454用于人类微生物菌落项目

　　最近在Nature1及其他刊物中发表了多篇与人类微生物菌落项目(Human Microbiome Project)有关的文献，该项目已历时5年旨在发现人体不同部位的微生物菌落特征。而最近的这些文献的发表只是该项目大量数据的初步分析结果，随之而来的将是从更多分析方法角度带来的新的思路和起始。

　　数据中最主要是16S rRNA基因的序列。从美国的两个城市挑选的数百名男女，通过身体检查，最终选择了129名健康男性和113名健康女性，然后分别在男性的15个身体部位和女性的18个身体部位采集微生物样本，利用454的进行16S rRNA扩增子测序，测序区域覆盖16S rRNA的V3-V5区域，部分样本增加了V1-V3区域的测序。测序结果用三种不同的方法进行微生物系统分类，并对人类微生物菌落进行了比较。同时，利用短读长平台获得了部分样本中的完整微生物基因序列。

　　分析结果表现了从研究对象采集的微生物群体中占重要成分的微生物，以及其各种组合方式。共发现10，000种微生物，800万个微生物基因，占微生物属及酶家族总体的81%-99%。

　　总体而言，身体不同部位的微生物菌落存在差异，不同个体间也存在差异，而相对而言，同一个体、同一身体部位的菌落随时间变化不大。不同个体的同一个身体部位虽然其微生物菌落存在差异，但是从微生物基因组成来看微生物代谢却有相似性。比如说，舌头上的微生物的代谢途径比较相似，主要是分解各种能量如糖分。

　　同时，在Nature上也有一篇关于这个国际性合作项目标准的实验方法的介绍，包括样本采集、测序数据生成分析以及宏基因组数据解读各个方面。2具体描述了在项目中454测序仪用于16S rRNA测序的 方法以及数据分析。对于这样大量样本的处理和成功系统分类，说明了454的长读长测序是16S rRNA测序宏基因组研究的成熟平台。索取资料

　　另外，还有许多与这个项目相关的其他文献发表在其他杂志上，对实验方法、数据分析结果进行了讨论。这个项目目的在于了解健康人身体的微生物菌落分布情况，掌握微生物菌落的动态情况，以及外界因素对其的影响及互动。研究人员希望通过与其他此类研究结果比较，认识更多微生物菌落对人体健康的作用和影响。

　　1. A framework for human microbiome research. The Human Microbiome Project Consortium. (2012) Nature. Volume: 486, 215–221. doi:10.1038/nature11209

　　2. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. The Human Microbiome Project Consortium. (2012) Nature. Volume: 486,207–214. doi:10.1038/nature11234