科学家提出蛋白质—配体复合物柔性结构预测方法PackDock
作为细胞的“主力军”，蛋白质往往通过与小分子配体或其他蛋白质发生特异性结合来发挥功能。然而，蛋白质结构具有天然的动态性，配体结合也常伴随构象变化。因此，获得准确的结合构象是基于结构药物设计的重要前提。近日，中国科学院上海药物研究所研究团队提出了蛋白—配体复合物柔性结构建模新方法PackDock。该方法将生成式AI与物理算法相结合，用于预测柔性蛋白—配体复合物构象。研究显示，该方法在多种应用场景中展现出良好的精度与效率，并兼具较强的泛化能力。PackDock通过整合物理建模与深度学习方法，来表征蛋白质—配体相互作用，并通过考虑蛋白质在无配体（自由态）与配体结合态下的构象分布，可更精准地建模柔性蛋白—配体复合物的结合构象。同时，其核心模块PackPocket结合等变图神经网络与生成式建模策略，学习侧链构象空间的能量景观，并在不同状态分布中采样口袋侧链构象，以描述结合过程中可能发生的构象变化。研究表明，PackDock框架可兼容多种刚......阅读全文
蓝藻多亚基膜蛋白复合物NDH1L三维结构什么样？TEM告诉你
2020年1月30日，Nature Communications期刊以Article形式在线发表了中国科学院生物物理研究所常文瑞/李梅研究组、章新政研究组及中国科学院分子植物科学卓越创新中心米华玲研究组的合作研究成果，题为“Structural basis for electron transp
柔性测试杆
柔性测试杆柔性样品测试杆，测量直径高达 2mm。彩色编码便于识别，每根杆包含一个测试球。可提供直径为 5mm 的球体尺寸，可用材料包括：铁黄铜磷青铜不锈钢铝
Nature综述丨冷冻电镜在药物发现中的应用前景
6药物筛选中X-ray晶体学与Cryo-EM的比较 与Cryo-EM相比，X-ray晶体学在药物筛选方面的关键优势在于，能够快速提供高分辨率结构数据。一旦建立了合适的结晶系统，通过X-ray晶体学快速连续获得后续结构或筛选化合物所需的时间非常短：1小时内可以通过结晶自动工作站设置约2,000个
酪氨酸激酶的受体型
受体酪氨酸激酶（receptor protein tyrosine kinases，RPTKs）的胞外区是结合配体结构域，配体是可溶性或膜结合的多肽或蛋白类激素，包括胰岛素和多种生长因子。胞内段是酪氨酸蛋白激酶的催化部位，并具有自磷酸化位点。 配体（如EGF）在胞外与受体结合并引起构象变化，导
科学家揭示琥珀酸受体配体识别和激活的结构基础
6月4日，中国科学院上海药物研究所研究员徐华强团队联合复旦大学教授付伟团队，系统阐释了G蛋白偶联受体家族成员SUCR1的活化机制，揭示了其与不同配体分子结合的微观细节，为开发新型靶向SUCR1的化合物奠定了基础。相关研究发表于《细胞研究》。 琥珀酸不仅是三羧酸循环重要的中间产物，在调控线粒体氧化应激
脊椎动物蛋白复合物可激发无疤痕组织修复
疤痕是人体创伤修复中常见的副产物，它不仅会影响容貌美观，还可能导致严重的临床功能障碍。促进组织再生修复、又避免和减少疤痕形成，是人们努力探究的重要课题。8月15日来自中国科学院昆明动物研究所的消息，该所在孔道形成蛋白复合物激发无疤痕组织修复研究方面取得了重要进展。 组织修复是动物生存期间面临的
生物素亲合素系统的生物素与亲和层析介绍
亲和层析是将具有特殊结构的亲和分子制成固相吸附剂放置在层析柱中，当要被分离的蛋白混合液通过层析柱时，与吸附剂具有亲和能力的蛋白质就会被吸附而滞留在层析柱中。那些没有亲和力的蛋白质由于不被吸附，直接流出，从而与被分离的蛋白质分开，然后选用适当的洗脱液， 改变结合条件将被结合的蛋白质洗脱下来。 生
ACVR1基因突变与药物因子介绍
激活素是属于结构相关信号蛋白转化生长因子β（TGFβ）超家族的二聚生长和分化因子。激活素通过受体丝氨酸激酶的异聚体复合物传递信号，该复合物包括至少两个I型（I和IB）和两个II型（II和IIB）受体。这些受体都是跨膜蛋白，由一个与富含半胱氨酸区域结合的配体胞外结构域、一个跨膜结构域和一个具有预测丝氨
