周正洪组:冷冻电镜研究蛋白组比传统方法强在哪?

自DNA重组技术和蛋白亲和纯化方法问世以来,研究人员利用蛋白异源表达纯化技术与X射线晶体衍射学方法解析了大量蛋白的高分辨结构,极大地丰富了我们对细胞中各种重要生命过程分子机制的认知【1】。然而这种方法需要大量高纯度蛋白样品,无法应用于异源系统表达量较低或或不易结晶的蛋白样品,比如大的蛋白复合物。另外,由于蛋白异源表达过程涉及蛋白序列的剪切、突变及添加标签,这种方法获得的重组蛋白结构可能无法准确反映细胞中内源蛋白的分子作用机理。 近年来冷冻电镜技术发展迅猛【2,3】。与传统方法相比,冷冻电镜单颗粒分析技术对蛋白样品的数量和纯度要求大大降低,且可获得蛋白不同构象结构【4-8】。周正洪组进一步发现冷冻电镜单颗粒技术可用于研究从细胞匀浆直接富集的内源蛋白样品,从同一样品中获得多个内源蛋白的近原子分辨率电镜结构。这种高通量的自下而上的结构蛋白组研究方法样品制备流程简单,可捕捉到蛋白在细胞内行使功能时的结构,但也产生了非常有趣且富有挑......阅读全文

冷冻电镜最大似然估计理论

 最大似然估计理论近年来在单颗粒分析中取得重大突破的应当是最大似然估计(maximum likelihood)理论。最大似然估计的理论可以贯彻整个单颗粒技术图像分析的过程,在图像匹配,2D、3D分类 和模型优化上均可以应用,是一个强有力的理论工具。最大似然估计的算法已经在RELION、FREALIG

冷冻蚀刻表面标记免疫电镜技术介绍

(1)新鲜或固定的细胞进行直接法或间接法免疫标记。(2)PBS(pH7.5)冲洗3min×2,加入1mmol/l MgCl2蒸馏水洗洗3min×3,离心沉集细胞。(3)将细胞团置于小纸板上,入液氮冷却的Freon中,取出入冷冻蚀刻仪中进行断裂操作,再于-100℃蚀刻1min 。(4)制做断裂面复型。

冷冻蚀刻电镜技术的优缺点介绍

优点①样品通过冷冻,可使其微细结构接近于活体状态;②样品经冷冻断裂蚀刻后,能够观察到不同劈裂面的微细结构,进而可研究细胞内的膜性结构及内含物结构;③冷冻蚀刻的样品,经铂、碳喷镀而制备的复型膜,具有很强的立体感且能耐受电子束轰击和长期保存。缺点冷冻也可造成样品的人为损伤;断裂面多产生在样品结构最脆弱的

冷冻电镜解析激动剂原理

冷冻电镜技术、特殊荧光特性。1、冷冻电镜技术可以直接凝固生物大分子的溶液,而无需使用油墨或薄片。因此,冷冻电镜需要非常强的辐射或标记来解析样品。2、激动剂是一种具有特殊荧光特性的化学物质,可以非常灵敏地捕获生物大分子的结构变化,例如蛋白质复合物的构象转变,以及药物与大分子的相互作用。

冷冻电镜电子晶体学

电子晶体学利用电子显微镜对生物大分子在一维、二维以致三维空间形成的高度有序重复排列的结构(晶体)成像或者收集衍射图样,进而解析这些生物大分子的结构,这种方法称为电子晶体学。其适合的样品分子量范围为10~500kD,最高分辨率约1.9Å。该方法与X射线晶体学的类似之处在于均需获得高度均一的生物大分子的

冷冻蚀刻电镜技术的操作方法

冷冻蚀刻的操作方法按以下步骤进行。1.预处理取新鲜组织块,大小为15~3~5mm,用25%戊二醛固定1~3小时。为防止冰晶形成,用30%甘油生理盐水浸泡8~12小时。2.冷冻断裂是在冷冻条件下使样品变得又硬又脆,用刀劈裂样品,暴露观察面。因为是用刀劈裂的样品,断裂往往发生在细胞被冻结后较脆弱的部

电镜制样--高压冷冻技术手册(一)

电镜制样 - 高压冷冻技术手册

冷冻电镜的成像方式和原理

成像方式电子束穿过样品时会携带有样品的信息,TEM的成像设备使用这些信息来成像。投射透镜将处于正确位置的电子波分布投射在观察系统上。观察到的图像强度,I,在假定成像设备质量很高的情况下,近似的与电子波函数的时间平均幅度成正比。若将从样品射出的电子波函数表示为Ψ,则不同的成像方法试图通过修改样品射出的

冷冻电镜电子晶体学

电子晶体学X-ray晶体学与生物电镜的结合形成电子晶体学,综合了三维密度图和傅立叶变换数学理论,这可追述到D.De Rosier和A.Klug对T4噬菌体尾部的螺旋结构的研究工作上[2]。通过获得已制好的结构规则的二维晶体的高分辨率电子密度图,我们可以解析出它的原子水平结构,螺旋对称样品或二十面体对

神器——冷冻电镜“乱入”材料圈?

