA。主要的缺点包括价格高，定制周期长，特别是有特殊需求的。由于价格比其他方法高，为一个基因合成3―4对siRNAs 的成本就更高了，比较常见的做法是用其他方法筛选出最有效的序列再进行化学合成。最适用于：已经找到最有效的si
siRNA－转染程序
A．siRNA转染的方法 哺乳动物转染的常见方法有：磷酸钙共沉淀、电穿孔法、DEAE-葡聚糖和polybrene、机械法（例如,显微注射和基因枪）、阳离子脂质体试剂，其中阳离子脂质体试剂转染法是目前最常用的转染方法。应用脂质体型转染试剂进行转染需要注重的几个方面：1. 转染试剂的用
siRNA表达框架
siRNA表达框架(siRNA expression cassettes，SECs)是一种由PCR得到的siRNA表达模版，能够直接导入细胞进行表达而无需事前克隆到载体中。这个方法最早是由Castanotto和其同事采用，包括一个RNA polⅢ启动子，一段发夹结构siRNA，一个RNA pol I
siRNA对照解析
A．普通阴性对照 1.siRNA实验应该有阴性对照；2.通用阴性对照为与目的基因的序列无同源性的普通阴性对照；3．Scrambled阴性对照和选中的siRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性；4．阴性对照需要确定和目的靶细胞中其它基因同源性很低。 B．荧光标记阴性对照 1. R
siRNA的转染
将制备好的siRNA，siRNA表达载体或表达框架转导至真核细胞中的方法主要有以下几种： 1.磷酸钙共沉淀将氯化钙，RNA(或DNA)和磷酸缓冲液混合，沉淀形成包含DNA且极小的不溶的磷酸钙颗粒。磷酸钙-DNA复合物粘附到细胞膜并通过胞饮进入目的细胞的细胞质。沉淀物的大小和质量对于磷酸钙转染的成功至
siRNA的转染
将制备好的siRNA，siRNA表达载体或表达框架转导至真核细胞中的方法主要有以下几种： 1.磷酸钙共沉淀 将氯化钙，RNA(或DNA )和磷酸缓冲液混合，沉淀形成包含DNA 且极小的不溶的磷酸钙颗粒。磷酸钙-DNA 复合物粘附到细胞膜并通过胞饮进入目的细胞的细胞质。沉淀物的大小和质量对于磷酸钙转
siRNA表达载体
多数的siRNA表达载体依赖RNA聚合酶III 启动子(pol III)中的一种，操纵一段45—50nt的发夹结构RNA（small hairpin RNA, shRNA）在哺乳动物细胞中的表达,shRNA在细胞内会自动被加工成为siRNA，从而引发基因沉默或者表达抑制。这一类启动子包括大家熟悉的人
RNA干扰实验技术
实验概要本文介绍了RNA干扰的原理及基本实验方法，包括了siRNA的设计、siRNA的制备和siRNA的转染等方法，及RNA干扰实验中的注意事项。实验原理近年来的研究表明，将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞，可以使mRNA发生特异性的降解，导致其相应的基因