ACVR1基因编码功能及结构描述
激活素是属于结构相关信号蛋白转化生长因子β（TGFβ）超家族的二聚生长和分化因子。激活素通过受体丝氨酸激酶的异聚体复合物传递信号，该复合物包括至少两个I型（I和IB）和两个II型（II和IIB）受体。这些受体都是跨膜蛋白，由一个与富含半胱氨酸区域结合的配体胞外结构域、一个跨膜结构域和一个具有预测丝氨
生物物理所等在大麻素受体结构生物学研究中获重要成果
中国科学院生物物理研究所刘志杰课题组与合作者成功解析了人源大麻素受体CB1（human Cannabinoid Receptor 1, CB1）与激动剂——四氢大麻酚（THC）类似物复合物的三维精细结构，揭示了大麻素受体在激动剂调控下的结构特征和激活机制。北京时间7月6日凌晨，该项成果以Crys
生物物理所等在大麻素受体的结构生物学研究中获重成果
中国科学院生物物理研究所刘志杰课题组与合作者成功解析了人源大麻素受体CB1（human Cannabinoid Receptor 1, CB1）与激动剂——四氢大麻酚（THC）类似物复合物的三维精细结构，揭示了大麻素受体在激动剂调控下的结构特征和激活机制。北京时间7月6日凌晨，该项成果以Crys
解析人源葡萄糖依赖性促胰岛素释放多肽受体三维结构
葡萄糖依赖性促胰岛素释放多肽受体（Glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor， GIPR）属于B1类G蛋白偶联受体，在脂肪生成、胰岛β细胞增殖和胰岛素释放等方面发挥重要作用，与2型糖尿病、肥胖症和神经退行性疾病相关。该受体的内源性配
α角蛋白的结构
α-角蛋白主要是由α-螺旋构象的多肽链构成的，并与角蛋白的长向平行，即其氨基酸序列分为富含α螺旋的中央棒状区和两侧的非螺旋区域。其立体构造是α-螺旋的典型实例，几何表示为：两股右手α-螺旋向左缠绕，拧成一根称为原纤维的结构，直径为2nm，这就是aa组合的超二级结构。原纤维再排列成“9+2”的电缆
扩展蛋白的结构
其氨基末端为约 2 2个氨基酸编码的信号肽，进入分泌途径后被剪切， 使扩张蛋白成为成熟肽 。该蛋白碳末端假定的结合 区域 ( 约10kDa ) 含有一系列保守的色氨酸残基 ( w) ， 这些色氨酸残基有一定的间隔，很像纤维酶 的纤维素结合区域。中间区域 ( 1 5 k Da ) 被认为是重要的催
糖蛋白的结构
糖蛋白中的糖链变化较大，含有丰富的结构信息。寡糖链往往是受体、酶类的识别位点。 1、 N-糖苷键型（N-连接） N-糖苷键型主要有三类寡糖链： ① 高甘露糖型，由GlcNAc和甘露糖组成； ② 复合型：除了GlcNAc和甘露糖外、还有果糖、半乳糖、唾液酸； ③ 杂合型，包含①和②的特征
冷冻电镜技术等解析多巴胺受体DRD1Gs信号复合物
西安交通大学物理学院教授张磊团队与四川大学、山东大学、国家蛋白质中心（上海）、香港中文大学等单位合作，采用冷冻电镜技术在多巴胺受体调节机制方面取得重大进展。近日，该研究相关成果以《DRD1-Gs信号复合物的配体识别和变构调控》为题在线发表在《细胞》上。 作为一种能够给人带来愉悦感受的神经递质
核酸适配体的概念？
核酸适配体是一小段经体外筛选得到的寡核苷酸序列或者短的多肽，能与相应的配体进行高亲和力和强特异性的结合，它的出现为化学生物学界和生物医学界提供了一种新的高效快速识别的研究平台，并在许多方面展示了良好的应用前景。
什么是核酸适配体？
核酸适配体是一小段经体外筛选得到的寡核苷酸序列或者短的多肽，能与相应的配体进行高亲和力和强特异性的结合，它的出现为化学生物学界和生物医学界提供了一种新的高效快速识别的研究平台，并在许多方面展示了良好的应用前景。
什么是配体诱导内化？
中文名称配体诱导内化英文名称ligand-induced internalization定 义配体和膜受体的复合体通过胞吞作用进入细胞并在溶酶体中都被降解，使细胞表面受体数量减少的现象。内化使信号猝灭。但是有的受体在内化后并不降解，而且还能传递信号或迅速再循环而回到细胞表面。应用学科生物化学与分子
Fas配体的功能介绍
