新方法破解高杂合物种单倍型基因组组装难题

近日,南京农业大学梨工程技术研究中心教授张绍铃团队在《基因组研究》在线发表最新研究成果。该研究将单花粉原生质体分离的新方法与单细胞DNA扩增技术相结合,并采用“条形码”生物信息学策略整合了12个花粉细胞的单倍体特征序列数据,从而开发出一种高杂合物种单倍型基因组组装的新方法。 论文通讯作者张绍铃介绍,目前基因组组装大多采用二倍体或者多倍体材料直接进行混合测序并组装。对于一些杂合度和重复序列比重较低的物种而言,单倍型基因组组装的难度并不是很凸显。但对于一些常年自交不亲和、远缘杂交的物种而言,单倍型基因组的组装存在一定的难度。这非常不利于后续开展这些物种的重测序、进化、基因功能等方面的研究。 张绍铃团队于2012年成功组装了世界第一个梨基因组。本研究在梨基因组测序的基础上,利用12个花粉单细胞对所构建的3.8万条人工染色体(BAC)进行单倍型分型,并成功组装了两套单倍型基因组,该方法被命名为Bar-coding。 论文共同第......阅读全文

转基因技术的转基因标识方法

我国对转基因产品实行按目录定性强制标识制度。2002年,农业部发布了《农业转基因生物标识管理办法》,制定了首批标识目录,对在中华人民共和国境内销售的大豆、油菜、玉米、棉花、番茄5类17种转基因产品进行强制定性标识,其它转基因农产品可自愿标识。 目前,包括中国在内,全世界有70%的人口居住在已经批准种

华大基因:挖掘基因测序的“超级金矿”

  日前公布的2012年度深圳市科学技术奖拟奖名单上,奖金高达100万元的“市长奖”拟颁给一个37岁的年轻人;去年底,英国《自然》杂志评选出2012年科学界年度十大人物,他又是唯一入选的中国人。这个年轻人,就是华大基因研究院院长王俊。   他所在的深圳华大基因,没有享受到任何财政拨款,却坐上了《自

正相关基因POLE基因的临床解释

该基因编码DNA聚合酶epsilon的催化亚单位。这种酶参与DNA修复和染色体DNA复制。该基因突变与结直肠癌12和面部畸形、免疫缺陷、利维多和身材矮小有关。

具有遗传风险的基因介绍SDHA基因

这个基因编码琥珀酸泛醌氧化还原酶的一个主要催化亚单位,一个线粒体呼吸链的复合物。该复合物由四个核编码亚单位组成,位于线粒体内膜。这种基因突变与一种线粒体呼吸链缺乏症(leigh综合征)有关。在染色体3q29上发现了一个假基因。另外,已经发现该基因编码不同亚型的剪接转录变体。

具有遗传风险的基因介绍ATM基因

ATM基因编码的蛋白属于PI3/PI4激酶家族,这种蛋白是一种重要的细胞周期检查点激酶,通过磷酸化调控下游一系列重要蛋白,包括抑癌蛋白p53和BRCA1、检查点激酶CHK2、检查点蛋白RAD17和RAD9以及DNA修复蛋白NBS1。ATM和与其密切相关的蛋白ATR被认为是在细胞周期调控以及DNA损伤

正相关基因Fanca基因的临床解释

Fanconi贫血互补组(FANC)目前包括Fanca、Fancb、Fancc、Fancd1(也称为brca2)、Fancd2、Fance、Fancf、Fancg、Fanci、Fancj(也称为brip1)、Fancl、Fancm和Fancn(也称为palb2)。先前定义的组fanch与fanca相

具有遗传风险的基因介绍WRN基因

该基因编码dna螺旋酶蛋白recq亚家族的一个成员。编码的核蛋白在维持基因组稳定性中起着重要作用,在dna修复、复制、转录和端粒维持中发挥着重要作用。该蛋白在其中心区域包含一个n端3'到5'的外切酶域、一个atp依赖的螺旋酶域和rqc(recq螺旋酶保守区)域,以及一个c端hrdc(

具有遗传风险的基因介绍VHL基因

VHL基因的突变会导致林岛综合征(Von Hippel—Lindau Syndrome,VHL),即VHL综合征,也VHL基因名字的来源。VHL综合征是常染色体显性遗传性肿瘤疾病,一般包括肾囊肿、肾细胞癌、胰腺囊肿、胰腺癌、嗜铬细胞瘤、视网膜血管瘤、上皮性囊腺瘤和大脑脊髓的血管瘤病。发病机制为VHL

