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解析细胞命运决定过程的转录动态是发育生物学的核心问题之一，对了解发育基本规律以及干细胞分化的转化起到关键性的作用。近年来，随着单细胞基因组学的兴起，解决了细胞种类的多样性和发育过程的不确定性带来的难题，使得理解胚胎发育细胞谱系变成可能，为研究细胞命运决定提供了技术基础。 近期，昆明理工大学陈凯教授牵头的国际合作团队在国际最著名期刊Nature杂志上，发表了题为“Comprehensive Single-cell Transcriptome Lineages of a Proto-vertebrate”（脊索动物的全面单细胞转录细胞谱系）的研究论文。研究团队以脊椎动物进化关系很近的玻璃海鞘（C. intestinalis）为模型，绘制了首个涵盖从三胚层分化到孵化全过程的脊索动物胚胎发育单细胞转录图谱，并成功构建了包括神经系统在内全部组织类型的细胞分化谱系。在此基础上，研究团队能够有效地探索细胞命运决定过程中的基因调控网络，并......阅读全文
单细胞转录组测序是这两年来非常流行的高通量组学研究工具，然而，是不是所有的研究都适合用该方法？是不是所有的问题都可以通过该方法来解释？这是一个值得探讨的问题。从现有的研究报道来说，单细胞转录组学研究很好地解决了细胞图谱，发育过程等重要的生物学问题。但是在相对比较传统的研究方向，是否也能利用单细胞转录
近年来，高通量单细胞转录组测序已广泛应用于动物细胞研究，但只在少数植物物种和组织的研究中存在报道。其主要原因是因为植物细胞比动物多了一层细胞壁，使得植物单细胞RNA-seq必须先消化细胞壁并制备原生质体。而原生质体的制备对于许多组织都非常困难，且制备过程会影响细胞的转录状态而引入不必要的干扰。因
近年来，高通量单细胞转录组测序已广泛应用于动物细胞研究，但只在少数植物物种和组织的研究中存在报道。其主要原因是因为植物细胞比动物多了一层细胞壁，使得植物单细胞RNA-seq必须先消化细胞壁并制备原生质体。而原生质体的制备对于许多组织都非常困难，且制备过程会影响细胞的转录状态而引入不必要的干扰。因
随着精准医学和个性化医疗从概念走向实践，从梦想走进现实，基因组学研究和基因检测技术也在不断走向高精尖，单细胞测序无疑已经成为基因组学前沿研究领域的“新宠”。 在第二十届全国临床肿瘤大会暨2017年CSCO学术年会上，BD作为全球二代测序配套设备和耗材的优质生产商，携其全新的“分子标签”核心技术
编者按：空间转录组学技术是转录组学研究领域的新方向，也是研究细胞异质性方面的新方法。该技术通过整合与优化单细胞测序和激光显微切割技术， 获得少量细胞转录组信息的同时可以保留细胞原有位置信息。为此， 生物谷专访了该技术的主要开发者－中国科学院上海生化细胞所彭广敦副研究员 生物谷：彭教授您好，非常
T细胞耗竭(T cell exhaustian)是广泛存在于慢性感染和癌症环境中的一种现象。在慢性系统性炎症疾病中，耗竭性T细胞(Tex cells)是控制抗原的主要参与者之一，其高表达免疫抑制分子诸如PD-1, Tim-3 和Lag-3。治疗药物如Anti-PD-1 blockade Nivo
单细胞转录组测序技术在单个细胞水平上对转录组进行高通量测序分析，从而揭示单个细胞内所有基因的表达和细胞间的异质性。单细胞转录组测序目前存在的挑战是如何高效地操控单个细胞，如何对大量的低拷贝数mRNA进行无偏倚扩增，如何避免背景游离mRNA的污染，以及如何同时对大量的单细胞进行并行测序以降低成本。
北京大学第三医院的汤富酬研究员等采用先进的单细胞RNA测序技术，绘制出人类植入前胚胎和胚胎干细胞的转录组图谱，有望在干细胞领域改善人类辅助生殖技术，以及预测潜在遗传病产生的健康影响。研究成果发表在8月11日《自然结构与分子生物学》(Nature Structural & Molecu
现代系统生物学有两种革新技术：基因组学和单细胞生物学，前者具备同时监测生物体中所有基因和蛋白质的能力，后者则可以在自然微环境中跟踪单细胞的一些特定基因。 两种技术都很强大，但具有互补的局限性：基因组学平均了一个细胞群的异质性和空间复杂性，而单细胞技术一次只能探测几个基因。因此，将基因组学与单细
单细胞测序被评为2013年年度技术 2014 年首刊，《Nature Methods》杂志将2013年度技术(Method of the Year 2013)授予了单细胞测序(single-cell sequencing)。同时，杂志还介绍了2014年值得关注的技术，包括
近年来，依靠表观遗传组学、转录组学、细胞谱系示踪和高通量mRNA分子原位分析等技术在单细胞分辨率上的突破，研究人员对脊椎动物器官发育与维持过程中细胞与分子机制的解析取得了一系列重大进展【1-3】。目前，运用各种先进的单细胞分析技术，研究人员可以从细胞图谱绘制(cell atlas profili
近年来，深度学习等人工智能技术在图像识别，自然语言处理等领域取得了令人瞩目的成就。人工智能技术应用于生命科学，对生物信息多个领域产生了重大的影响。深度学习算法借助于生命科学大数据的飞速发展，从海量大数据中自动高效地提取特征进行学习，极大超越了依赖人工提取特征的传统人工智能算法，在医疗图像处理、结
单细胞三重组学测序技术（scTrio-seq）单细胞中三种组学之间的对应关系癌症中两个细胞亚群的DNA拷贝数差异 2016年2月23日，《细胞研究》（Cell Research）杂志在线发表了北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组、黄岩谊研究组和首都医科大学附属北京世纪坛医院暨北京大
