瑞典开发出预测生物蛋白质同源关系研究平台
瑞典卡罗林斯卡医学院国家生命科学实验室开发了一种新的研究工具——InParanoiDB9,旨在增进对不同生物体之间蛋白质同源关系的理解。它预测了640个物种之间超10亿个直向同源群,为蛋白质结构域和全长蛋白质提供了直向同源预测。 该数据库使用尖端算法(如InParanoid DIAMOND、Domainoid和Pfam)创建,以确保其准确性,预测了来自包括真核生物、细菌和古菌在内的各种生物的超10亿个直向同源群。为InParanoiDB 9开发的新网站提供了不同的搜索选项和可视化功能,以帮助用户探索数据库中的同源组和域。 本文摘自国外相关研究报道,文章内容不代表本网站观点和立场,仅供参考。......阅读全文
同源四倍性的概念
中文名称同源四倍性英文名称autotetraploidy定 义细胞或个体中每个同源染色体具有四个成员,且来源相同的现象。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞遗传(二级学科)
同源染色体的研究意义
在生物体的有性生殖过程中,有性生殖细胞是通过细胞分裂的减数分裂形成的。在减数分裂的分裂间期,精原细胞的体积略微增大,染色体进行复制,成为初级精母细胞。复制后的每条染色体都含有两条姐妹染色体,这两条姐妹染色单体并列在一起,由同一个着丝点连接着。分裂期开始后不久,初级精母细胞中原来分散存在的染色体进行配
关于旁系同源基因的基本介绍
旁系同源基因(paralogous gene)又译为“横向同源基因”、“并系同源基因”或“平行进化同源基因”,是指由于基因复制而产生的同源基因,例如人γ一珠蛋白基因和β一珠蛋白基因。基因复制后,进化选择压力变小,其中一条基因丢失或发生沉默,都能促使旁系同源基因分化,产生新特性或新功能的原因。然而
同源性的概念和特点
进化过程中源于同一祖先的分支之间的关系。在进化上或个体发育上的共同来源而呈现的本质上的相似性,但其功能不一定相同。
Nature新文章:论异病同源
由加州大学旧金山分校的微生物学家和结核病专家Jeffery Cox博士领导的一个科学家小组发现,一个处于帕金森病研究中心的蛋白质也在破坏结核致病菌中起关键作用。 这一名为Parkin的蛋白是帕金森病的研究热点,它的功能失常与神经细胞丧失相关。Cox和同事们现在报告称,发现Parkin也
xy是同源染色体吗
XY染色体是一对同源染色体染色体组的特点①一个染色体组内的染色体形态、大小、功能各不相同;②对同型性染色体生物而言,一个染色体组含有N条染色体,就意味着细胞内有N种形态的染色体;对异型性染色体生物而言,如果一个染色体组有N条染色体,就意味着细胞内有(N+1)种形态的染色体,如人的一个染色体组有23条
DNA-同源重组的关键分子机制
蛋白质与植物基因研究国家重点实验室研究团队揭示 DNA 同源重组的关键分子机制 作为三大DNA代谢途径(DNA 复制、重组、损伤修复)之一,DNA同源重组(Homologous Recombination)是生命体的基本生物事件。它在细胞生长、减数分裂、配子形成、物种进化、DNA双链断裂修复、
同源组织/生物反应器
目前,在同源组织中表达蛋白质最典型的例子是在动物的红细胞中表达人的血红蛋白。在人的血红蛋白基因编码序列里启动子有2个CACCC盒,而对应的猪的启动子里只有一个,另一个靠近它的是CGCCC盒。Sharma等将猪的β-启动子与人的β编码基因融合,并将人的β-基因座调控区(β-LCR)和α、ε基因与融合基
关于同源重组的Holliday模型介绍
Holliday于1964年提m Holliday模型,将同源重组分为四个阶段。 1.同源序列配对。 2.形成Holliday结构,即两段同源序列的单股同源DNA的同一磷酸二酯键被水解,同源末端交换,连接,形成Holliday结构(HoIJiday structure,又称Holliday连
