用相似的方法分析外显子11（表3；补充图2；补充表3；http://jmd.amjpathol.org），且所有外显子11的RET序列变化用扩增子高分辨率熔解分析进行检测（没有显示数据）。外显子11的主要实验用一个在致病密码子630和634上的野生型探针。检测的外显子11的8个序列变化均有一个等位基因熔解温度低于野生型（补充表2a；http://jmd.amjpathol.org）。这些样品通过主要探针的△Tm值选择的第二次实验的特定突变探针分为3个突变组。特定突变探针在密码子630和634位置有相同的序列改变（表2）。在第二次实验，密码子630或634的突变用一个位置探针和一至三个特定突变探针进行基因分型（补充图2，b-i；http://jmd.amjpathol.org）。虽然密码子631（GAC→GAT）样品在主要实验中检测，这个序列变化在第二次实验中在致病密码子之外，且由于与每个特定突变探针有3个错配，其熔解温度低于野生型（补充表2，e-g）。稀有密码子631序列变化没有被选择的特点突变的探针基因分型，需要测序鉴定其基因型。
图2： RET外显子10密码子618和620的突变基因分分型。a：图1a的主要WT10B探针数据的派生熔解图。一式两份显示3个野生型对照（WT，黑色痕迹）和10个杂合突变样品，5个在密码子618（细小痕迹）和5个在密码子620（厚重痕迹）。突变密码子DNA序列的颜色和痕迹与全部图形相一致。密码子618和620突变序列的图表痕迹AGC是灰色，CGC是浅蓝色，GGC是红色，TAC是深蓝，TCC是橙色，TTC是绿色，TGG是粉色。用于生成△Tm值的Tm标线在每个Tm标线之后列出。野生型等位基因的Tms 在黑色Tm标线之内，与野生型对照样品相差±0.25℃。由主要探针检测到的突变等位基因被红色Tm标线分为两个△Tm范围。预测的突变序列分组进在每个痕迹后列出的每个△Tm范围内。MS探针集的第二次实验的数据，MS10B探针集1或MS10B探针集2，显示为两个突变组。b-e：△Tm值为3.3℃至5℃的突变组，用MS10B探针集1的4个探针检测：MS618/620 TAC（b）, MS618/620 TCC（c），MS618/620 TTC（d）和MS618/620 CGC（e）。f-h：△Tm值为0.25℃至3.3℃的突变组，用MS10B探针集2的3个探针检测：MS618/620 AGC（f）, MS618/620 CGC（g）, MS618/620 GGC（h）。在每个特定突变图中（b-h），列出了与MS探针互补的DNA序列突变密码子。i：所有突变等位基因（主要WT10B探针数据，△Tm值0.25℃至0.5℃）也用位置探针L10B 620 mask 查找检测的突变的密码子位置。显示两个派生熔解温度范围，标记密码子618突变等位基因（618MUT）及WT等位基因，且遮蔽密码子620突变等位基因（620 MASK）。
外显子13：突变旁边的普通多态
外显子13包含7个报道的致病突变（表1）和在密码子769（CTT→CTG）上的等位基因频率为0.26的普通多态。高分辨率扩增熔解在野生型序列显示两个单独的熔解域（图3a）。扩增熔解单独的把密码子768（GAG→GAC）突变的杂合和纯合多态区分出来（图3，a和b）。但是，只有1/7的外显子13报告的突变可以用来研究。外显子13的5个稀有的突变包括在扩增子之内但是不在外显子13的主要探针下。因为这些其它突变可能很难用扩增熔解分析数据从普通多态区分出来，可能通过探针数据确定密码子769的存在。在确定普通多态及清晰的检查探针下的两个已报到的突变的主要实验中，包括2个单独的反应及两个非标记探针，WT13和遮蔽1bp
769（表2和3；补充表4；http://jmd.amjpathol.org）。一个野生型的探针检测探针下的序列变化（表3c）。第二个探针在野生型探针序列的多态位置用单核苷酸缺失遮蔽普通密码子769的多态。用这个遮蔽探针，多态等位基因的Tm值和野生型等位基因Tm值几乎差不多。反之，768突变等位基因（GAG→GAC）熔解Tm值比野生型等位基因低3.6℃（图3d）。如果检测到探针下的突变，第二次确定密码子768已知突变基因型（图3，e和f）。设计特定突变探针，用单核苷酸缺失遮蔽密码子769多态，因此不管是哪个多态存在，突变都可以明显的基因分型。注意768突变（GAG→GAC）等位基因被MS768
GAT+遮蔽探针遮蔽，因为探针的序列改变和突变的序列改变在同一位置，但不互补（表3f）。这些突变和野生型有同样数量及与探针错配的位置相同，和野生型有相似但不相同的Tm。
图3： RET外显子13的基因型序列变化。a：WT13探针主要实验生成的扩增子派生熔解曲线数据。一式两份显示两个野生型对照（WT，稀疏的黑色痕迹）及密码子768（GAG→GAC）杂合突变样品（MUT，厚重的黑色痕迹），密码子769（CTT→CTG）杂合多态样品（Het POLY，浅灰痕迹），769纯和多态的样品（Homo POLY，灰色痕迹）。每个基因型的颜色及痕迹的厚度在整个图中是一致的。b：同样扩增数据的不同平面图。c：WT13主要探针数据的派生熔解曲线图。显示两个Tm范围，及和WT等位基因相同的突变（MUT）和多态（POLY）的标记等位基因。d：主要“Mask 1bp 769”探针数据（密码子769多态遮蔽探针）的派生熔解曲线图。显示两个派生熔解温度范围及标记的突变等位基因（MUT）和WT等位基因、遮蔽多态等位基因（遮蔽POLY）。e和f：用MS13探针集1的两个探针检测样品的基因型：MS768 GAC+ mask（e）和MS 768 GAT+ mask（f）。这两个特定突变探针通过删除遮蔽密码子769的多态位置。与野生型等位基因、遮蔽多态等位基因（masked POLY）和遮蔽密码子768（GAG→GAC）突变等位基因（f中的遮蔽 GAC突变）相同的，与特定突变等位基因互补的突变等位基因（GAC或GAT）被标记。密码子768（GAG→GAT）突变不能用于测试。