关于基因重组的基因诊断的介绍

  通过使用基因芯片分析人类基因组,可找出致病的遗传基因。癌症、糖尿病等,都是遗传基因缺陷引起的疾病。医学和生物学研究人员将能在数秒钟内鉴定出最终会导致癌症等的突变基因。借助一小滴测试液,医生们能预测药物对病人的功效,可诊断出药物在治疗过程中的不良反应,还能当场鉴别出病人受到了何种细菌、病毒或其他微

具有遗传风险的基因介绍HFE-基因

该基因编码的蛋白是一种膜蛋白,与mhcⅠ类蛋白相似,与beta2微球蛋白(beta2m)相关。认为该蛋白通过调节转铁蛋白受体与转铁蛋白的相互作用来调节铁的吸收。铁储存障碍,遗传性血色素沉着症,是一种隐性遗传疾病,是由该基因缺陷引起的。至少有9个选择性剪接的变异已经被描述为这个基因。已发现其他变体,但

辨析标记基因和报告基因教程

一、标记基因和报告基因的概念 标记基因(marker gene),是一种已知功能或已知序列的基因,能够起着特异性标记的作用。标记基因是选择标记基因的简称,是指其编码产物能够使转化的细胞、组织具有对抗生素等的抗性,或者使转化细胞、组织具有代谢的优越性。在培养基中加入抗生素等选择试剂的条件下,非转化的细

bcr/abl融合基因的基因检测方法

Southern Blot即DNA印迹,可以对bcr-abl融合基因DNA重排进行分子生物学检测。将经限制性内切酶酶切及琼脂糖电泳分离的DNA片段转移到固相杂交膜上,胚系DNA会产生特征性片段,但发生过基因重排的细胞DNA因酶切位点有所改变会产生有别于胚系的DNA酶切片段。大多数bcr基因的断裂点集

具有遗传风险的基因介绍MITF基因

该基因编码一个转录因子,包含碱性螺旋环螺旋和亮氨酸拉链结构特征。调节黑素细胞视网膜色素上皮的分化和发育,并负责黑素生成酶基因的色素细胞特异性转录。该基因的杂合子突变引起听觉色素综合征,如Waardenburg综合征2型和Tietz综合征。另外,还发现了编码不同亚型的剪接转录变体。

具有遗传风险的基因介绍NBN基因

该基因突变与nijmegen破碎综合征(一种以小头畸形、生长迟缓、免疫缺陷和癌症易感性为特征的常染色体隐性染色体不稳定综合征)有关。编码蛋白是由5种蛋白质组成的MRE11/RAD50双链断裂修复复合物的成员。这种基因产物被认为与DNA双链断裂修复和DNA损伤诱导的检查点激活有关。

进口转基因大豆将带来“基因污染”

  今年头两个月,黑龙江省大豆进口量激增,达到26.9万吨,同比增长6563.5%。而黑龙江省的大豆出口呈相反态势,今年头两个月仅出口1879吨,同比下降92.2%。   “一旦进口的转基因大豆占领黑龙江市场,危及的将不仅是当地世代以大豆种植为生的农户的利益和生存,黑龙江大豆的原产种源、环境也将遭

具有遗传风险的基因介绍SDHB基因

呼吸链的复合物II,特别参与琥珀酸的氧化,携带电子从FADH到COQ。复合物由四个核编码亚单位组成,并定位于线粒体内膜。铁硫亚单位高度保守,包含三个富含半胱氨酸的簇,这些簇可能包含酶的铁硫中心。该基因的零星和家族性突变导致副神经节瘤和嗜铬细胞瘤,并支持线粒体功能障碍和肿瘤发生之间的联系。

基因突变和基因重组的区别

基因重组是指控制不同性状的基因重新组合。能产生大量的变异类型,但只产生新的基因型,不产生新的基因。基因重组发生在有性生殖的减数第一次分裂过程中,即四分体时期,同源染色体的非姐妹染色单体交叉互换和减数第一次分裂后期非等位基因随着非同源染色体的自由组合而自由组合,基因重组是杂交育种的理论基础。基因突变是

具有遗传风险的基因介绍MET基因

MET基因编码的蛋白为肝细胞生长因子受体HGFR,具有酪氨酸激酶活性,与多种癌基因产物和调节蛋白相关,参与细胞信息传导、细胞骨架重排的调控,是细胞增殖、分化和运动的重要因素。目前认为,c-met与多种癌的发生和转移密切相关,研究表明,许多肿瘤病人在其肿瘤的发生和转移过程中均有c-met过度表达和基因

