1、养殖饲料的隐患
养殖户缺少必要的检测设备，对养殖饲料的优劣缺少识别能力，给不良饲料厂商可乘之机，导致畜禽吃食污染饲料后（如：黄曲霉毒素、赭曲霉毒素、呕吐毒素、玉米赤霉烯酮等）形成畜禽产品食品安全问题。
2、疫病及药物残留
由于养殖户对疫病的防治用药缺乏科学的指导，兽药（主要是抗生素，如氯霉素、磺胺类等）过量、超标使用，导致畜禽的兽药残留严重超标。
3、非法添加违禁药物
不少养殖企业、养殖户为追求经济效益，非法使用国家明令禁止使用的违禁药物，如盐酸克伦特罗、莱克多巴胺等。
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