仪器特点:
•自动化 12- 或96-平行通道
•高灵敏度 高分辨率
•更准确地片段长度分析
•更准确地smear定量结果,独特的专门应用
–Genomic DNA 基因组DNA
–Large fragment separation and plasmids 大片段分离及质粒
•快速对齐并快速计算片段长度
•可用flagging功能轻松筛选电泳图或数码胶图
•图像可Copy/paste成电子文档或打印
•报告可输出成.xls或.pdf格式
1.应用背景
NGS(Next Generation Sequencing),随着新一代测序的通量和费用不断改善,样品制备和检测成为整个NGS流程中亟待改善的一环。快速准确地将基因组DNA进行片段化是NGS新一代测序技术中尤为关键的步骤。测序文库中DNA片段的质量好坏则是关系测序质量高低的决定性因素,能否快速剪切并测量酶切产物质量是整个测序文库构建过程的流程瓶颈。Fragment AnalyzerTM全自动NGS片段分析系统结合相应NGS片段分析定性定量试剂盒的推出,大大减少手工操作时间,高通量、快速、精确对NGS文库进行质量的检测。
2.Fragment Analyzer系统与传统NGS片段检测技术分析时间的比较
Fragment Analyzer实验流程 VS 传统芯片检测实验流程
n 配制胶液/染料并于常温保存 n 向96孔板中依次加入2ul ladder,待测样品,再向其中加入DM buffer n 将96孔板放入仪器 n 启动仪器,开始检测 n 分析结果 n 输出结果 | n 配制胶液/染料并于4℃避光保存 n 将胶液置于常温30min n 取出芯片 n 将芯片孔中加入9ul胶液 n 安装芯片底座,等待60s整 n 继续等5s n 取下芯片 n 再向芯片中加入9ul胶液 n 向每个样品孔中加入5ul marker n 向一个孔中加入1ul ladder n 向每个孔板中加入1ul待测样品 n 将芯片至于涡旋振荡器上 n 振荡60s n 将芯片放入仪器(在5min内完成) n 启动仪器(预试时间10min;60-90s/每个样品) n 分析结果 n 输出结果 |
3.NGS选用Fragment Analyzer的理由
. 高通量:每天可完成1500个样品的检测
. 全自动:无需芯片和手动灌胶
. 精确度高:可检测zei低浓度为5pg/μl
. 运行时间短:可在45min或55min内完成12或96个样品的分离
. 检测灵敏度高:仅需要2 μl样品即可准确定量
. 无样品间交叉污染:每次试验后更换毛细管中的分离胶,避免污染
. 强大的数据分析软件:PRO Size 2.0软件可自动完成片段弥散分析、并输出片段大小分布和浓度数据。
. 适用于各类NGS仪器平台:可分析15000bp大片段
. 适用于NGS多个环节的检测:包括基因组DNA的质量分析、NGS片段文库的分析、接头连接检测以及文库丰富度分析
-分离分辨率–As low as 2bp, routinely 5bp resolution over wide DNA range
-灵敏度–Detect down to 5pg/ml (10:1 S:N),20 times more sensitive than other dsDNA
detection instruments
-高通量
–Separate 576 samples (6 plates) – 8 hour operation with 60 minutes run times
–Separate 960 samples (10 plates) – 8 hour operation with 30 minutes run times
–Robotic interface capable
•操作成本低
•多个不同的凝胶试剂盒
–10 – 500 bp
–20 – 2,000 bp
–500 – 40,000 bp
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