双聚焦质谱仪分类有多种。
1、按分析目的可分：实验室双聚焦质谱仪和工业双聚焦质谱仪。
2、按分析对象的属性可分：双聚焦有机质谱仪和双聚焦无机质谱仪等。
3、按分析规模可分：小型双聚焦质谱仪和大型双聚焦质谱仪。
4、按离子化方式可分：电子轰击电离双聚焦质谱仪、化学电离双聚焦质谱仪、场电离双聚焦质谱仪、场解吸电离双聚焦质谱仪、快原子轰击电离双聚焦质谱仪和电喷雾电离双聚焦质谱仪等。
5、按用途可分：双聚焦生物质谱仪、双聚焦制药质谱仪、双聚焦化工质谱仪、双聚焦食品质谱仪、双聚焦氨基酸质谱仪、双聚焦酶质谱仪、双聚焦RNA质谱仪、双聚焦DNA质谱仪、双聚焦污泥质谱仪、双聚焦土壤质谱仪、双聚焦烟尘质谱仪、双聚焦粉煤灰质谱仪和双聚焦农药质谱仪等。
