粘膜免疫系统的细胞免疫包括上皮淋巴细胞、粘膜固有层免疫细胞、T细胞及K细胞免疫等。上皮内淋巴细胞(IEL)是体内最大的淋巴细胞群。由于离肠腔很近而成为粘膜免疫系统中首先与细菌、食物抗原接触的部位。IEL中，90%是CD3+T细胞，少于6%是分泌抗体的B细胞，此外还存在极少量的非T非B的裸细胞(naked cell)。IEL的主要功能是宿主对病原体入侵及上皮细胞变性作出快速反应机制的溶细胞活动。IEL因其可产生与Th1、Th2功能相关的因子。因此，具有调节其它淋巴细胞和上皮细胞的功能。IEL还具有对食物抗原耐受和刺激上皮细胞更新功能。
