通过镶嵌现象来理解癌症

　　一项对29种不同类型组织进行的全面分析显示，人体就像由具有不同基因组的细胞组成的一团复杂“马赛克”，而其中的许多细胞都带有可能导致癌症的基因突变。

　　这是迄今规模最大的此类研究，收集了来自约500人的数千个样本的数据。这项6月6日发表在美国《科学》杂志的成果，可以帮助科学家更好地理解癌症是如何开始的，以及如何更早地发现癌症。

　　“我们现在意识到自己就是马赛克——我们身体中的大量细胞已经携带了癌症突变。”英国欣克斯顿市韦康·桑格研究所遗传学家Inigo Martincorena说，“这些都是癌症的种子。”

　　组织镶嵌是由于细胞积累突变而产生的——这些突变来自于细胞分裂过程中悄悄潜入的脱氧核糖核酸（DNA）错误，或者由于暴露于不好的环境因素，如紫外线或香烟烟雾。当一个具有特定突变的皮肤细胞分裂时，可能产生一块在基因上与相邻细胞不同的皮肤。

　　以前的研究已经发现，皮肤、食管和血液中存在高度镶嵌性。这些结果通常是通过对微观组织样本进行特定基因测序获得的。

　　上述研究引起了波士顿马萨诸塞州综合医院计算生物学家Gad Getz的兴趣。Getz和他的团队决定采取一种不同的方法——从基因型组织表达（GTEx）项目中挖掘一个核糖核酸（RNA）序列数据库，而不是通过微小样本对DNA进行测序。由于人体使用DNA作为模板生成RNA序列，DNA的突变有时会反映在RNA中。

　　研究RNA的决定使Getz及其同事迅速获得了来自约500人的29种组织的6700个样本的数据。但是他们的方法也有缺点。不是所有的DNA都会编码RNA，因此也就不是所有的DNA突变都会在RNA序列中显现。由于GTEx项目的样本数量相对较大，具有独特基因组的小细胞簇的DNA签名很可能被数量更多的其他细胞所淹没。

　　总体而言，该研究发现，在某些类型的组织中，镶嵌现象比之前研究预计的要少。但关键是，Martincorena说，最新的分析表明镶嵌现象存在于各种各样的组织中。

　　研究人员指出，细胞分裂率较高的组织，如构成皮肤和食道的组织，比细胞分裂率较低的组织具有更多的镶嵌现象。镶嵌现象也会随着年龄的增长而增加，在肺和皮肤组织中尤其普遍——这些组织长期暴露在环境因素中，会对DNA造成破坏。

　　例如，一种名为TP53的基因是最常见的突变位点之一。TP53有助于修复DNA损伤，被称为“基因组守护者”。而TP53的某些变化与癌症有关，但在细胞产生肿瘤之前，可能还需要其他基因的突变。

　　“我们所看到的是一些最早的癌前病变，它们随后会积累更多的突变。”加拿大温哥华市不列颠哥伦比亚癌症研究所癌症基因组学家Erin Pleasance说，“最终，其中一小部分突变可能会变成癌症。”

　　马里兰州巴尔的摩市约翰斯·霍普金斯医学院应用数学家Cristian Tomasetti说，研究人员现在需要找到方法区分哪些细胞会变成肿瘤，哪些是“正常的”。这对于提高早期发现癌症的努力可能是至关重要的。

　　Tomasetti已经开发出检测在血液中循环的肿瘤DNA的方法，研究人员希望有朝一日可以用来发现癌症的早期信号。但他说，其团队最初惊讶地发现，研究结果中的一些突变来自一组正常血细胞。这些突变与癌症有关，因此可能意味着肿瘤的存在。

　　“这种混乱的局面是新的常态。”Tomasetti说，“现在的挑战是找出我们称之为正常的点。”