绿色荧光蛋白基因与红色荧光蛋白基因是同源的吗
绿色荧光蛋白基因与红色荧光蛋白基因是同源的(1)在该实验中,绿色荧光蛋白基因是目的基因.(2)③是将目的基因导入受体细胞的过程,当受体细胞是动物细胞时,采用最多也最有效的方法是显微注射技术.(3)GFP基因可以作为标记基因,标记基因的作用是鉴定受体细胞中是否含有目的基因.(4)动物细胞培养时,其培养
利用蛋白质同源性鉴定突变功能残基的概述
利用蛋白质同源性鉴定突变功能残基:将感兴趣的目的蛋白质序列与同源蛋白质进行序列比较,可以发现一些高度保守的残基,这些残基与同源蛋白的共同功能以及维持结构有关,因此通常将它们作为突变及功能进化的候选残基。每个残基所起作用的信息能够通过与不同种同源蛋白的序列比较或一类具有相应活性的蛋白质的序列比较而
关于生物反应器—同源组织和生产蛋白的介绍
1、生物反应器—同源组织: 在同源组织中表达蛋白质最典型的例子是在动物的红细胞中表达人的血红蛋白。在人的血红蛋白基因编码序列里启动子有2个CACCC盒,而对应的猪的启动子里只有一个,另一个靠近它的是CGCCC盒。Sharma等[1]将猪的β-启动子与人的β编码基因融合,并将人的β-基因座调控区
蛋白质三级机构预测-同源模型化法2
5、构建目标蛋白质的环区:在第2步的序列比对中,可能加入空位,这些区域常常对应于二级结构元素之间的环区,对于环区需要另外建立模型。一般也是采用经验性方法,从已知结构的蛋白质中寻找一个最优的环区,拷贝其结构数据。如果找不到相应的环区,则需要用其它方法。6、优化模型:通过上述过程为目标蛋白质U建立了一个
蛋白质三级机构预测-同源模型化法1
蛋白质结构预测的生物学意义生物信息学研究的一个主要目标是了解蛋白质序列与三维结构的关系,但是序列与结构之间的关系是非常复杂的。人们已经掌握了一些蛋白质序列与二级结构之间的关系,但是对于蛋白质序列与空间结构之间的关系了解得比较少。预测蛋白质的二级结构只是预测折叠蛋白的三维形状的第一步。一些结构不是很规
同源多倍体的基本介绍
同源多倍体(autopolyploids) 指增加的染色体组来自同一物种,一般是由二倍体的染色体直接加倍产生的。同一物种经过染色体加倍形成的多倍体,称为同源多倍体。同源多倍体在植物界是比较常见的。由于大多数植物是雌雄同株的,两性配子可能有同时发生异常减数分裂的机会,使配子中染色体数目不减半,然后
同源二倍体的概念
中文名称同源二倍体英文名称autodiploid定 义单倍性染色体组加倍后形成的二倍体。应用学科遗传学(一级学科),细胞遗传学(二级学科)
同源多倍体的产生原因
同源多倍体(autopolyploids) 指增加的染色体组来自同一物种,一般是由二倍体的染色体直接加倍产生的。同一物种经过染色体加倍形成的多倍体,称为同源多倍体。若有四个染色体组,则称为同源四倍体。
同源异形选择者基因的概念
中文名称同源异形选择者基因英文名称homeotic selector gene定 义控制生物体发育过程中器官和形态建成的一些基因。这些基因如发生突变,会使生物体的结构出现畸形。应用学科遗传学(一级学科),发育遗传学(二级学科)
分子生态学词汇同源性状
中文名称:同源性状外文名称:homologous character定 义:如果不同生物的同一个性状遗传自同一个共同祖先,那么就是同源性状;或者说这些性状有共同的遗传祖先。分 类:两个或多个类元的性状,也见于它们的共同祖先的是同源性状。或者两项性状,或者一项性状的线性系列,一
关于异源同源基因的基本介绍
