共进化假说提出传统的密码是从原始的简单密码进化而来，密码子的进化与氨基酸生物合成的进化是并列的。
主要证据是这个原始的密码可能是由64个密码子通过高度简并只编码少量的氨基酸，而后的进化中，那些来自相关合成路径的物理化学性质不同的氨基酸却具有相似的密码子，表明密码子的进化与氨基酸生物合成具有密切相关性。王子晖认为后引入的氨基酸密码可能是通过篡夺与它具有相近生物合成路径氨基酸的密码而得到的，共进化理论鉴定了8组成对的前体和产物。这个假说后来还由朱利奥（M.Di Giulio）加以发展。
