RNA干扰（RNAi）实验成功要素

基因和siRNA选择

RNAi实验的通量可从沉默单个感兴趣的基因，到少量相关基因或同一个通路上的基因，到全基因组高通量筛选，取决于需要解决的生物学问题。siRNA的设计至关重要。

转染优化

用于RNAi实验的细胞应当有效转染siRNA。转染必须经过优化确保siRNA的浓度是最低的有效浓度以避免非特异性效应。转染的方法应当高效、低毒性、便于实验设置

表型分析

表型分析通常涉及细胞学分析来检测一系列的细胞参数，包括存活率、可测物产量、蛋白定位改变、离子浓度、细胞的运动、形态等。

沉默验证

建议使用至少2条siRNA针对同一mRNA不同的序列。针对同一基因的2条独立siRNA引起同样的脱靶效应的可能性非常低。因此，使用不同的siRNA确认表型是一种应用起来简单且有说服力的方式来证明所观察到的表型是特异性基因沉默的结果。使用多条siRNA来验证结果已经是发表RNAi结果时许多杂志所必要的条件。基因沉默验证可通过real-time RT-PCR检测mRNA水平或western blotting检测蛋白水平。