异源同源基因(xenologous gene)是由于基因在不同物种间的横向转移(horizontal transfer)而产生的。异源同源基因在原核生物中研究比较多。最近研究表明,异源同源基因的原位取代xenolo—gous gene displacement in situ)是细菌进化的强大推
分子遗传学词汇同源异形框
中文名称:同源异形框外文名称:homeobox定义:同源框基因是一种同源异形基因(homeotic gene),在胚胎发育过程中将空间特异性赋予身体前后轴不同部位的细胞,进而影响细胞分化。同源异形基因在胚胎发育中起着类似万能开关的作用,保证生物在正常的位置发育出正常形态的躯干、肢体、头颅等器官。
分子遗传学词汇同源异形域
中文名称:同源异形域外文名称:homeodomain定义:同源异型域(homeodomain)是在一类激活因子大家族中发现的DNA结合域,由于其编码基因的区域为同源异型框(homeobox)而得名。
同源多倍体的形成原因
在自然条件下,同源三倍体的出现,大多是由于减数分裂不正常,由未经减数分裂的配子与正常的配子结合而形成的。香蕉是天然的三倍体植物。它一般只有果实,种子退化,以营养体进行无性繁殖。人们采用人工的方法,在同种植物中将同源四倍体与正常二倍体杂交,可以获得同源三倍体植物。三倍体植物由于染色体的配对发生紊乱,不
同源基因之间的相互联系
基因的直系同源、旁系同源或异源同源关系 。祖先物种通过两次物种分化形成ABC三个物种;伴随物种分化而进行的两次基因重复共形成A1、B1、B2、C1、C2、C3等6个基因。显然,C2与C3互为直系同源;B1与C1互为旁系同源;AB1与其他6个基因互为异源同源。然而,B1和B2、B2和C1又是什么关系
Nature新文章阐析异病同源
来自约翰霍普金斯大学的研究人员称,他们发现了近期揭露的一种遗传突变有可能引起两种棘手的神经系统疾病的一条途径。受累基因有可能是促进了有毒RNA累积而非生成很多的蛋白质,问题的根源似乎在于突变位点生成的缺陷遗传物质混乱。 领导这一研究小组的是约翰霍普金斯大学医学院生物化学、分子生物学和神经科
关于同源重组的基本内容介绍
我们可以看到,同源重组一般都在染色体内仍按DNA序列的原来排列次序。但是在所谓位点特异性重组(site-specific recombination)中,DNA节段的相对位置发生了移动,从而得到不同的结果─DNA序列发生重排。位点特异性重组不依赖于DNA顺序的同源性(虽然亦可有很短的同源序列),
什么是细胞同源二倍化?
中文名称同源二倍化英文名称autodiploidization定 义细胞中每条染色体进行加倍,形成成对染色体而达到二倍化的过程。应用学科遗传学(一级学科),细胞遗传学(二级学科)
关于同源基因的相互联系介绍
基因的直系同源、旁系同源或异源同源关系 [1] 。祖先物种通过两次物种分化形成ABC三个物种;伴随物种分化而进行的两次基因重复共形成A1、B1、B2、C1、C2、C3等6个基因。显然,C2与C3互为直系同源;B1与C1互为旁系同源;AB1与其他6个基因互为异源同源。然而,B1和B2、B2和C1又
生物反应器的同源组织
目前,在同源组织中表达蛋白质最典型的例子是在动物的红细胞中表达人的血红蛋白。在人的血红蛋白基因编码序列里启动子有2个CACCC盒,而对应的猪的启动子里只有一个,另一个靠近它的是CGCCC盒。Sharma等[1]将猪的β-启动子与人的β编码基因融合,并将人的β-基因座调控区(β-LCR)和α、ε基
分子遗传学词汇同源双链体
中文名称:同源双链体英文名称:homoduplex定 义:物种中原有的双链DNA,或经变性复性后完全互补的双链DNA。应用学科:遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)