中文名称Fas配体英文名称Fas ligand;FasL定 义Fas分子的配体。与受体Fas结合后启动死亡信号转导，使表达Fas的细胞发生凋亡。应用学科免疫学（一级学科），免疫病理、临床免疫（二级学科），肿瘤免疫（三级学科）
配体诱导内化的特点
中文名称配体诱导内化英文名称ligand-induced internalization定 义配体和膜受体的复合体通过胞吞作用进入细胞并在溶酶体中都被降解，使细胞表面受体数量减少的现象。内化使信号猝灭。但是有的受体在内化后并不降解，而且还能传递信号或迅速再循环而回到细胞表面。应用学科生物化学与分子
配体提呈现象特点
中文名称配体提呈英文名称ligand presentation定 义通过细胞表面的分子与特异性配体结合而使配体浓缩富集，然后提呈给同一细胞或其他细胞上受体的现象。如在脂代谢中蛋白聚糖提呈脂蛋白相关蛋白的配体载脂蛋白E等。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），信号转导（二级学科）
适配体的筛选方法
适配体靶标范围广，靶标的大小与可溶性均不同，因此应用 SELEX 技术筛选核酸适配体可以采用不同的具体操作方法。离心沉淀法常用于针对细胞、细菌与病毒的适配体筛选，固相吸附与洗脱技术可以用于可溶性小分子的适配体筛选。适配体筛选的具体方法包括以下几个方面。基于不同固定介质的筛选方法。硝酸纤维素膜过滤法是
适配体的筛选方法
适配体靶标范围广，靶标的大小与可溶性均不同，因此应用 SELEX 技术筛选核酸适配体可以采用不同的具体操作方法。离心沉淀法常用于针对细胞、细菌与病毒的适配体筛选，固相吸附与洗脱技术可以用于可溶性小分子的适配体筛选。适配体筛选的具体方法包括以下几个方面。基于不同固定介质的筛选方法。硝酸纤维素膜过滤法是
配体诱导胞吞的定义
中文名称配体诱导胞吞英文名称ligand-induced endocytosis定 义配体与膜受体结合后引起配体-受体复合体被胞吞的现象。其结果可以导致细胞表面受体数量及信号猝灭。是受体-配体复合体解离和某些受体的再循环所必须，也是细胞高效、高选择性和快速摄取胞外亲水分子的唯一手段。应用学科生物化
简述适配体的优点
自20世纪90 年代适配体的概念被提出以来，科研工作者不断致力于适配体的研究，发现适配体具有许多优点。首先，相比较传统微生物培养，检测周期短、检测限低且具有高亲和力与强特异性，这源于适配体具有较大表面积和大量受体结合位点且空间三维构型易形成螺旋、发卡、茎环、凸环、三叶草和假结等结构，能够与靶标物
什么是单齿配体
两个孤对电子位于同一个原子上,相距太近.当一个电子对去络合后就没有后面受体进入的空间了.就是说前一个受体与配体的结合给后面的受体造成了"空间位阻",就不会有后面的络合了是单齿配体.双齿配体就是一个配体中有两个配位原子，能够与一个金属原子形成环状结构。最典型的是草酸根和乙二胺。
概述适配体的应用
1990 年，Tuerk与Ellingtong基于 SELEX 技术率先分别筛选获得了噬菌体T4DNA聚合酶与有机染料的特异性RNA适配体。自此以来，适配体已经被广泛应用于细胞成像、新药研发、疾病治疗与微生物检测等众多方面。 细胞成像：荧光标记适配体或适配体复合物是适配体应用于细胞成像的基础。
束缚配体的功能作用
中文名称束缚配体英文名称tethered ligand定 义被受体掩遮的配体。如凝血酶受体的真正配体是在受体内部。当表观配体——凝血酶与受体结合时就将受体降解，而被暴露出来束缚配体就将受体激活并发挥生理作用。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），信号转导（二级学科）
核酸适配体的优点
自20世纪90 年代适配体的概念被提出以来，科研工作者不断致力于适配体的研究，发现适配体具有许多优点。首先，相比较传统微生物培养，检测周期短、检测限低且具有高亲和力与强特异性，这源于适配体具有较大表面积和大量受体结合位点且空间三维构型易形成螺旋、发卡、茎环、凸环、三叶草和假结等结构，能够与靶标物质基