嗜酸细胞性胃炎的诊断主要根据临床表现、外周血象、放射学和内镜下活检病理结果。内镜下黏膜活检证实胃肠道黏膜组织有嗜酸性粒细胞浸润，是诊断的关键，但胃肠道嗜酸性粒细胞浸润常呈局灶性分布，因此多点活检可有效提高诊断率。此外，胃肠X线、CT、超声检查等亦有辅助诊断价值。
