天然矿泉水不适合采取任何种类的杀菌处理，经过装瓶后它们经常在储存几个月后才被销售出去。因此，考虑到人体的健康因素，了解水中病原菌和指示菌的存活能力尤为重要。许多早期有关水中细菌存活率的文献都指出“自灭”和“消减”可作为海水或淡水中来源于粪便的细菌变化的惟一指标，这主要归功于海水的杀菌特性和淡水的自我纯化能力。稀释、光照温度以及诸如寄生、拮抗、捕食这样的生物参数可能是影响病原菌和指示菌的重要因素。“自灭”和“消减”这样的术语被用来描述细菌污染程度的改变是不合适的。海水或淡水可复生的细菌数量的急剧降低不但是细胞真正死亡的结果，也就是说细菌变得不能生存，而且还是对不利环境的生理适应以及同物理、化学、生物过程的复杂作用的结果。细菌污染程度的改变可以被描述为其生存能力以及培养持续性、再生能力的减弱。在某特定的生长环境下，比如营养不足，细菌可能会进入一种生存但不生长的状态(VBNC)。在这个状态下，细菌在正常物质中不生长，但保留其活体的某些特点，比如呼吸和酶反应。有人认为，VBNC状态代表一种为了存活而采取的策略，并且许多种细菌(包括病原菌和指示菌)，都已被证明在实验室可以进入VBNC状态。
通过在水面获得的有关细胞存活率的数据不可能完全推断出瓶装水中的细菌存活率。例如,考虑到许多特殊的因素，比如钻洞的冲击力、装瓶的压力、部分细菌与固体表面接触，异养菌的数量在装瓶后几天可达到很高的水平。