  说起冷冻电镜,小编想不管是研究生还是教授大咖,可能和科研有那么一丁点联系的人对这个名字都不会陌生,因为它实在太出名了!基于冷冻电镜产出的科研成果很多都发表在Nature、Science、Cell等顶刊上(羡慕脸),堪称NSC神器。冷冻电镜技术的发展直接带动了生命科学领域,特别是结构生物学的飞速发

冷冻电镜解决膜蛋白的结构

冷冻电子显微镜技术已经发展成为一个成熟的方法,应用于各种复杂的生物分子体系的高分辨结构研究。按照目前的发展势头,解决生物分子结构组(structural proteome)的问题已经不是遥不可及的了。在解决单一静态结构的基础上,冷冻电镜也展示了其研究多构象体系的潜力。下面对冷冻电镜在结构生物学研究领

能用冷冻电镜来研究生物大分子的动态结构吗?

  冻电镜,是用于扫描电镜的超低温冷冻制样及传输技术(Cryo-SEM),可实现直接观察液体、半液体及对电子束敏感的样品,如生物、高分子材料等。目前的冷冻电镜单颗粒技术已经能较容易地将分子量大于300千道尔顿且生化性质稳定的蛋白质解析至近原子分辨率。  近期,清华大学王宏伟教授团队研发利用球差校正器

扫描电镜之前样品冷冻干燥多久

真空冷冻干燥2小时.

冷冻电镜是个啥,有多牛?

2017年诺贝尔化学奖颁给了发明冷冻电镜的三位学者。他们是: 哥伦比亚大学教授约阿基姆·弗兰克(Joachim Frank),苏格兰分子生物学家和生物物理学家理查德·亨德森(Richard Henderson)以及瑞士洛桑大学生物物理学荣誉教授雅克·迪波什(Jacques Dubochet)。冷冻电

冷冻电镜揭示DNA复制点火机制

  在Van Andel研究所结构生物学家的带领下,一个国际科学小组揭示了DNA复制的关键步骤,为许多疾病的驱动程序提供了新见解。  “以前的研究已经描述过聚集在DNA周围的酶如何为DNA复制做准备了,在这里,我们描述的是这些酶就位时,它们会对DNA做什么,”《PNAS》文章通讯作者、表观遗传学中心

冷冻电镜里程碑意义的成果

在最近几年,冷冻电镜技术有了革命性的进步,主要得益于三个方面的突破。首先是样品制备,通过利用薄膜碳层甚至石墨烯可以用更薄的冰层包裹分子样品来提高信噪比。第二个突破是电子的探测技术,也就是电子探测器的发明。在300 keV 电子的轰击下,传统的器件都会被高能量打坏,因此在电子探测器出现之前,冷冻电镜中

冷冻电镜可用来检测化合物

  冷冻电镜(Cryo-electron microscopy,Cryo-EM)能够对快速冷冻在接近天然状态的蛋白复合物进行结构分析。现在,冷冻电镜不仅可用于测定生物大分子的结构,还可用于分子量相对较小的蛋白复合物,包括膜蛋白。这种强大的技术可以弥补传统方法如X射线晶体学(XRD)和核磁共振(NMR

冷冻电镜单颗粒分析技术入门指南

  结构生物学的主要目标是,从机制上理解关键的生物学过程。研究这些过程中的大分子和复合体,确定它们的原子结构,可以得到最详细的基础信息。除此之外,获得药物靶标的原子结构也是药物开发的标准程序,人们可以在此基础上设计和优化治疗性的化合物。  不久以前,单颗粒冷冻电镜(cryo-EM)还不是大多数结构生

中国科研人员用冷冻电镜重构复杂疱疹病毒

  中国一个科研团队日前采用冷冻电镜技术,在原子层面上重构了一种结构和功能极其复杂的疱疹病毒核衣壳,为后续研究病毒核衣壳在神经细胞中的运输提供了“精细化”结构基础。  发表在最新一期美国《科学》杂志上的这一研究,阐释了可引起生殖器疱疹的“单纯疱疹病毒-2”核衣壳的早期组装机制。  疱疹病毒直径约为1