具有遗传风险的基因介绍BLM基因

bloom综合征基因产物与含有dna解旋酶的desh盒recq亚群有关,具有dna刺激的atp酶和atp依赖的dna解旋酶活性。引起布鲁姆综合征的突变会删除或改变螺旋酶基序,并可能使3'-5'螺旋酶活性丧失。正常蛋白可能起到抑制不适当重组的作用。

具有遗传风险的基因介绍CFTR基因

该基因编码atp结合盒(abc)转运蛋白超家族的一个成员。编码的蛋白质作为氯离子通道发挥作用,使其在该蛋白家族成员中独一无二,并控制上皮组织中离子和水的分泌和吸收。通道激活由调节域磷酸化、核苷酸结合域结合atp和atp水解的周期介导。这种基因的突变导致囊性纤维化,这是北欧后裔中最常见的致死性遗传疾病

基因敲除真把整个基因敲掉吗?

一般我们把基因分成两类:编码蛋白的基因不编码蛋白的基因这两类基因的敲除方式有着很大的区别编码蛋白的基因这些基因的功能主要是通过编码区中的三联体密码所编码的蛋白来实现的。基因敲除的最终目的是让这个基因的蛋白产物不能发挥功能,或者蛋白不能表达。整个编码区统统删掉所有的密码都没了,当然就不能翻译出蛋白啦!

融合基因跟基因突变的区别

这应该是肿瘤患者用药过程中才会出现的问题 融合基因比例升高就意味着耐药性的产生 比如说ALK ROS 等基因的融合 专业角度来说的话基因融合和基因突变实际上是两个平行关系 属于基因变异的两者类型

基因治疗按基因操作分类介绍

  一类为基因修正(gene correction)和基因置换(gene replacement),即将缺陷基因的异常序列进行矫正,对缺陷基因精确地原位修复,不涉及基因组的其他任何改变。通过同源重组(homologous recombination)即基因打靶(gene targetting)技术将

基因的连锁交换和基因定位(表)

一、实验目的 观察玉米籽粒性状间的连锁遗传现象;理解连锁和交换的原理;掌握测定基因间交换值和基因定位的方法。 二、实验原理 位于同一染色体上的两非等位基因(如AB或ab),总是有联系在一起分配到同一配子中去的倾向。若两非等位基因完全连锁,杂合体(AB//ab)只产生2种亲本

基因工程中标记基因的作用

标记基因,原本是基因工程的专属名词,但是现在它已经成为一种基本的实验工具,那么标记基因的作用有哪些呢?和报告基因的差别又是什么?据基因学资料显示,标记基因是一种已知功能或已知序列的基因,能够起着特异性标记的作用。在基因工程意义上来说,它是重组DNA载体的重要标记,通常用来检验转化成功与否;在基因定位

具有遗传风险的基因介绍FH基因

该基因编码的蛋白质是三羧酸循环(tca)或krebs循环的酶组分,催化富马酸盐生成L-苹果酸。它以胞质形式和n-末端延伸形式存在,仅在所使用的翻译起始位点不同。n-末端延伸形式的靶向是线粒体,在线粒体中,延伸的移除产生与细胞质中相同的形式。它类似于一些耐高温的Ⅱ类延胡索酸酶,具有四聚体的功能。该基因

具有遗传风险的基因介绍PTEN基因

PTEN基因编码的蛋白具有蛋白磷酸酶和脂质磷酸酶活性,是第一个具有磷酸酶活性的抑癌基因,也是是继p53和Rb基因之后,与肿瘤发生密切相关的一种抑癌基因,其主要机制因为PTEN是PI3K/Akt通路的主要负调控因子。PTEN的功能缺陷在人类多种肿瘤中广泛存在。

简述基因治疗的基因转移方法

  (1)特异正常基因的分离与克隆:应用重组DNA和分子克隆技术结合基因定位研究成果,已有不少基因并将会有更多人类基因被分离和克隆,这是基因治疗的前提,在当代分子生物技术条件下,一般来说,只要有基因探针和准确的基因定位,任何基因都可被克隆。除此,如今既可人工合成DNA探针,还可用DNA合成仪在体外人

操纵基因和调节基因的鉴别

野生型的操纵子以被调节的方式进行表达,调节系统若发生突变可能使表达停止或者在没有诱导物存在时仍然表达。前者称为不可诱导性(uninducible)突变;后者对调节没有反应能力,无论诱导物是否存在都进行表达,故称为组成型突变(constitutive mutants)。操纵子调节系统的成份通过突变已被