来自北京大学生命科学学院等处的研究人员发表了题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的文章，开发出了一种新型微流控单细胞全转录测序新方法，这种方法有效地消除转录组高度动态特性所带来的测量差异，提高单细胞全转录组分析的准
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空
来自北京大学生命科学学院等处的研究人员发表了题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的文章，开发出了一种新型微流控单细胞全转录测序新方法，这种方法有效地消除转录组高度动态特性所带来的测量差异，提高单细胞全转录组分析的准
在雌性哺乳动物胚胎形成过程中，两条X染色体的其中一条失活，完成剂量补偿效应。对于小鼠而言，X染色体失活（XCI）主要分为两个阶段，第一阶段父源X染色体（Xp）启动印记失活，此失活状态在滋养外胚层细胞（TE）及原始内胚层细胞（PrE）中得以维持，但在囊胚内细胞团（ICM）的外胚层细胞中，Xp会出现
人类胚胎发育是一个极其复杂的过程，从一个单细胞的受精卵开始，首先经过着床前胚胎发育产生胚内和胚外组织，再到着床后原肠胚阶段三个胚层的特化，进而到器官发生、分化、成熟，及至新生命的诞生。整个两百八十天的胚胎发育过程从一个单细胞受精卵增殖发育形成含有上万亿个细胞的婴儿，期间基因表达受到严密、精准的调
引言 今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和Tapio Lönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具 ---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步
引言：今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和TapioLönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步揭示在不同
【51/52】2019年4月4日，清华大学柴继杰课题组、中科院遗传发育所周俭民课题组和清华大学王宏伟课题联合同期背靠背发表两篇重量级Science文章，完成了植物NLR蛋白复合物的组装、结构和功能分析，揭示了NLR作用的关键分子机制，是植物免疫研究的里程碑事件。两篇文章分别是： "Li
近日，中国科学院深圳先进技术研究院医工所微纳系统与仿生医学研究中心研究员陈艳和南加州大学教授钟江帆合作，在针对稀有细胞样本的单细胞测序技术方面取得新进展。相关研究成果以Improving single-cell transcriptome sequencing efficiency with a
近日，中国科学院深圳先进技术研究院医工所微纳系统与仿生医学研究中心研究员陈艳和南加州大学教授钟江帆合作，在针对稀有细胞样本的单细胞测序技术方面取得新进展。相关研究成果以Improving single-cell tranome sequencing efficiency with a microfl
人类胚胎发育从受精卵开始，经过着床前胚胎发育（胚内和胚外组织的产生），原肠胚产生（三胚层的特化）和器官发生等阶段，最终新生儿出生。人类胚胎发育从单个细胞到上万亿个细胞，历时二百八十天，整个过程的基因表达受到多种因素的精细调控，其中很多机制尚未明确。 为了解析人类胚胎发育各个阶段的基因表达调控网
近日，中国科学院深圳先进技术研究院医工所微纳系统与仿生医学研究中心研究员陈艳和南加州大学教授钟江帆合作，在针对稀有细胞样本的单细胞测序技术方面取得新进展。相关研究成果以Improving single-cell transcriptome sequencing efficiency with a
将细胞培养板上的细胞放在显微镜下观察。表面上，它们都一样。实际上，它们一点都不相同。无论是DNA或RNA的水平，还是蛋白质或代谢物的水平，这些细胞相差甚远，而这些差异可能对细胞行为产生深远的影响。 多年来，研究人员一直缺乏工具，来高效拷问这些差异，不过今非昔比。有了新一代DNA测序仪和质谱仪，
【50】2019年4月12日，中科院上海药物所徐华强，王明伟，浙江大学张岩及匹兹堡大学医学院Jean-Pierre Vilardaga共同通讯在Science发表题为“Structure and dynamics of the active human parathyroid hormone r
基因表达图 近日，北京大学研究团队采用先进的单细胞 RNA-Seq 转录组测序技术绘制出了完整的人类植入前胚胎和胚胎干细胞的转录组图谱，这一重要的研究成果发表在9月的《自然结构与分子生物学》(Nature Structural & Molecular Biology)杂志上。
德国马克斯•普朗克生物化学研究所Matthias Mann团队近日发表的最新文章显示其团队在单细胞蛋白质组学领域取得重大突破，实现了在真实的单细胞水平的定量蛋白质组学分析，单细胞蛋白质组学可帮助解决细胞生物学和单细胞病理生物学中的重要问题。蛋白组学和RNA在单细胞水平测定显示出很大差异，这意味着
2014年2月，由美国FLUDIGM公司生产的C1™ 单细胞全自动制备系统和BioMark™ HD基因分析系统正式在清华大学基因组与合成生物学平台启用。 C1™ 单细胞全自动制备系统基于Fluidigm创新的微流体技术，能够让研究者们快速可靠地分离单个细胞并进行基因组分析。前所未有