研究提出基于弱监督学习的冷冻电镜颗粒挑选新方法

生物大分子的结构与功能随着细胞生理状态的变化而不断进行动态调整。原位结构生物学是在接近自然生理状态下研究生物大分子结构和功能的科学。原位冷冻电镜技术(Cryo-ET)以高分辨率和在接近生理条件下观察样品的特点,成为原位结构生物学研究的关键手段。原位冷冻电镜的技术流程涉及样品制备、数据采集、电子断层重

研究提出基于弱监督学习的冷冻电镜颗粒挑选新方法

  生物大分子的结构与功能随着细胞生理状态的变化而不断进行动态调整。原位结构生物学是在接近自然生理状态下研究生物大分子结构和功能的科学。原位冷冻电镜技术(Cryo-ET)以高分辨率和在接近生理条件下观察样品的特点,成为原位结构生物学研究的关键手段。原位冷冻电镜的技术流程涉及样品制备、数据采集、电子断

蛋白组学的研究意义是什么

  蛋白质组学,是以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。这个概念最早是在1994年,由Marc Wikins首先提出的新名词。  随着人类基因组计划的实施和推进,生命科学研究已进入了后基因组时代。在这个时代,生命科学的主要研究对象是功能基因组学,包括结构基因组研究

冷冻电镜技术突破原子分辨率障碍

如果想绘制出蛋白质最微小的部分,科学家通常选择不多:使数百万个单个蛋白质分子排列成晶体,然后用X射线晶体学分析它们;或者快速冷冻蛋白质的副本,然后用电子轰击它们,这是一种低分辨率的方法,叫做冷冻电镜技术。 据《科学》报道,现在,科学家们第一次将冷冻电镜的分辨率提高到原子水平,以精确定位各种蛋白质

冷冻电镜样品处理后,样品看不到

1、样品制备不当:样品制备过程中存在一些问题,如样品质量不好、浓度过低或太高、聚集现象等。这些问题导致样品在电镜中无法得到清晰的图像。2、冷冻过程不正确:样品在冷冻过程中需要控制温度和速度,以确保样品结构的冻结过程是均匀的。如果冷冻速度过快或过慢,或者温度不稳定,都导致样品冻结的不均匀,从而无法得到

冷冻电镜电子断层扫描成像技术

电子断层扫描成像技术通过在显微镜内倾转样品从而收集样品多角度的电子显微图像并对这些电子显微图像根据倾转几何关系进行重构的方法称为电子断层扫描成像技术(图3.5)。该方法主要应用于细胞及亚细胞器,以及没有固定结构的生物大分子复合物(分子量范围为800kD),最高分辨率约20Å。

首届冷冻电镜与药物发现创新峰会

2020年是特别的一年,新冠疫情笼罩全球,各国医药研发同仁众志成城,共抗疫情,同时各方同道积极通过线上方式展开学术活动,推进相关领域学术发展。首届冷冻电镜与药物发现创新峰会(1st GCDD Summit)将于8月15日13:00-17:00以网络直播的形式召开。本届大会将秉承学术性、国际性的原则,

《Nature》:冷冻电镜蛋白解析再获重大突破!

   ATP-柠檬酸裂解酶(ACLY)是一种中心代谢酶,催化ATP依赖性柠檬酸和辅酶A(CoA)转化为草酰乙酸和乙酰-CoA1-5。哥伦比亚大学的科学家们与Nimbus Therapeutics的研究人员合作,利用冷冻电镜技术揭开了这种代谢酶的神秘面纱,这种酶可能成为癌症治疗的下一个主要分子靶点,这

只要使用冷冻电镜,就能有论文发?

知道靶标蛋白结构对研发新药来说,是非常重要的。有价值,蛋白质结构是了解生化反应机理的重要手段,通过结构知道这些蛋白的催化位点,就可以设计抑制剂,使这些蛋白失去催化作用,以这些蛋白为靶点,设计筛选药物。例如2016年清华杨茂君教授研究组先后在《Nature》和《Cell》杂志报道了线粒体呼吸链超级复合

颜宁团队最新综述|冷冻电镜与VGICs

2024年8月5日,深圳医学科学院/清华大学颜宁团队在Nature Reviews Molecular Cell Biology(IF=81)在线发表题为”Structural biology and molecular pharmacology of voltage-gated ion chann